Jest to polecenie genome-music-galaxyp, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
genomowa galaktyka muzyczna — sekwencyjne uruchamianie pełnego zestawu narzędzi MuSiC.
WERSJA
Ten dokument opisuje wersję 0.04 galaktyki muzycznej genomu (2016-01-01 o 23:10:18)
STRESZCZENIE
genomowa galaktyka muzyczna [--output-dir=?] --bam-list=? --pakiet-wyjściowy=? --roi-plik=?
--sekwencja-odniesienia=? --maf-plik=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--kategoryczny-plik-danych-klinicznych=?] [--plik-macierzy-mutacji=?] [--permutacje=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-skiped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-adnotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--oddzielne-obcięcia] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--kliniczna-korelacja-pliku-macierzy=?]
Narzędzie to przyjmuje jako parametry wszystkie informacje wymagane do uruchomienia poszczególnych narzędzi. jakiś
przykładowe użycie to:
... muzyka gra \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeryczne-plik-danych-klinicznych-wejście/numeryczne_dane_kliniczne.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--katalog-wyjściowy katalog_wyjściowy_play \
--pathway-file input/pathway_db \
--wejście sekwencji odniesienia/sekwencja_odniesienia/wszystkie_sekwencje.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--genetyczny-gen typu danych
WYMAGANE ARGUMENTY
bam-lista Tekst
Rozdzielana tabulatorami lista plików BAM [nazwa próbki normal_bam guz_bam]
pakiet wyjściowy Tekst
Lokalizacja, w której Galaxy chce zapisać pakiet wyjść muzycznych
roi-plik Tekst
Rozdzielana tabulatorami lista ROI [chr start stop nazwa_genu]
sekwencja odniesienia Tekst
Ścieżka do sekwencji referencyjnej w formacie FASTA
plik maf Tekst
Lista mutacji przy użyciu specyfikacji TCGA MAF v2.3
plik-ścieżki Tekst
Rozdzielany tabulatorami plik informacji o ścieżce
OPCJA ARGUMENTY
katalog wyjściowy
Katalog, w którym będą zapisywane pliki wyjściowe i podkatalogi
Wartość domyślna „”, jeśli nie została określona
numeryczny-kliniczny-plik danych Tekst
Tabela próbek (y) a numeryczna kategoria danych klinicznych (x)
plik-danych-kategorii-klinicznych Tekst
Tabela próbek (y) a kategoryczna kategoria danych klinicznych (x)
plik macierzy mutacji Tekst
Opcjonalnie zapisz macierz próbka vs gen wykorzystywana podczas obliczeń.
permutacje Numer
Liczba permutacji użytych do określenia wartości P
normalna-min-głębokość Liczba całkowita
Minimalna głębokość odczytu do rozważenia podstawy Normal BAM jako objętej
guz-min-głębokość Liczba całkowita
Minimalna głębokość odczytu, aby uznać podstawę BAM guza za objętą
min-mapq Liczba całkowita
Minimalna jakość mapowania odczytów, którą należy wziąć pod uwagę przy obliczaniu głębokości odczytu
show-pominięty Boolean
Zgłoś każdą pominiętą mutację, a nie tylko ile
Wartość domyślna „false” (--noshow-skiped), jeśli nie została określona
noshow-pominięto Boolean
Ustaw pominięty program jako „fałsz”
geny do zignorowania Tekst
Rozdzielana przecinkami lista genów, które należy zignorować w przypadku częstości występowania mutacji w tle
bmr Numer
Częstość mutacji tła w docelowych regionach
maksymalna odległość Tekst
Maksymalna odległość AA między 2 mutacjami
bmr-modyfikator-plik Tekst
Rozdzielona tabulatorami lista wartości na gen, które modyfikują BMR przed badaniem [nazwa_genu
modyfikator_bmr]
metoda-testowania-danych-liczbowych Tekst
Albo „cor” dla korelacji Pearsona, albo „wilcox” dla testu sumy rang Wilcoxona dla
liczbowe dane kliniczne.
