To jest polecenie gaeval, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gaeval - oblicza zasięg i wyniki intergrity dla modeli genów na podstawie transkryptu
linie trasowania
STRESZCZENIE
gaeval [Opcje] wyrównania.gff3 geny.gff3 [moregenes.gff3 ...]
OPIS
Podstawowe opcje:
-h|--pomoc
wydrukuj tę wiadomość pomocy i wyjdź
-v|--wersja
wydrukuj numer wersji i wyjdź
Wagi do obliczania wyniku integralności (muszą sumować się do 1.0):
-a|--alfa: PODWÓJNE
introny potwierdzone lub % oczekiwanej długości CDS dla genów o pojedynczym eksonie; wartość domyślna to 0.6
-b|--beta: PODWÓJNE
pokrycie eksonu; wartość domyślna to 0.3
-g|--gamma: PODWÓJNE
% oczekiwanej długości 5' UTR; wartość domyślna to 0.05
-e|--epsilon: PODWÓJNE
% oczekiwanej długości 3' UTR; wartość domyślna to 0.05
Oczekiwane długości funkcji do obliczania wyniku integralności:
-c|--exp-cds: INT
oczekiwana długość CDS (w bp); wartość domyślna to 400
-5|--exp-5putr: LCAŁK
oczekiwana długość 5' UTR; wartość domyślna to 200
-3|--exp-3putr: LCAŁK
oczekiwana długość 3' UTR; wartość domyślna to 100
Korzystaj z gaeval online, korzystając z usług onworks.net
