gmx-energy — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-energy - Zapisuje energie do plików xvg i wyświetla średnie

STRESZCZENIE

gmx energia [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-wiola [<.xvg>]] [-pary [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-orta [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-dziwne [<.xvg>]] [-często [<.xvg>]] [-kor [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-och [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[teraz] [-xvg ] [-[Bez opłaty]
[-temp ] [-zero ] [-[nie] suma] [-[nie]dp]
[-nbmin ] [-nbmaks ] [-[nie] mutot] [-pominąć ]
[-[nie]średnio] [-nmol ] [-[nie]fluct_props]
[-[nie]driftcorr] [-[nie]fluks] [-[nie] orinst] [-[nie]ew]
[-akclen ] [-[nie]normalizuj] [-P ]
[-fitfn ] [-początek ] [-koniec ]

OPIS

gmx energia wyodrębnia składniki energii lub dane ograniczenia odległości z pliku energii. The
użytkownik jest proszony o interaktywny wybór żądanych warunków energetycznych.

Średnia, RMSD i dryft są obliczane z pełną precyzją na podstawie symulacji (zob
drukowana instrukcja). Dryf oblicza się, wykonując dopasowanie najmniejszych kwadratów danych do a
linia prosta. Podany całkowity dryf to różnica dopasowania na pierwszym i na końcu
punkt. Oszacowanie błędu średniej jest podane na podstawie średnich bloków z 5 bloków
przy użyciu średnich o pełnej precyzji. Oszacowanie błędu można przeprowadzić na wielu blokach
długości z opcjami -nbmin i -nbmaks. Note że w większości przypadków pliki energii
zawiera średnie ze wszystkich kroków MD lub o wiele więcej punktów niż liczba klatek w
plik energetyczny. To sprawia, że gmx energia statystyki wyjściowe dokładniejsze niż .xvg
wyjście. Gdy w pliku dotyczącym energii nie ma dokładnych średnich, wspomniane statystyki
powyżej są po prostu ponad pojedynczymi wartościami energii na klatkę.

Termin fluktuacja daje RMSD wokół dopasowania najmniejszych kwadratów.

Niektóre właściwości zależne od fluktuacji można obliczyć, podając prawidłowe warunki energetyczne
są zaznaczone i że opcja wiersza poleceń -fluct_props jest podawany. Następujące
właściwości zostaną obliczone:

┌────────────────────────────────┬────── ────────── ─────┐
│Właściwość │ Wymagane warunki energetyczne │
├────────────────────────────────┼────── ────────── ─────┤
│Pojemność cieplna C_p (NPT sims): │ Entalpia, Temp │
├────────────────────────────────┼────── ────────── ─────┤
│Pojemność cieplna C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼────── ────────── ─────┤
│Współczynnik rozszerzalności cieplnej. (NPT): │ Entalpia, obj., temp. │
├────────────────────────────────┼────── ────────── ─────┤
│Ściśliwość izotermiczna: │ Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼────── ────────── ─────┤
│Adiabatyczny moduł objętościowy: │ Vol, Temp │
└────────────────────────────────┴────── ────────── ─────┘

Zawsze musisz ustawić liczbę cząsteczek -nmol. Obliczenia C_p/C_v robią nie
zawierać wszelkie poprawki na efekty kwantowe. Użyj gmx dos program, jeśli tego potrzebujesz (i
ty robisz).

Podczas -wiola opcja jest ustawiona, wykreślane są naruszenia uśrednione w czasie i uruchamiane
przeliczana jest uśredniona w czasie i chwilowa suma naruszeń. Dodatkowo bieganie
uśrednione w czasie i chwilowe odległości między wybranymi parami można wykreślić za pomocą
-pary opcja.

Opcje -ora, -orta, -oda, -odr i -dziwne są używane do analizy danych dotyczących ograniczeń orientacji.
Pierwsze dwie opcje wykreślają orientację, ostatnie trzy odchylenia
orientacje z wartości eksperymentalnych. Opcje, które kończą się na „a”, wykreślają
średniej w czasie jako funkcji powściągliwości. Opcje kończące się na „t” monitują o
użytkownika w celu uzyskania numerów etykiet przytrzymujących i wykreślenia danych w funkcji czasu. Opcja -odr
wykreśla odchylenie RMS jako funkcję utwierdzenia. Kiedy bieg używany czas lub zespół
uśrednione ograniczenia orientacji, opcja -orinst może być wykorzystany do analizy chwilowej,
nie uśrednione zespołowo orientacje i odchylenia zamiast czasu i zespołu
średnie.

