Jest to polecenie genomu-music-survivalp, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych internetowych stacji roboczych, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
Przeżycie muzyki genomu — Twórz wykresy przeżycia i wartości P dla badań klinicznych i mutacyjnych
fenotypy.
WERSJA
Ten dokument opisuje przetrwanie muzyki genomowej w wersji 0.04 (2016 o 01:01:23)
STRESZCZENIE
przetrwanie muzyki genomu --bam-list=? --katalog-wyj=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--genetyczny-typ-danych=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--pomiń-brak kodowania]
... przetrwanie muzyki \
--bam-list /ścieżka/myBamList.tsv \
--maf-file /ścieżka/myMAF.tsv \
--numeryczny-plik-danych-klinicznych /ścieżka/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /ścieżka/myClassData.tsv \
--output-dir /ścieżka/katalog_wyjściowy
... przetrwanie muzyki \
--bam-list /ścieżka/myBamList.tsv \
--maf-file /ścieżka/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /ścieżka/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /ścieżka/katalog_wyjściowy
... przetrwanie muzyki \
--bam-list /ścieżka/myBamList.tsv \
--maf-file /ścieżka/myMAF.tsv \
--genetyczny-typ danych 'gen' \
--glm-clinical-data-file /ścieżka/myGlmClinicalData.tsv \
--fenotypy do uwzględnienia „Rasa, płeć, TP53” \
--output-dir /ścieżka/katalog_wyjściowy
WYMAGANE ARGUMENTY
bam-lista Tekst
Lista nazw próbek, które należy uwzględnić w analizie. (Zobacz opis)
katalog wyjściowy Tekst
Katalog, w którym będą zapisywane pliki wyjściowe
OPCJA ARGUMENTY
plik maf Tekst
Lista mutacji w formacie MAF
pomiń-cichy Boolean
Pomiń ciche mutacje z dostarczonego pliku MAF
Wartość domyślna „prawda”, jeśli nie została określona
noskip-cichy Boolean
Ustaw pomijanie ciszy jako „fałsz”
genetyczny-typ danych Tekst
Skoreluj dane kliniczne z danymi na poziomie „genu” lub „wariantu”
Wartość domyślna „gen”, jeśli nie została określona
numeryczny-kliniczny-plik danych Tekst
Tabela próbek (y) a numeryczna kategoria danych klinicznych (x)
plik-danych-kategorii-klinicznych Tekst
Tabela próbek (y) a kategoryczna kategoria danych klinicznych (x)
plik-danych-klinicznych-glm Tekst
Cechy kliniczne, profile mutacyjne, inne mieszane dane kliniczne (patrz OPIS).
fenotypy do włączenia Tekst
Uwzględnij w analizie tylko te geny i/lub fenotypy. (OGRANICZONY PRZECIĘKIEM)
umieszczenie legendy Tekst
Wybierz jeden z 'dolny lewy', 'górny lewy', 'górny prawy' lub 'dolny prawy'.
Wartość domyślna 'bottomleft', jeśli nie została określona
pomiń brak kodowania Boolean
Pomiń niekodujące mutacje z dostarczonego pliku MAF
Wartość domyślna „prawda”, jeśli nie została określona
noskip-nie kodujący Boolean
Ustaw pomijanie niekodowania jako „fałsz”
OPIS
To polecenie wykonuje analizę przeżycia i wykreśla krzywe przeżycia dla danych mutacyjnych, ponieważ
jak również wszelkie interesujące cechy kliniczne określone za pomocą opcji --fenotypy do włączenia
parametr. Przeprowadzone analizy obejmują estymator Kaplana-Meiera, a następnie Cox
Model proporcjonalnych zagrożeń. Wyniki dla każdego analizowanego genu/cechy klinicznej obejmują przeżycie
krzywe, współczynnik ryzyka (z przedziałami ufności) oraz wartości P i FDR opisujące
znaczenie różnicy między ocalałymi i nieocalonymi.
Wszystkie pliki danych klinicznych są przeszukiwane pod kątem wymaganego (bez uwzględniania wielkości liter) „vital_status”
i kolumny „days_to_last_followup”, które są sparowane z fenotypami za pomocą identyfikatorów próbek dla
analiza przeżycia. Pierwsza kolumna wszystkich plików danych klinicznych MUSI zawierać próbkę
Identyfikatory, takie same jak w innych narzędziach MuSiC. Domyślnie analiza jest przeprowadzana na każdym obecnym genie
w MAF. Opcjonalnie analiza może być ograniczona tylko do określonych genów, wymieniając je
(rozdzielone przecinkami) po parametrze wejściowym --phenotypes-to-include. Analiza przeżycia może
można również wykonać na innych kolumnach w pliku danych klinicznych, dodając nagłówki kolumn
do listy wpisów określonych po parametrze wejściowym --phenotypes-to-include.
Oto kilka ogólnych wskazówek dotyczących tworzenia plików wejściowych danych klinicznych:
· Wymagane są nagłówki.
· Pierwsza kolumna każdego pliku danych klinicznych musi zawierać identyfikatory próbek, które pasują do tych
zarówno w --bam-list, jak i na liście wariantów MAF (w MAF jest to
w szczególności kolumna Tumor_Sample_Barcode).
· W co najmniej jednym z wejściowych plików danych klinicznych kolumny z nagłówkami „vital_status”
i musi istnieć „days_to_last_followup” (bez uwzględniania wielkości liter). „Vital_status” musi być
wyznaczone przez jedynki i zera, gdzie 1 oznacza „żyjący”, a 0 „zmarły”.
Zauważ, że wszystkie pliki wejściowe muszą być oddzielone tabulatorami.
ARGUMENTY
--bam-lista
Dostarcz plik zawierający nazwy próbek i lokalizacje BAM normalnego/guza dla każdego z nich. Posługiwać się
format rozdzielany tabulatorami [nazwa_próbki normalny_bam guz_bam] na wiersz. Tylko to narzędzie
potrzebuje sample_name, aby wszystkie inne kolumny można było pominąć. Przykładowa nazwa musi być
takie same jak nazwy próbek guzów użyte w pliku MAF (16. kolumna, z nagłówkiem)
Guz_Próbka_Kod kreskowy).
Korzystaj z genomu-music-survivalp online za pomocą usług onworks.net
