gmap - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmap - Program mapowania i wyrównywania genomu

STRESZCZENIE

gmapa [OPCJE...] <SZYBKA pliki...>, or Kot | gmap [OPCJE...]

OPCJE

Wkład Opcje (musi zawierać -d or -g)
-D, --reż=katalog
Katalog genomu. Domyślny (określony przez --with-gmapdb do programu konfiguracyjnego)
is /var/cache/gmap

-d, --db.=STRING
Baza danych genomu. Jeśli argumentem jest „?” (z cudzysłowami), to polecenie wyświetla
dostępnych baz danych.

-k, -- kmer=INT
rozmiar kmer do użycia w bazie danych genomu (dozwolone wartości: 16 lub mniej). Jeśli nie
określony, program znajdzie najwyższy dostępny rozmiar kmer w genomie
baza danych

--próbowanie=INT
Próbkowanie do wykorzystania w bazie danych genomu. Jeśli nie zostanie określony, program znajdzie
najmniejsza dostępna wartość próbki w bazie danych genomu w ramach wybranej wielkości k-mer

-G, --genomfull
Użyj pełnego genomu (dozwolone są wszystkie znaki ASCII; budowane jawnie podczas konfiguracji), nie
wersja skompresowana

-g, --gseg=filename
Dostarczony przez użytkownika segment genomowy

-1, --samowyrównaj
Wyrównaj jedną sekwencję względem siebie w formacie FASTA przez standardowe wejście (przydatne do uzyskania
translacja białka sekwencji nukleotydowej)

-2, --Dopasuj do pary
Dopasuj dwie sekwencje w formacie FASTA przez standardowe wejście, z których pierwsza jest genomowa, a druga
jeden jest cDNA

--cmdlinia=STRING,STRUNOWY
Dopasuj te dwie sekwencje podane w wierszu poleceń, z których pierwsza jest genomowa i
drugi to cDNA

-q, --część=INT/INT
Przetwarzaj tylko i-ty z każdych n ciągów, np. 0/100 lub 99/100 (przydatne dla
dystrybucja zadań do farmy komputerowej).

--rozmiar-bufora-wejściowego=INT
Rozmiar bufora wejściowego (program odczytuje tyle sekwencji na raz, aby zwiększyć wydajność)
(domyślnie 1000)

Opcje obliczeń

-B, --seria=INT
Tryb wsadowy (domyślnie = 2)

Tryb Przesunięcia Pozycje Genom
0 patrz uwaga mmap mmap
1 patrz uwaga mmap i wstępne ładowanie mmap
(domyślnie) 2 patrz uwaga Mmap i ładowanie wstępne Mmap i ładowanie wstępne
3 patrz uwaga przydzielić Mmap i wstępne ładowanie
4 patrz uwaga przydzielić przydzielić
5 rozwiń przydziel przydziel

Uwaga: dla pojedynczej sekwencji wszystkie struktury danych używają mmap
Jeśli mmap nie jest dostępny, a alokacja nie jest wybrana, użyje fileio (bardzo wolno)

Uwaga na temat --seria i offsety: Rozbudowa offsetów może być kontrolowana
niezależnie przez --rozwiń-przesunięcia flaga. ten --seria=5 opcja jest równoważna
--seria=4 plus --rozwiń-przesunięcia=1

--rozwiń-przesunięcia=INT
Czy rozwinąć indeks przesunięcia genomowego Wartości: 0 (nie, domyślnie) lub 1 (tak).
Rozszerzenie zapewnia szybsze wyrównanie, ale wymaga więcej pamięci

--nosplicing
Wyłącza splicing (przydatne przy dopasowywaniu sekwencji genomowych do genomu)

--min-introndługość=INT
Minimalna długość jednego wewnętrznego intronu (domyślnie 9). Poniżej tego rozmiaru luka genomowa
będzie uważane za usunięcie, a nie intron.

