Jest to geom poleceń, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
geom - analizuje dane wejściowe geometrii molekularnej we współrzędnych kartezjańskich.
OPIS
Program geom odczytuje zbiór współrzędnych kartezjańskich i określa z nich wiązanie
odległości (Bohr i angstrem), kąty wiązania, kąty skrętu, kąty z płaszczyzny
(opcjonalnie), momenty bezwładności i stałe obrotowe.
AKTA WYMAGANE
input.dat - Plik wejściowy
oraz jedno z poniższych:
geom.dat - plik geometrii
file11.dat - plik geometrii/gradientu w formacie PSI
AKTA GENEROWANE
geom.out - plik zawierający analizę
WEJŚCIE OPCJE
Połączenia geom program posiada następujące opcje:
-h Wydrukuj informacje pomocy (te opcje).
-asy [filename]
Odczytaj dane wejściowe w formacie wyjściowym ACES, z każdym wierszem składającym się z atomic
symbol, liczba atomowa i współrzędne kartezjańskie (w Bohr). Opcjonalny argument
to nazwa pliku wejściowego geometrii, domyślnie geom.dat.
-qchem [filename]
Odczytaj dane wejściowe w formacie wyjściowym QCHEM, z każdą linią składającą się z atomu
liczba, symbol atomowy i współrzędne kartezjańskie (w Angstremach). Opcjonalne
argumentem jest nazwa pliku wejściowego geometrii, domyślnie geom.dat.
-xyz [filename]
Odczytaj dane wejściowe w formacie wyjściowym XYZ. Pierwsza linia zawiera liczbę
atomy, a drugi wiersz to wiersz komentarza. Kolejne wiersze zawierają
symbol atomowy i współrzędne kartezjańskie XY i Z (w Angstremach). Opcjonalne
argumentem jest nazwa pliku wejściowego geometrii, domyślnie geom.dat.
-ops Wydrukuj kąty z płaszczyzny, gdzie kąt abcd jest zdefiniowany jako kąt utworzony
przez wektor ad i płaszczyznę określoną przez atomy b, c i d.
DO_OOP = boolean
To samo, co przełącznik wiersza polecenia -oop opisany powyżej.
IZOTOPY = matryca of reals/smyczki
Służy do określania mas, które mają być użyte do obliczenia środka masy i
stałe rotacyjne. Dla każdego obliczanego izotopomeru przewidziana jest jedna macierz.
Tablice mogą mieszać liczby zmiennoprzecinkowe z łańcuchami, które oznaczają izotopy.
Jeśli ta tablica nie zostanie podana, a plik11.dat jest obecny, to masy będą
uzyskane przez konwersję liczb atomowych w pliku11. Jeśli masy nie są podane przez
ISOTOPES lub file11, wówczas nie zostaną obliczone żadne ilości związane z masą.
-g [filename]
Wczytaj współrzędne kartezjańskie z pliku innego niż file11.dat. Jeśli nazwa pliku nie jest
biorąc pod uwagę, domyślnie jest to geom.dat. Zakłada się, że alternatywny plik ma format
podobny do pliku geom.dat firmy PSI. Ponieważ takie pliki nie zawierają liczb atomowych,
momenty bezwładności i stałe obrotowe nie są obliczane, jeśli ta opcja
Jest używane.
ODCZYTAJ_GEOM = boolean
Ta opcja w input.dat mówi geom odczytać geometrię z geom.dat w PSI
format geom.dat.
-a Wydrukuj parametry dla wszystkich odległości par.
PRINT_ALL_DIST = boolean
To samo co flaga opisana powyżej.
-d dystans
Drukuj tylko parametry dotyczące par atomów, które są mniejsze niż dystans bohra
osobno (wartość domyślna to 4.0 bohr).
DRUKUJ_DISTANCE = wartość
To samo co flaga -d opisana powyżej.
-angstrem
Współrzędne wejściowe są w angstremach, a nie w bohrach.
ANGSTROM = boolean
If TRUE, współrzędne wejściowe są w angstremach zamiast bohr. Wartość domyślna to
FAŁSZYWY.
Poniższy przykład służy do obliczania informacji geometrycznych dla wody o
kilka różnych izotopów. Geometria jest odczytywana z pliku geom.dat, a nie z
plik11.dat.
geom: (
read_geom = prawda
izotopy = (
(OHH)
(DZIWNE)
(O18 1.007825 1.007825)
))
5 czerwca 1998 geom(1)
Korzystaj z geom online za pomocą usług onworks.net
