To jest polecenie gmx-covar, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-covar - Oblicz i diagonalizuj macierz kowariancji
STRESZCZENIE
gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-z [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-asci [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpmma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [ty ] [-xvg ] [-[Nie pasuje]
[-[nie]ref] [-[nie]mwa] [-ostatni ] [-[nie]pbc]
OPIS
gmx kowar oblicza i diagonalizuje macierz kowariancji (ważonej masowo). Wszystko
konstrukcje są dopasowywane do konstrukcji w pliku konstrukcji. Kiedy to nie jest bieg
Okresowość pliku wejściowego nie będzie brana pod uwagę. Kiedy grupy dopasowania i analizy
są identyczne, a analiza nie jest ważona masą, dopasowanie również nie będzie
ważone masowo.
Wektory własne są zapisywane w pliku trajektorii (-v). Kiedy te same atomy są używane do
analizy dopasowania i kowariancji, najpierw zapisywana jest struktura odniesienia dla dopasowania
z t=-1. Średnia (lub odniesienie, kiedy -ref jest używany) struktura jest zapisywana z t=0,
wektory własne są zapisywane jako ramki z numerem wektora własnego jako znacznikiem czasu.
Wektory własne można analizować za pomocą gmx anegd.
Option -asci zapisuje całą macierz kowariancji do pliku ASCII. Kolejność
elementy to: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
Option -xpm zapisuje całą macierz kowariancji do an .xpm plik.
Option -xpmma zapisuje atomową macierz kowariancji do an .xpm pliku, tj. dla każdej pary atomów
zapisywana jest suma kowariancji xx, yy i zz.
Należy pamiętać, że diagonalizacja macierzy wymaga pamięci i czasu, który wzrośnie o
co najmniej tak szybko, jak kwadrat liczby zaangażowanych atomów. Łatwo go zabraknąć
pamięci, w takim przypadku narzędzie prawdopodobnie zakończy działanie z „Błądem segmentacji”. Powinieneś
dokładnie rozważ, czy zmniejszony zestaw atomów spełni Twoje potrzeby przy niższych kosztach.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xvg>] (wartość własna.xvg)
plik xvgr/xmgr
-v [<.trr/.cpt/...>] (własne.trr)
Pełna precyzyjna trajektoria: tr CPT tng
-z [<.gro/.g96/...>] (średnia.pdb)
Plik struktury: Gro g96 pdb brk ent szczególnie
-l [<.log>] (covar.log)
Plik dziennika
-asci [<.dat>] (covar.dat) (Opcjonalnie)
Ogólny plik danych
-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap
-xpmma [<.xpm>] (covara.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
ty (ps)
Jednostka dla wartości czasu: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-[Nie pasuje (tak)
Dopasuj do konstrukcji referencyjnej
-[nie]ref (Nie)
Użyj odchylenia od konformacji w pliku struktury zamiast od
średni
-[nie]mwa (Nie)
Analiza kowariancji ważonej masą
-ostatni (-1)
Ostatni wektor własny do zapisania (-1 to koniec)
-[nie]pbc (tak)
Zastosuj poprawki dla okresowych warunków brzegowych
Korzystaj z gmx-covar online, korzystając z usług onworks.net
