Jest to polecenie gff2ps, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu Mac OS
PROGRAM:
IMIĘ
gff2ps — Tworzy graficzne wyjście PostScript z plików GFF.
STRESZCZENIE
gff2ps [opcje] -- gff_files
OPIS
Ten program rysuje wypełnione kolorami wykresy DotPlots z plików z polami danych w formacie gff. ten
program przyjmuje jako dane wejściowe opatrzone adnotacjami cechy sekwencji genomowej w formacie GFF i
tworzy wyjście wizualne w PostScript.
OPCJE
-h Pokaż podsumowanie opcji.
-H
Wyświetla tylko pomoc dla określonej opcji.
-V Tryb szczegółowy, pełny raport jest wysyłany do standardowego błędu (domyślnie tylko wysyła
Ostrzeżenia).
-v Tryb cichy: Wyłącz wszystkie ostrzeżenia, żadne wiadomości nie są wysyłane do standardowego błędu.
-d Napisz (lub przepisz, jeśli istnieje) domyślny plik niestandardowy.
-D
Utwórz nowy domyślny plik niestandardowy o podanej nazwie.
-C
Załaduj podany plik niestandardowy i dołącz do domyślnego pliku niestandardowego (.gff2psrc).
-s
Przydatne do zmiany rozmiaru strony (domyślnie a4).
-p Przełącza orientację strony na Pionową (domyślnie jest to Pozioma).
-G
Ustawia kolor dla FOREGROUND (domyślnie czarny).
-g
Ustawia kolor TŁA (domyślnie biały).
-P <#> Ustawia liczbę stron potrzebnych do podziału wydruku (domyślnie jest to jeden).
-S <#> Powiększ pierwszy nukleotyd (domyślnie jest to pochodzenie sekwencji).
-E <#> Powiększ ostatni nukleotyd (domyślnie długość sekwencji).
-B <#> Ustawia bloki na stronę (domyślnie jeden).
-N <#> Ustawia nukleotydy na linię (domyślnie jest to największa pozycja sekwencji z wejściowego gff-
Pliki).
-b Bloki od lewej do prawej i od góry do dołu (domyślnie jest to najpierw od góry do dołu).
-L Wyłącz nagłówek (obszar tytułu).
-T
Definiowanie tytułu (domyślnie wejściowa nazwa pliku gff).
-t
Definiowanie napisów (domyślnie brak).
-l Nie pokazuje numeracji stron.
-O Nie pokazuje daty.
-o Nie pokazuje czasu.
-M <#> Liczba głównych znaczników w wierszu (domyślnie 10).
-K <#> Główne znaczniki skali w nukleotydach, domyślnie długość nukleotydów dla linii
podzielone przez liczbę głównych znaczników (patrz opcja -T).
-m <#> Liczba mniejszych znaczników między głównymi znacznikami (domyślnie 10).
-k <#> Pomniejsza skala znaczników w nukleotydach domyślna to wielkość głównych znaczników podzielona przez
liczba drobnych znaczników (patrz opcja -t).
-w, -f Wyłącz wyświetlanie elementów forward-strand (Watson).
-C, -r Wyłącz wyświetlanie elementów odwróconej nici (Crick).
-i Wyłącz wyświetlanie elementów niezależnych od pasma.
-0
Ustawia kolor dla ramki "0" (domyślnie jest to niebieski).
-1 Ustawia kolor dla ramki "1" (domyślnie czerwony).
-2 Ustawia kolor ramki "2" (domyślnie zielony).
-3 Ustawia kolor ramki „.” (domyślnie pomarańczowy).
-n Wyłącz etykiety dla pozycji elementów.
-a Wyłącz linię CopyRight na wykresie.
ŚRODOWISKO ZMIENNE
Istnieją trzy zmienne środowiskowe, które użytkownicy mogą ustawić zgodnie ze swoimi preferencjami:
+ Możesz określić ścieżkę, w której GFF2PS może znaleźć domyślne pliki w powłoce
zmienna „GFF2PS_CFDIR”. Wartość domyślna to ścieżka, w której używasz GFF2PS.
+ Możesz także zdefiniować domyślną niestandardową nazwę pliku, którą lubisz ze zmienną
"GFF2PS_CUSTOMFILE", domyślna nazwa programu dla pliku niestandardowego to ".gff2psrc".
+ GFF2PS musi zapisać kilka plików tymczasowych w katalogu z uprawnieniami do bieżącego
użytkownik do czytania i pisania. Domyślna ścieżka katalogu tymczasowego jest ustawiona na „/ tmp /" ale ty możesz
przypisz inną ścieżkę katalogu tymczasowego za pomocą zmiennej „GFF2PS_TMP”.
Ustawienie tych zmiennych w powłoce Bourne'a (bash):
eksportuj GFF2PS_CFDIR = "ścieżka"
eksportuj GFF2PS_CUSTOMFILE="nazwa_pliku"
eksportuj GFF2PS_TMP="ścieżka"
Korzystanie z C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "ścieżka"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "nazwa_pliku"
setenv GFF2PS_TMP "ścieżka"
KOMENTARZE
* Zdefiniowane kolory to:
Podstawowe kolory: czarny biały
Zmienne kolory: szary magenta fioletowy niebieski błękitny błękitny morski zielony limonkowy zielony żółty
pomarańczowy czerwony brązowy
Możesz uzyskać pięć odcieni kolorów z Variable Colors z "bardzo ciemny", "ciemny", "jasny" i
"bardzo lekkie" przedrostki. Przykład: bardzociemnomorskozielony ciemnomorskozielony morski jasnymorzezielony
bardzojasnomorski
* Zdefiniowane rozmiary stron to:
Od A0 do A10, od B0 do B10, 10x14, executive, folio, ledger, legal, letter, quarto,
oświadczenie i tabloid.
Korzystaj z gff2ps online za pomocą usług onworks.net
