gmx_d — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx - pakiet do symulacji dynamiki molekularnej

STRESZCZENIE

gmx [-[nie] godz] [-[nie]cicho] [-[nie]wersja] [-[nie]prawa autorskie] [-miły ]
[-[nie]kopia zapasowa]

OPIS

GROMACS to w pełni funkcjonalny pakiet programów do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej,
tj. symulować zachowanie systemów z użyciem setek do milionów cząstek
Newtonowskie równania ruchu. Stosowany jest głównie do badań nad białkami, lipidami i
polimerów, ale mogą być stosowane w wielu różnych badaniach chemicznych i biologicznych
pytań.

OPCJE

Inne opcje:

-[nie] godz (Nie)
Wydrukuj pomoc i wyjdź

-[nie]cicho (Nie)
Nie drukuj typowych informacji startowych ani cytatów

-[nie]wersja (Nie)
Wydrukuj informacje o rozszerzonej wersji i wyjdź

-[nie]prawa autorskie (tak)
Drukuj informacje o prawach autorskich podczas uruchamiania

-miły (19)
Ustaw nicelevel (domyślnie zależy od polecenia)

-[nie]kopia zapasowa (tak)
Zapisz kopie zapasowe, jeśli istnieją pliki wyjściowe

GMX POLECENIA

Dostępne są następujące polecenia. Proszę zapoznać się z ich indywidualnymi stronami podręcznika lub gmx
pomoc dla dalszych szczegółów.

Trajektoria analiza
gmx-gangle(1)
Oblicz kąty

gmx-odległość(1)
Oblicz odległości między parami pozycji

gmx-freevolume(1)
Oblicz swobodną objętość

gmx-pairdist(1)
Oblicz parami odległości między grupami pozycji

gmx-rdf(1)
Oblicz promieniowe funkcje rozkładu

gmx-sasa(1)
Oblicz powierzchnię dostępną dla rozpuszczalnika

gmx-select(1)
Drukuj ogólne informacje o selekcjach

Generowanie topologie i współrzędne
gmx-editconf(1)
Edytuj pole i napisz podgrupy

gmx-x2top(1)
Wygeneruj prymitywną topologię ze współrzędnych

solwat gmx(1)
Solwatuj system

molekuły-wstawiane-gmx(1)
Wstaw molekuły w istniejące wolne miejsca

gmx-genconf(1)
Pomnóż konformację w „losowych” orientacjach

gmx-genion(1)
Generuj jony jednoatomowe w korzystnych energetycznie pozycjach

gmx-genrest(1)
Generuj ograniczenia pozycji lub ograniczenia odległości dla grup indeksów

gmx-pdb2gmx(1)
Konwertuj pliki współrzędnych na topologię i pliki współrzędnych zgodne z FF

Bieganie a symulacja
gmx-grompp(1)
Utwórz plik wejściowy uruchamiania

gmx-mdrun(1)
Wykonaj symulację, wykonaj analizę w trybie normalnym lub minimalizację energii

gmx-convert-tpr(1)
Utwórz zmodyfikowany plik run-input

Przedstawiamy trajektorie
gmx-nmtraj(1)
Wygeneruj wirtualną trajektorię oscylacyjną z wektora własnego

widok gmx(1)
Zobacz trajektorię na terminalu X-Windows

Przetwarzanie energie
gmx-enemat(1)
Wyodrębnij macierz energetyczną z pliku energetycznego

gmx-energia(1)
Zapisuje energie do plików xvg i wyświetla średnie

gmx-mdrun(1)
(Ponownie) oblicz energie dla ramek trajektorii za pomocą opcji -rerun