Wartość domyślna „cor”, jeśli nie została określona
pomiń-niskie-mr-geny Boolean
Pomiń testowanie genów z MR niższym niż MR tła
Wartość domyślna „prawda”, jeśli nie została określona
noskip-niskie-mr-geny Boolean
Ustaw geny pomijania niskiego poziomu mr jako „fałszywe”
max-fdr Numer
Maksymalny dozwolony odsetek fałszywych odkryć dla genu, który można uznać za SMG
Wartość domyślna „0.2”, jeśli nie została określona
genetyczny-typ danych Tekst
Dane w pliku macierzy muszą być danymi typu „gen” lub „wariant”
wu-adnotacje-nagłówki Boolean
Użyj tego domyślnie dla nagłówków formatu adnotacji wustl
nowu-adnotacje-nagłówki Boolean
Ustaw nagłówki adnotacji wu jako „fałszywe”
grupy bmr Liczba całkowita
Liczba skupień próbek o porównywalnych BMR
Wartość domyślna „1”, jeśli nie została określona
oddzielne obcięcia Boolean
Grupuj mutacje skrócone jako oddzielna kategoria
Wartość domyślna „false” (--noseparate-truncations), jeśli nie została określona
noseparate-skrócenia Boolean
Ustaw oddzielne obcięcia jako „fałszywe”
scalanie-równoczesnych-muts Boolean
Wielokrotne mutacje genu w tej samej próbce są traktowane jako 1
Wartość domyślna „false” (--nomerge-concurrent-muts), jeśli nie została określona
nomerge-współbieżne muty Boolean
Ustaw scalanie współbieżne-muts jako „fałsz”
pomiń brak kodowania Boolean
Pomiń niekodujące mutacje z dostarczonego pliku MAF
Wartość domyślna „prawda”, jeśli nie została określona
noskip-nie kodujący Boolean
Ustaw pomijanie niekodowania jako „fałsz”
pomiń-cichy Boolean
Pomiń ciche mutacje z dostarczonego pliku MAF
Wartość domyślna „prawda”, jeśli nie została określona
noskip-cichy Boolean
Ustaw pomijanie ciszy jako „fałsz”
min-mut-geny-na-ścieżkę Liczba całkowita
Ścieżki z mniejszą liczbą zmutowanych genów niż ta zostaną zignorowane
Wartość domyślna „1”, jeśli nie została określona
glm-model-plik Tekst
Plik określający typ modelu, zmienną odpowiedzi, kowarianty itp. dla GLM
analiza. (Zobacz opis).
Procesory Liczba całkowita
Liczba procesorów do użycia w SMG (wymaga pakietów 'foreach' i 'doMC' R)
Wartość domyślna „1”, jeśli nie została określona
zakres aa Liczba całkowita
Ustaw, jak blisko jest dopasowanie „bliskie” podczas wyszukiwania aminokwasu w pobliżu trafień
Wartość domyślna „2”, jeśli nie została określona
Zasięg nuklearny Liczba całkowita
Ustaw, jak blisko jest dopasowanie „bliskie” podczas wyszukiwania pozycji nukleotydu w pobliżu trafień
Wartość domyślna „5”, jeśli nie została określona
kompilacja odniesienia Tekst
Wpisz „Build36” lub „Build37”
Wartość domyślna „Build37”, jeśli nie została określona
znane hity Boolean
Gdy odkrycie jest nowe, pokaż znane AA w tym genie
Wartość domyślna „prawda”, jeśli nie została określona
noshow-znane-hity Boolean
Ustaw znane hity jako „fałszywe”
plik-danych-klinicznych-glm Tekst
Cechy kliniczne, profile mutacyjne, inne mieszane dane kliniczne (patrz OPIS).
Użyj-maf-w-glm Boolean
Ustaw tę flagę, aby użyć macierzy wariantów utworzonej z pliku MAF jako wariantu danych wejściowych do
Analiza GLM.
Wartość domyślna „false” (--nouse-maf-in-glm), jeśli nie została określona
nouse-maf-in-glm Boolean
Ustaw use-maf-in-glm jako „false”
omimaa-reż ścieżka
omim folder bazy danych mutacji aminokwasów
kosmiczny-dir ścieżka
folder bazy danych mutacji kosmicznych aminokwasów
gadatliwy Boolean
włącz, aby wyświetlić większą wydajność roboczą;
Wartość domyślna „prawda”, jeśli nie została określona
bezsensowny Boolean
Ustaw gadatliwy jako „false”
plik-matrycy-klinicznej-korelacji Tekst
Opcjonalnie przechowaj macierz próbka kontra gen wykorzystywana wewnętrznie podczas obliczeń.
OPIS
Tego polecenia można użyć do uruchomienia wszystkich narzędzi analitycznych MuSiC na zestawie danych. Proszę
dalsze opisy parametrów znajdują się w poszczególnych narzędziach.
AUTORSKI
Thomas B. Mooney, MS
KREDYTY
Zobacz kredyty dla muzyka genomowa(1).
Korzystaj online z genome-music-galaxyp, korzystając z usług onworks.net
