genome-music-bmr-calc-wig-covgp - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

genome music bmr calc-wig-covg - Zlicza pokryte zasady na gen dla każdej podanej ścieżki ruchu
format pliku.

WERSJA

W tym dokumencie opisano muzykę genomową bmr calc-wig-covg wersja 0.04 (2016-01-01 o godz.
23:10:18)

STRESZCZENIE

muzyka genomowa bmr calc-wig-covg --roi-file=? --sekwencja-odniesienia=? --wig-list=?
--katalog-wyjściowy=?

Ogólne zastosowanie:

... muzyka bmr calc-wig-covg \
--wig-list katalog_wejściowy/lista_wigów \
--katalog-wyjściowy katalog_wyjściowy/ \
--referencja-sekwencja katalog_wejściowy/wszystkie_sekwencje.fa \
--roi-file katalog_wejściowy/all_coding_exons.tsv

WYMAGANE ARGUMENTY

roi-plik Tekst
Rozdzielana znakami tabulacji lista ROI [chr start stop nazwa_genu] (patrz opis)

sekwencja odniesienia Tekst
Ścieżka do sekwencji referencyjnej w formacie FASTA

lista peruk Tekst
Rozdzielana znakami tabulacji lista plików WIG [sample_name wig_file] (patrz opis)

katalog wyjściowy Tekst
Katalog, w którym będą zapisywane pliki wyjściowe i podkatalogi

OPIS

Ten skrypt zlicza zasady z wystarczającym pokryciem ROI każdego genu z podanych
wiggle track format plików i kategoryzuje je według liczby - AT, CG (non-CpG) i CpG.
Dodaje również te liczby zasad we wszystkich ROI każdego genu dla każdej próbki, ale
zakryte bazy leżące w obrębie nakładających się ROI nie są liczone więcej niż jeden raz
te sumy.

ARGUMENTY

--roi-plik
Regiony zainteresowania (ROI) każdego genu są zazwyczaj regionami docelowymi
sekwencjonowanie lub są połączone loci eksonów (z wielu transkryptów) genów o 2 pz
boki (połączenia spawów). W przypadku zliczeń zasad na gen, nakładająca się zasada będzie
liczone za każdym razem, gdy pojawia się w ROI tego samego genu. Aby tego uniknąć, koniecznie
łączą ze sobą nakładające się ROI tego samego genu. BEDtools' mergeBed może pomóc, jeśli jest używany
na gen.
--sekwencja-odniesienia
Sekwencja referencyjna w formacie FASTA. Jeśli indeks sekwencji referencyjnej nie zostanie znaleziony
obok tego pliku (plik .fai), zostanie on utworzony.
--wig-lista
Dostarcz plik zawierający przykładowe nazwy i lokalizacje plików w formacie ścieżki wiggle
każdy. Użyj formatu rozdzielanego znakami tabulacji [nazwa_przykładu plik_wigacji] w każdym wierszu. Dodatkowe kolumny
takie jak dane kliniczne są dozwolone, ale ignorowane. Nazwa_próbki musi być taka sama jak nazwa_próbki
nazwy próbek guza użyte w pliku MAF (kolumna 16, z nagłówkiem
Guz_Próbka_Kod kreskowy).
--katalog-wyjściowy
Określ katalog wyjściowy, w którym zostaną utworzone/zapisane następujące elementy: roi_covgs:
Podkatalog zawierający liczby bazowe objęte przez ROI dla każdej próbki. gene_covgs:
Podkatalog zawierający liczbę zasad pokrytych dla każdego genu dla każdej próbki. total_covgs:
Plik zawierający ogólne nienakładające się pokrycie na próbkę.

Korzystaj z genome-music-bmr-calc-wig-covgp online, korzystając z usług onworks.net