-K, --introndługość=INT
Maksymalna długość dla jednego wewnętrznego intronu (domyślnie 200000)

-w, --lokalny splicedysta=INT
Maksymalna długość znanych miejsc łączenia na końcach sekwencji (domyślnie 2000000)

-L, --długość całkowita=INT
Maksymalna całkowita długość intronu (domyślnie 2400000)

-x, --chimera-marża=INT
Ilość niewyrównanej sekwencji, która uruchamia wyszukiwanie pozostałej sekwencji
(domyślnie 30). Umożliwia wyrównanie odczytów chimerycznych i może pomóc w niektórych
niechimeryczne odczyty. Aby wyłączyć, ustaw na zero.

--bez chimer
Wyłącza znajdowanie chimer. Ten sam efekt co --chimera-marża=0

-t, --nwątki=INT
Liczba wątków roboczych

-c, --chrssubset=ciąg
Ogranicz wyszukiwanie do danego chromosomu

-z, --kierunek=STRING
kierunek cDNA (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter lub
auto (domyślnie))

-H, --trimendeksony=INT
Przytnij eksony końca z mniejszą liczbą dopasowań niż podana (w nt, domyślnie 9)

--tryb-kanoniczny=INT
Nagroda za kanoniczne i półkanoniczne introny 0=niska nagroda, 1=wysoka nagroda
(domyślnie), 2=niska nagroda za sekwencje o wysokiej tożsamości i wysoka nagroda w przeciwnym razie

--międzygatunkowe
Użyj bardziej czułego wyszukiwania splicingu kanonicznego, co jest szczególnie przydatne w przypadku
wyrównania międzygatunkowe i inne trudne przypadki

--allow-close-indels=INT
Zezwalaj na wstawianie i usuwanie blisko siebie (0=nie, 1=tak (domyślnie), 2=tylko
dla wyrównania wysokiej jakości)

--mikroekson-spliceprob=FLOAT
Zezwalaj na mikroeksony tylko wtedy, gdy jedno z prawdopodobieństw miejsca splicingu jest większe niż to
wartość (domyślnie 0.95)

--cmetdir=STRING
Katalog plików indeksu metylocytozyny (utworzony przy użyciu cmetindex) (domyślnie
lokalizacja plików indeksu genomu określona za pomocą -D, -V, -d)

--atoidir=STRING
Katalog do edycji plików indeksu A-to-I RNA (utworzonych za pomocą atoiindex) (domyślnie:
lokalizacja plików indeksu genomu określona za pomocą -D, -V, -d)

--tryb=STRING
Tryb wyrównania: standardowy (domyślny), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi bez nici, ttoc z nicią lub ttoc bez nici. Niestandardowe tryby wymagają
wcześniej uruchamiałeś programy cmetindex lub atoiindex (które również obejmują
tryby ttoc) na genomie

-p, --poziom śliwek
Poziom przycinania: 0=brak przycinania (domyślnie), 1=słabe sekwencje, 2=powtarzalne sekwencje, 3=słabe i
powtarzalne

Typy wyjść

-S, --streszczenie
Pokaż tylko podsumowanie linii trasowania

-A, --wyrównywać
Pokaż wyrównania

-3, --ciągły
Pokaż wyrównanie w trzech ciągłych liniach

-4, --ciągły-według-egzonu
Pokaż wyrównanie w trzech liniach na egzon

-Z, --Kompresja
Wydrukuj wydruk w formacie skompresowanym

-E, --egzony=STRING
Drukuj egzony („cdna” lub „genomiczne”)

-P, --białko_dna
Sekwencja białka druku (cDNA)

-Q, --białko_gen
Sekwencja białka druku (genomiczna)

-f, --format=INT
Inny format wyjścia (zwróć też uwagę na -A i -S opcje i inne wymienione opcje
w sekcji Typy wyjść):
psl (lub 1) = format PSL (BLAT),
gff3_gene (lub 2) = format genu GFF3,
gff3_match_cdna (lub 3) = format cDNA_match GFF3,
gff3_match_est (lub 4) = format GFF3 EST_match,
splicesites (lub 6) = wyjście splicesites (dla pliku splicingu GSNAP),
introns = wyjście intronów (dla pliku splicingu GSNAP),
map_exons (lub 7) = format mapy egzonowej IIT FASTA,
map_ranges (lub 8) = format mapy zasięgu IIT FASTA,
coords (lub 9) = coords w formacie tabeli,
sampe = format SAM (ustawienie bitu paired_read we fladze),
samse = format SAM (bez ustawienia bitu paired_read)

