freecontact - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

freecontact - szybki predyktor kontaktu z białkami

STRESZCZENIE

bezpłatny kontakt [OPCJA]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < alignment.aln > Contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < wyrównanie.fa | bezpłatny kontakt
--parprof evfold > kontakty.out

wolny kontakt --ali=ALIFILE --zastosuj-przerwa=BOOL --custpc=NUM --gęstość=NUM --cov20=BOOL
--oszacowanie-ivcov=BOOL --przerwa=NUM --icme-timeout=NUM --format-wejściowy=[płaski|xml]
--mincontsep=NUM --format-wyjściowy=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-waga=NUM --ro=NUM --wątki=NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --wersja

OPIS

FreeContact to predyktor kontaktu pozostałości białka zoptymalizowany pod kątem szybkości. Bezpłatny kontakt może
funkcjonować jako przyspieszony drop-in dla opublikowanych predyktorów kontaktu EVfold-mfDCA of
DS. Marks i in. (2011) [1] oraz PSICOV z D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact jest przyspieszany przez kombinację instrukcji wektorowych, wielu wątków i
szybsze wdrożenie kluczowych części. W zależności od ustawienia, przyspieszenie 8-krotne lub wyższe
możliwe.

Aby uzyskać znaczące wyniki, wymagane jest odpowiednio duże wyrównanie. Jako minimum,
wyrównanie ze skuteczną (po ważeniu) liczbą sekwencji większą niż długość
należy użyć sekwencji zapytania. Wyrównania z dziesiątkami tysięcy (efektywnych) sekwencji
są uważane za dobry wkład.

Jackhmmer(1) lub hhblity(1) może służyć na przykład do generowania linii trasowania.

[1] PLo Jeden. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 7 grudnia.
Struktura białka 3D obliczona na podstawie ewolucyjnej zmienności sekwencji. Znaki DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Bioinformatyka. 2012 15 stycznia;28(2):184-90. Epub 2011 listopad 17. PSICOV: precyzyjny
przewidywanie kontaktu strukturalnego z wykorzystaniem szacowania rzadkiej kowariancji odwrotnej na dużej wielokrotności
dopasowania sekwencji. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Wkład
Obsługiwane są następujące formaty:

mieszkanie
Używany jest następujący prosty format pliku wejściowego:

# początek zapytania=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWithNOGAPSORINSERTIONS
SEKWENCJA ZAPYTAŃBEZ WSTAWIANIA GAPSOR
-WYRÓWNANY---SEKWENCJA--Z LUZAMI-----
INNE WYRÓWNANE ------------ SEKWENCJA

Wiersze nagłówka „#” są opcjonalne. Linie nagłówka służą do obliczania pozostałości kontaktu
liczb i wyszukanie odpowiednich reszt zapytań dla określonych formatów wyjściowych.

Jeśli nie zdefiniowano żadnego zapytania, pierwsza sekwencja w dopasowaniu jest używana jako zapytanie
sekwencja. Sekwencja zapytania nie może zawierać przerw w wyrównaniu.

Wszystkie wiersze wyrównania muszą mieć tę samą długość i mogą zawierać tylko
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTU VWXYZ-]. [B] jest mapowany do [D], [Z] jest mapowany do [E], [JOUX] są
mapowane do [X]. [X] dopasowuje tylko siebie w całym programie.

Wyrównania wejściowe A2M można przekonwertować do powyższego formatu za pomocą
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln może być używany do bezpośredniego wyrównywania linii
w swobodny kontakt.

xml Dokument XML z jednymhttp://rostlab.org/freecontact/xsd„/>
element, zdefiniowany w schemacie FreeContact [4] wywodzącym się z BioXSD [5].

Przykład: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

Wydajność
Oryginalny format wyjściowy EVfold-mfDCA lub PSICOV jest używany domyślnie, gdy odpowiedni
wybrany jest profil parametrów.

wielokrotnie (EVfold-mfDCA)
5 tys. 6 litrów 0.332129 3.59798
| | | | | + skorygowana norma (CN) ocena kontaktu
| | | | + wynik wzajemnej informacji (MI)
| | | + kontaktowy kod reszty aminokwasowej
| | + kontaktowy numer pozostałości
| + kontaktowy kod reszty aminokwasowej
+ kontaktowy numer pozostałości

Kontakty są sortowane według numeru pozostałości.

pfrmat_rr (PSICOW)
Format przewidywania rozdziału pozostałości od pozostałości CASP (PFRMAT RR) [3]:

+55 (67) 0 8 10.840280
| | | | + wynik kontaktu
| | +-+ zakres [Å] odległości Cb-Cb przewidziany dla pary reszt
| | (C-alfa dla glicyny)
| | Te dwa pola są niezmienne w danych wyjściowych.
| + kontaktowy numer pozostałości
+ kontaktowy numer pozostałości

Kontakty są sortowane według punktacji, malejąco.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?strona=format>

bioxsd
Dokument XML z jednymhttp://rostlab.org/freecontact/xsd„/>
element, zdefiniowany w schemacie FreeContact [4] wywodzącym się z BioXSD [5].