Konwersja pliki
gmx-editconf(1)
Konwertuj i manipuluj plikami strukturalnymi

gmx-enconv(1)
Konwertuj pliki energii

gmx-sigeps(1)
Konwertuj kombinacje c6/12 lub c6/cn na iz sigma/epsilon

gmx-trjcat(1)
Połącz pliki trajektorii

gmx-trjconv(1)
Konwertuj i manipuluj plikami trajektorii

gmx-xpm2ps(1)
Konwertuj macierze XPM (XPixelMap) na PostScript lub XPM

Tools
analiza gmx(1)
Analizuj zestawy danych

gmx-dyndom(1)
Interpoluj i ekstrapoluj obroty struktury

filtr gmx(1)
Trajektorie filtrów częstotliwości, przydatne do tworzenia płynnych filmów

kłamstwo gmx(1)
Oszacuj energię swobodną z kombinacji liniowych

gmx-morph(1)
Interpoluj liniowo między konformacjami

gmx-pme_error(1)
Oszacuj błąd użycia PME z podanym plikiem wejściowym

gmx-pozorne(1)
Oblicz swobodne energie lub inne histogramy z histogramów

gmx-przestrzenny(1)
Oblicz funkcję rozkładu przestrzennego

gmx-traj(1)
Wykreśl x, v, f, pudełko, temperaturę i energię obrotową z trajektorii

gmx-tune_pme(1)
Czas mdrun jako funkcja rang PME w celu optymalizacji ustawień

gmx-wham(1)
Wykonaj ważoną analizę histogramu po próbkowaniu parasolowym

sprawdzanie gmx(1)
Sprawdź i porównaj pliki

zrzut gmx(1)
Spraw, aby pliki binarne były czytelne dla człowieka

gmx-make_ndx(1)
Utwórz pliki indeksu

gmx-mk_angndx(1)
Wygeneruj pliki indeksu dla „kąta gmx”

gmx-trjorder(1)
Uporządkuj cząsteczki według ich odległości od grupy

gmx-xpm2ps(1)
Konwertuj macierze XPM (XPixelMap) na PostScript lub XPM

Odległości pomiędzy Struktury
klaster gmx(1)
Struktury klastrowe

gmx-confrms(1)
Dopasuj dwie struktury i oblicz RMSD

gmx-rms(1)
Oblicz RMSD ze strukturą odniesienia i macierzami RMSD

gmx-rmsf(1)
Oblicz fluktuacje atomowe

Odległości in Struktury koniec czas
gmx-mindist(1)
Oblicz minimalną odległość między dwiema grupami

gmx-mdmat(1)
Oblicz mapy kontaktów pozostałości

gmx-polistat(1)
Obliczanie właściwości statycznych polimerów

gmx-rmsdist(1)
Oblicz odległości par atomów uśrednione z potęgą -2, -3 lub -6

Masa 分配 niska zabudowa koniec czas
gmx-wirtualny(1)
Oblicz promień bezwładności

gmx-msd(1)
Oblicza średnie kwadratowe przemieszczenia

gmx-polistat(1)
Obliczanie właściwości statycznych polimerów

gmx-rdf(1)
Oblicz promieniowe funkcje rozkładu

gmx-rotacf(1)
Oblicz rotacyjną funkcję korelacji dla cząsteczek

gmx-rotmat(1)
Narysuj macierz obrotu w celu dopasowania do struktury odniesienia

gmx-san(1)
Oblicz widma rozpraszania neutronów pod małymi kątami

saksofon gmx(1)
Oblicz widma rozpraszania promieni rentgenowskich pod małymi kątami

gmx-traj(1)
Wykreśl x, v, f, pudełko, temperaturę i energię obrotową z trajektorii

gmx-vanhove(1)
Oblicz funkcje przemieszczenia i korelacji Van Hove'a

Analizowanie wolnocłowy Interakcje
gmx-kąt(1)
Oblicz rozkłady i korelacje dla kątów i dwuścianów

gmx-mk_angndx(1)
Wygeneruj pliki indeksu dla „kąta gmx”

Strukturalny niska zabudowa
gmx-anadock(1)
Działają struktury klastrowe z Autodock

pakiet gmx(1)
Analizuj wiązki osi, np. helisy

rozmiar klastra gmx(1)
Oblicz rozkłady wielkości klastrów atomowych

gmx-disre(1)
Przeanalizuj ograniczenia odległości

gmx-hbond(1)
Oblicz i analizuj wiązania wodorowe

zamówienie gmx(1)
Oblicz parametr porządku na atom dla ogonów węglowych

gmx-principal(1)
Oblicz główne osie bezwładności grupy atomów

gmx-rdf(1)
Oblicz promieniowe funkcje rozkładu

gmx-saltbr(1)
Oblicz mosty solne

gmx-sorient(1)
Przeanalizuj orientację rozpuszczalnika wokół substancji rozpuszczonych