Opcje wyjściowe

-n, --nścieżki=INT
Maksymalna liczba ścieżek do wyświetlenia (domyślnie 5). Jeśli ustawiony na 1, GMAP nie będzie raportować
chimeryczne wyrównania, ponieważ implikują one dwie ścieżki. Jeśli chcesz jedno wyrównanie
plus wyrównania chimeryczne, a następnie ustaw to na 0.

--wynik-suboptymalny=INT
Raportuj tylko ścieżki, których wynik mieści się w tej wartości najlepszej ścieżki. Domyślnie,
jeśli ta opcja nie jest podana,
program drukuje wszystkie znalezione ścieżki.

-O, --zamówione
Wydrukuj dane wyjściowe w tej samej kolejności co dane wejściowe (istotne tylko wtedy, gdy jest więcej niż jeden pracownik)
wątek)

-5, --md5
Wydrukuj sumę kontrolną MD5 dla każdej sekwencji zapytania

-o, --chimera-nakłada się
Nakładaj, aby pokazać, jeśli w ogóle, w punkcie przerwania chimery

--tylko nieudane
Drukuj tylko nieudane wyrównania, te bez wyników

--nieudane
Wyklucz drukowanie nieudanych wyrównań

-V, --snpskatalog=STRING
Katalog dla plików indeksu SNP (utworzonych przy użyciu snpindex) (domyślna lokalizacja to
pliki indeksu genomu określone za pomocą -D i -d)

-v, --użyj-snps=STRING
Użyj bazy danych zawierającej znane SNP (w .iit, zbudowany wcześniej przy użyciu
snpindex) dla tolerancji na SNP

--podzielone wyjście=STRING
Nazwa bazowa dla wyjścia wieloplikowego, osobno dla nomapowania,
uniq, mult (i chimera, jeśli --chimera-marża jest zaznaczone)

--nieudane wejście=STRING
Wydrukuj całkowicie nieudane wyrównania jako dane wejściowe w formacie FASTA lub FASTQ do podanego
plik. Jeśli --podzielone wyjście podana jest również flaga, ten plik jest generowany dodatkowo
do danych wyjściowych w pliku .nomapping.

--dołącz-wyjście
Kiedy --podzielone wyjście or --nieudane wejście jest podana, ta flaga dołączy dane wyjściowe do
istniejące pliki. W przeciwnym razie domyślnie tworzone są nowe pliki.

--output-buffer size=INT
Rozmiar bufora w zapytaniach dla wątku wyjściowego (domyślnie 1000). Kiedy liczba
wyniki do wydrukowania przekraczają ten rozmiar, wątki robocze są zatrzymywane do czasu
zaległości są wyczyszczone

-F, --pełna długość
Przyjmij białko o pełnej długości, zaczynając od Met

-a, --cdstart=INT
Przetłumacz kodony z podanego nukleotydu (na podstawie 1)

-T, --ścięty
Skróć wyrównanie wokół białka pełnej długości, Met to Stop Implikuje -F flag.

-Y, --tolerancyjny
Tłumaczy cDNA z poprawkami na przesunięcia ramki

Opcje wyjścia GFF3

--gff3-dodaj-separatory=INT
Czy dodać separator ### po każdej sekwencji zapytania Wartości: 0 (nie), 1 (tak,
domyślna)

Opcje wyjścia SAM

--no-sam-nagłówki
Nie drukuj nagłówków zaczynających się od „@”

--sam-use-0M
Wstaw 0M w CIGAR między sąsiednimi wstawieniami i usunięciami Wymagane przez Picarda,
ale może powodować błędy w innych narzędziach

--force-xs-dir
W przypadku wyrównań RNA-Seq nie zezwala na XS:A:? kiedy kierunek zmysłu jest niejasny i
zastępuje tę wartość arbitralnie przez XS:A:+. Może się przydać w niektórych programach, np.
jako spinki do mankietów, które nie poradzą sobie z XS:A:?. Jeśli jednak użyjesz tej flagi,
raportowana wartość XS:A:+ w takich przypadkach nie będzie miała znaczenia.