Option -często wykreśla wartości własne tensora rzędu molekularnego dla każdej orientacji
eksperyment powściągliwości. Z opcją -owc wykreślane są również wektory własne.

Option -och wyodrębnia i wykreśla dane dotyczące energii swobodnej (różnice Hamiltona i/lub
Hamiltonowska pochodna dhdl) z ener.edr plik.

Z -opłata oszacowanie jest obliczane dla różnicy energii swobodnej z gazem doskonałym
stan:

Delta A = A(N,V,T) - A_gaz doskonały(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_gaz doskonały(N,p,T) = kT ln( )

gdzie k jest stałą Boltzmanna, T jest ustawione przez -temp a średnia jest ponad zespołem
(lub czas na trajektorii). Należy zauważyć, że jest to w zasadzie poprawne tylko przy uśrednianiu
nad całym zespołem (Boltzmanna) i wykorzystując energię potencjalną. Pozwala to również na
oszacowanie entropii za pomocą:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_gaz doskonały(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_gaz doskonały(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

Gdy określony jest drugi plik energii (-f2), obliczana jest różnica energii swobodnej:

dF = -kT ln( _A) ,

gdzie E_A i E_B to energie z pierwszego i drugiego pliku energii oraz średnia
jest nad zespołem A. Średnia krocząca różnicy energii swobodnej jest drukowana do a
plik określony przez -ravg. Note że obie energie muszą być obliczone z tego samego
trajektoria.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.edr>] (ener.edr)
Plik energetyczny

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Opcjonalnie)
Plik energetyczny

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Opcjonalnie)
Przenośny plik wejściowy xdr run

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-o [<.xvg>] (energia.xvg)
plik xvgr/xmgr

-wiola [<.xvg>] (violaver.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-pary [<.xvg>] (pary.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-ora [<.xvg>] (orientacja.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-orta [<.xvg>] (orientacja.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-dziwne [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-często [<.xvg>] (oriten.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-kor [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-vis [<.xvg>] (lepkość.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-och [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

Inne opcje:

-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki

-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak

-[Bez opłaty (Nie)
Wykonaj bezpłatną wycenę energii

-temp (300)
Temperatura odniesienia do obliczania energii swobodnej

-zero (0)
Odejmij energię punktu zerowego

-[nie] suma (Nie)
Sumuj wybrane terminy dotyczące energii, zamiast wyświetlać je wszystkie

-[nie]dp (Nie)
Drukuj energie z dużą precyzją

-nbmin (5)
Minimalna liczba bloków do oszacowania błędu

-nbmaks (5)
Maksymalna liczba bloków do oszacowania błędu

-[nie] mutot (Nie)
Oblicz całkowity moment dipolowy ze składników

-pominąć (0)
Pomiń liczbę ramek między punktami danych

-[nie]średnio (Nie)
Wydrukuj również dokładną średnią i rmsd zapisane w ramkach energii (tylko gdy 1 termin
jest wymagane)

-nmol (1)
Liczba cząsteczek w próbce: energie są dzielone przez tę liczbę

-[nie]fluct_props (Nie)
Oblicz właściwości w oparciu o fluktuacje energii, takie jak pojemność cieplna

-[nie]driftcorr (Nie)
Przydatne tylko do obliczeń właściwości fluktuacji. Dryf w
obserwowalne zostaną odjęte przed obliczeniem właściwości fluktuacji.

-[nie]fluks (Nie)
Oblicz autokorelację fluktuacji energii, a nie samą energię

-[nie] orinst (Nie)
Analizuj chwilowe dane dotyczące orientacji

-[nie]ew (Nie)
Narysuj również wektory własne za pomocą -często

-akclen (-1)
Długość ACF, domyślnie połowa liczby klatek

-[nie]normalizuj (tak)
Normalizuj ACF

-P (0)
Kolejność wielomianu Legendre'a dla ACF (0 oznacza brak): 0, 1, 2, 3

-fitfn (None)
Funkcja dopasowania: brak, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-początek (0)
Czas, od którego zacząć dopasowywanie wykładnicze funkcji korelacji

-koniec (-1)
Czas, w którym zakończyć dopasowanie wykładnicze funkcji korelacji, -1 jest do czasu
zakończenia

Korzystaj z gmx-energy online, korzystając z usług onworks.net