gmx-spol(1)
Analizuj orientację i polaryzację dipoli rozpuszczalnika wokół substancji rozpuszczonych

kinetyczny niska zabudowa
pasek gmx(1)
Oblicz oszacowania różnic energii swobodnej za pomocą współczynnika akceptacji Bennetta

gmx-prąd(1)
Oblicz stałe dielektryczne i funkcję autokorelacji prądu

gmx-dos(1)
Przeanalizuj gęstość stanów i właściwości na tej podstawie

gmx-dyecoupl(1)
Wyodrębnij dynamikę barwnika z trajektorii

gmx-principal(1)
Oblicz główne osie bezwładności grupy atomów

gmx-tcaf(1)
Oblicz lepkość cieczy

gmx-traj(1)
Wykreśl x, v, f, pudełko, temperaturę i energię obrotową z trajektorii

gmx-vanhove(1)
Oblicz funkcje przemieszczenia i korelacji Van Hove'a

gmx-velacc(1)
Oblicz funkcje autokorelacji prędkości

Elektrostatyczny niska zabudowa
gmx-prąd(1)
Oblicz stałe dielektryczne i funkcję autokorelacji prądu

gmx-dielektryk(1)
Oblicz stałe dielektryczne zależne od częstotliwości

dipole gmx(1)
Oblicz całkowity dipol plus fluktuacje

Potencjał gmx(1)
Oblicz potencjał elektrostatyczny w poprzek pudełka

gmx-spol(1)
Analizuj orientację i polaryzację dipoli rozpuszczalnika wokół substancji rozpuszczonych

gmx-genion(1)
Generuj jony jednoatomowe w korzystnych energetycznie pozycjach

Specyficzne dla białka analiza
gmx-do_dssp(1)
Przypisz strukturę drugorzędową i oblicz powierzchnię dostępną dla rozpuszczalnika

gmx-chi(1)
Oblicz wszystko, co chcesz wiedzieć o chi i innych dwuścianach

gmx-helix(1)
Oblicz podstawowe właściwości helis alfa

orientacja helisy gmx(1)
Oblicz lokalne nachylenie/zgięcie/obrót/orientację wewnątrz helis

gmx-rama(1)
Oblicz wykresy Ramachandrana

gmx-koło(1)
Narysuj koła spiralne

interfejsy
pakiet gmx(1)
Analizuj wiązki osi, np. helisy

gmx-gęstość(1)
Oblicz gęstość układu

gmx-densmap(1)
Oblicz płaskie lub osiowo-promieniowe mapy gęstości 2D

gmx-densorder(1)
Oblicz fluktuacje powierzchni

gmx-h2order(1)
Oblicz orientację cząsteczek wody

hydorder gmx(1)
Oblicz parametry tetrahedralności wokół danego atomu

zamówienie gmx(1)
Oblicz parametr porządku na atom dla ogonów węglowych

Potencjał gmx(1)
Oblicz potencjał elektrostatyczny w poprzek pudełka

Kowariancja analiza
gmx-anaeig(1)
Przeanalizuj wektory własne

gmx-covar(1)
Oblicz i diagonalizuj macierz kowariancji

gmx-make_edi(1)
Generuj pliki wejściowe do podstawowego próbkowania dynamiki

Normalna Tryby
gmx-anaeig(1)
Przeanalizuj tryby normalne

gmx-nmeig(1)
Diagonalizuj hesjan do analizy w trybie normalnym

gmx-nmtraj(1)
Wygeneruj wirtualną trajektorię oscylacyjną z wektora własnego

gmx-nmens(1)
Wygeneruj zespół struktur z trybów normalnych

gmx-grompp(1)
Utwórz plik wejściowy uruchamiania

gmx-mdrun(1)
Znajdź minimum energii potencjalnej i oblicz hesjan

PRAWA AUTORSKIE

2015, zespół deweloperski GROMACS

Korzystaj z gmx_d online, korzystając z usług onworks.net