--md-małe-snp
W ciągu MD, gdy znane SNP są podane przez -v flaga,
drukuje nukleotydy różnicowe jako małe litery, gdy one,
różnią się od odniesienia, ale pasują do znanego alternatywnego allelu

--akcja-jeśli-błąd-cygara
Działania, które należy podjąć w przypadku rozbieżności między długością CIGAR a długością sekwencji
Dozwolone wartości: ignorowanie, ostrzeżenie (domyślne), przerwanie

--identyfikator-grupy-odczytu=STRING
Wartość do umieszczenia w polu identyfikatora grupy odczytu (RG-ID)

--odczyt-nazwa-grupy=STRING
Wartość do umieszczenia w polu nazwy grupy odczytu (RG-SM)

--odczyt-biblioteka-grupy=STRING
Wartość do umieszczenia w polu biblioteki grupy do odczytu (RG-LB)

--platforma-odczytu-grupy=STRING
Wartość do umieszczenia w polu biblioteki grupy do odczytu (RG-PL)

Opcje oceny jakości

--protokół-jakości=STRING
Protokół dla wejściowych wyników jakości. Dozwolone wartości: iluminacja (ASCII 64-126)
(równoważny -J 64 -j -31) śpiewak (ASCII 33-126) (odpowiednik -J 33 -j 0)

Domyślnie jest to sanger (brak zmiany jakości druku)
Pliki wyjściowe SAM powinny mieć wyniki jakości w protokole sanger

Lub możesz określić przesunięcie drukowania za pomocą tej flagi:

-j, --jakość-przesunięcie-druku=INT
Przesuń wyniki jakości FASTQ o tę wartość na wyjściu (domyślnie 0 dla sangera)
protokół; aby zmienić wejście Illumina na wyjście Sanger, wybierz -31)

Opcje pliku mapy zewnętrznej

-M, --mapdir=katalog
Katalog map

-m, --mapa=plik iit
Plik mapy. Jeśli argumentem jest „?” (z cytatami),
zawiera listę dostępnych plików map.

-e, --mapeksony
Mapuj każdy egzon osobno

-b, --mapoba
Zgłoś trafienia z obu nici genomu

-u, --flankowanie=INT
Pokaż ciosy z flanki (domyślnie 0)

--drukuj-komentarz
Pokaż wiersz komentarza dla każdego trafienia

Opcje wyjścia wyrównania

-N, --niedługości
Brak długości intronów w wyrównaniu

-I, --odwróć tryb=INT
Tryb dopasowania do nici genomowej (-): 0=Nie odwracaj cDNA (domyślnie)
1=Odwróć cDNA i wydrukuj genomową (-) nić 2=Odwróć cDNA i wydrukuj genomową (+)
pasmo

-i, --introgap=INT
Nukleotydy do pokazania na każdym końcu intronu (domyślnie 3)

-l, --długość owinięcia=INT
Długość owijania do wyrównania (domyślnie 50)

Opcje filtrowania wyjścia

--min-przycięte-pokrycie=FLOAT
Nie drukuj wyrównań z przyciętym pokryciem pomniejszonym o tę wartość (domyślnie=0.0, co
oznacza brak filtrowania) Zauważ, że chimeryczne wyrównania będą wyświetlane niezależnie od tego
filtrować

--min-tożsamość=FLOAT
Nie drukuj wyrównań o tożsamości mniejszej niż ta wartość (domyślnie=0.0, co oznacza nie
filtrowanie) Zauważ, że chimeryczne wyrównania będą wyprowadzane niezależnie od tego filtra
Opcje pomocy

--sprawdzać
Sprawdź założenia kompilatora

--wersja
Pokaż wersję

--help Pokaż tę wiadomość pomocy

Inne narzędzia pakietu GMAP znajdują się w /usr/lib/gmap

Korzystaj z gmap online za pomocą usług onworks.net