To jest polecenie gmx-morph, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-morph - Interpoluj liniowo pomiędzy konformacjami
STRESZCZENIE
gmx morph [-f1 [<.gro/.g96/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [Lub [<.xvg>]] [-[teraz]
[-xvg ] [-dziewiąty ] [-pierwszy ]
[-ostatni ] [-[Nie pasuje]
OPIS
gmx morph dokonuje liniowej interpolacji konformacji w celu utworzenia półproduktów.
Oczywiście są one całkowicie niefizyczne, ale możesz spróbować się usprawiedliwić.
Dane wyjściowe mają postać ogólnej trajektorii. Liczba półproduktów może być
kontrolowane za pomocą -dziewiąty flaga. Pierwsza i ostatnia flaga odpowiadają sposobowi
interpolacja: 0 odpowiada strukturze wejściowej 1, a 1 odpowiada strukturze wejściowej
2. Jeśli określisz -pierwszy <0 lub -ostatni > 1 ekstrapolacja będzie na ścieżce z wejścia
struktura x_1 do x_2. Ogólnie rzecz biorąc, współrzędne pośredniego x(i) z N są całkowite
półprodukty odpowiadają:
x(i) = x_1 + (pierwszy+(i/(N-1))*(ostatni-pierwszy))*(x_2-x_1)
Wreszcie można obliczyć RMSD w odniesieniu do obu struktur wejściowych, jeśli jest to jawne
wybrane (Lub opcja). W takim przypadku można odczytać plik indeksu w celu wybrania grupy
którego obliczany jest RMS.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f1 [<.gro/.g96/...>] (conf1.gro)
Plik struktury: Gro g96 pdb brk ent szczególnie Tpr
-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
Plik struktury: Gro g96 pdb brk ent szczególnie Tpr
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xtc/.trr/...>] (pośredni.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
Lub [<.xvg>] (rms-interm.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
Inne opcje:
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps oraz .pdf pliki
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-dziewiąty (11)
Liczba półproduktów
-pierwszy (0)
Odpowiada pierwszej wygenerowanej strukturze (0 to wejście x_1, patrz wyżej)
-ostatni (1)
Odpowiada ostatnio wygenerowanej strukturze (1 to wejście x_2, patrz wyżej)
-[Nie pasuje (tak)
Przed interpolacją wykonaj dopasowanie drugiej do pierwszej struktury metodą najmniejszych kwadratów
Korzystaj z gmx-morph online, korzystając z usług onworks.net
