Jest to polecenie glam2, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
glam2 — Lokalne wyrównanie motywów z przerwami
STRESZCZENIE
glam2 [Opcje] alfabet moje_seqs.fa
Alfabet inny niż p or n jest interpretowana jako nazwa pliku alfabetycznego.
OPIS
GLAM2 to pakiet oprogramowania do wyszukiwania motywów w sekwencjach, zazwyczaj aminokwasowych lub
sekwencje nukleotydowe. Motyw to powtarzający się wzór sekwencji: typowymi przykładami są
Pudełko TATA i motyw prenylacji CAAX. Główną innowacją GLAM2 jest to, że pozwala
wstawki i delecje w motywach.
OPCJE (DOMYŚLNY USTAWIENIA)
-h
Pokaż wszystkie opcje i ich ustawienia domyślne.
-o
Plik wyjściowy (stdout).
-r
Liczba przebiegów wyrównujących (10).
-n
Zakończ każdy przebieg po tylu iteracjach bez poprawy (10000).
-2
Zbadaj obie nici - dopełnienie do przodu i do tyłu.
-z
Minimalna liczba sekwencji w dopasowaniu (2).
-a
Minimalna liczba wyrównanych kolumn (2).
-b
Maksymalna liczba wyrównanych kolumn (50).
-w
Początkowa liczba wyrównanych kolumn (20).
-d
Plik mieszaniny Dirichleta.
-D
Usunięcie pseudoliczby (0.1).
-E
Pseudoliczba bez usuwania (2.0).
-I
Pseudoliczba wstawiania (0.02).
-J
Pseudoliczba bez wstawiania (1.0).
-q
Waga ogólnej i specyficznej dla zestawu sekwencji liczebności reszt (1e + 99).
-t
Temperatura początkowa (1.2).
-c
Współczynnik chłodzenia na n iteracji (1.44).
-u
Dolna granica temperatury (0.1).
-p
Drukuj informacje o postępie przy każdej iteracji.
-m
Ruchy próbkowania kolumnowego na ruch próbkowania witryny (1.0).
-x
Algorytm próbkowania witryny: 0=SZYBKO 1=WOLNO 2=FFT (0).
-s
Ziarno liczb pseudolosowych (1).
Korzystaj z glam2 online, korzystając z usług onworks.net