Przykład: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Uwaga: ponieważ BioXSD jest aktywnie rozwijany we współpracy z FreeContact,
Schemat FreeContact może w rzeczywistości pochodzić z wersji, która nie jest jeszcze dostępna w [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

Wyjście może nie zawierać wszystkich możliwych kontaktów.

LITERATURA

Złożony. FreeContact: szybkie i bezpłatne przewidywanie bezpośredniego kontaktu pozostałości z pozostałościami.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

OPCJE

-a [ --wątki ] arg
Wątki do użycia [0-). 0 oznacza tyle, ile rdzeni.

--aplikacja-przedziału arg
Gdy prawda, wyklucz kolumny i wiersze pozostałości z ważoną częstotliwością odstępów > --przerwa
z macierzy kowariancji [Boolean].

-c [ --clustpc ] argument
Procent grupowania BLOSUM [0-100].

--cov20 argument
Jeśli to prawda, pozostaw jeden aminokwas poza macierzą kowariancji, czyniąc go nieokreślonym nadmiernie
[Boole'a].

-d [ --gęstość ] arg
Docelowa gęstość matrycy precyzji [0-1]. Ustawić 0 nie kontrolować gęstości.

--odpluskwić
Włącz debugowanie.

--estimate-ivcov arg
Użyj odwrotnej estymacji macierzy kowariancji zamiast odwracania macierzy [Boolean].

-f [ --ali ] argument (=-)
Plik wyrównania [ścieżka]. Jeśli '-', standardowe wejście. Domyślny: '-'.

-g [ --przerwa ] argument
Ważony próg częstotliwości przerwy (0-1]).

-h [ --pomoc ]
Przygotuj tę wiadomość pomocy.

-i [ --input-format ] arg (=płaski)
Format wejściowy [płaski|xml].

--icme-arg limitu czasu (=1800)
Limit czasu estymacji odwrotnej macierzy kowariancji w sekundach [0-). Stosowany do każdej wersji
dzwonić niezależnie. W przypadku przekroczenia limitu czasu program kończy pracę ze statusem 2.

--mincontsep argument
Minimalna sekwencyjna separacja par reszt kontaktujących się podana w aminokwasach jako
(ji>=arg). 1 dla sąsiednich pozostałości. [1-).

-o [ --format-wyjścia ] argument
Format wyjściowy [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof argument (=domyślny)
Profil parametrów (opcjonalny) [default|evfold|psicov]. Domyślny profil to wielokrotnie.

Argumenty wiersza poleceń mogą służyć do zastępowania wartości profilu.

wielokrotnie
Uruchamia tryb zgodności EVfold-mfDCA [1].

psicow
Uruchamia tryb zgodności PSICOV [2].

psicov-sd
Wyzwala PSICOV [2] sensowny domyślny tryb: ustalone domyślne rho, brak kontroli gęstości.

-w [ --pscount-waga ] arg
Waga pseudoliczbowa [0-1].

-p [ --pseudocnt ] argument
Pseudoliczba [0-).

--werwa
Drukuj efektywne parametry na standardowym błędzie. Użyj tej opcji, aby zobaczyć jakie parametry
bezpłatny kontakt(1) jest szczegółowo omówiony. Jest to szczególnie przydatne, gdy --parprof
opcja jest używana w połączeniu z innymi opcjami.

--rho argument
Początkowa wartość parametru regularyzacji Glasso [0-). Jeśli ujemna, wybierz wartość
automatycznie.

--cichy arg (=0)
Wydrukuj tylko komunikaty o błędach w przypadku standardowego błędu. Nie wpływa --odpluskwić.

--veczw arg
Użyj ważenia sekwencji wektoryzowanych, jeśli jest to możliwe [Boolean].

--wersja
Wersja do druku.

EXIT STATUS

0 Bez błędu - sukces.

1 Nieokreślony błąd.

2 Limit czasu (patrz --icme-limit czasu) wystąpił.

PRZYKŁADY

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

UWAGI

Aby uzyskać optymalną wydajność, użyj oprogramowania Automatically Tuned Linear Algebra Software (ATLAS)
biblioteka skompilowany on dotychczasowy maszyna gdzie działa freecontact.

Skorzystaj z darmowego kontaktu online za pomocą usług onworks.net