Jest to polecenie gmx-densorder, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-densorder - Oblicz wahania powierzchni
STRESZCZENIE
gmx densorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [Lub [<.wyjście> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[- Spect [<.wyjście> [...]]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[teraz] [-[nie]1d] [-bw ]
[-bwn ] [-zamówienie ] [-oś ]
[-metoda ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblok ] [-npoziom ]
OPIS
gmx gęstość zmniejsza dwufazowy rozkład gęstości wzdłuż osi, obliczony na podstawie MD
trajektorii, do powierzchni 2D zmieniających się w czasie, poprzez dopasowanie do profilu funkcjonalnego
gęstości międzyfazowe. Może to być uśredniona w czasie reprezentacja przestrzenna interfejsów
wyjście z opcją -tavg.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.dat>] (Density4D.dat) (Opcjonalnie)
Ogólny plik danych
Lub [<.wyjście> [...]] (cześć.out) (Opcjonalnie)
Ogólny plik wyjściowy
-og [<.xpm> [...]] (interfejs.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap
- Spect [<.wyjście> [...]] (intfspect.out) (Opcjonalnie)
Ogólny plik wyjściowy
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki
-[nie]1d (Nie)
Geometria interfejsu pseudo-1d
-bw (0.2)
Szerokość rozkładu gęstości styczna do granicy faz
-bwn (0.05)
Szerokość rozkładu gęstości normalna do interfejsu
-zamówienie (0)
Rząd filtru Gaussa, rząd 0 oznacza filtrowanie NO
-oś (Z)
Kierunek osi — X, Y lub Z
-metoda (przepoławiać)
Metoda lokalizacji interfejsu: dwusieczna, funkcjonalna
-d1 (0)
Faza gęstości nasypowej 1 (przy małym z)
-d2 (1000)
Faza gęstości nasypowej 2 (przy dużym z)
-tblok (100)
Średnia liczba klatek w jednym bloku czasowym
-npoziom (100)
Liczba poziomów wysokości w 2D - XPixMaps
Skorzystaj z gmx-densorder online, korzystając z usług onworks.net
