To jest polecenie gmx-rms, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-rms - Oblicz RMSD ze strukturą odniesienia i macierzami RMSD
STRESZCZENIE
gmx rms [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
[-mira [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [-dyst [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
[-kosz [<.dat>]] [-bm [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [ty ] [-[teraz] [-xvg ]
[-Co ] [-[nie]pbc] [-pasować ] [-poprzednia ]
[-[brak podziału] [-pominąć ] [-pomiń2 ] [-maks. ]
[- min ] [-bmaks ] [-bmin ] [-[nie] mw]
[-npoziomy ] [-ng ]
OPIS
gmx rms porównuje dwie struktury, obliczając pierwiastek średniego kwadratowego odchylenia (RMSD).
niezależny od rozmiaru parametr podobieństwa rho (rho) lub przeskalowane rho (rhosc), zobacz Majorowa i
Crippen, Białka 22, 273 (1995). To jest wybrane przez -Co.
Każda struktura z trajektorii (-f) porównuje się ze strukturą odniesienia. Referencje
struktura jest pobierana z pliku struktury (-s).
Z opcji -mira jest również porównanie z lustrzanym odbiciem struktury odniesienia
obliczony. Jest to przydatne jako odniesienie dla „znaczących” wartości, patrz Maiorov &
Crippen, Białka 22, 273 (1995).
Option -poprzednia tworzy porównanie z poprzednią klatką określoną liczbę klatek
temu.
Option -m tworzy macierz w .xpm format wartości porównawczych każdej struktury w pliku
trajektorii względem innych struktur. Ten plik można wizualizować za pomocą for
przykład xv i można je przekonwertować na postscript za pomocą gmx xpm2ps.
Option -pasować steruje dopasowaniem najmniejszych kwadratów struktur jedna na drugiej:
pełne dopasowanie (obrót i translacja), tylko translacja lub brak dopasowania.
Option -mw kontroluje, czy ważenie masy jest wykonywane, czy nie. Jeśli wybierzesz opcję
(domyślnie) i podaj prawidłowy .tpr stamtąd zostaną pobrane masy plików, w przeciwnym razie plik
masy zostaną wydedukowane z atommass.dat plik w GMXLIB. To jest dobre dla białek,
ale niekoniecznie dla innych cząsteczek. Przypisano domyślną masę 12.011 amu (węgiel).
do nieznanych atomów. Możesz sprawdzić, czy tak się stało, włączając -odpluskwić flaga i
sprawdzenie pliku dziennika.
Wraz z -f2, „inne struktury” są pobierane z drugiej trajektorii, co generuje a
macierz porównania jednej trajektorii z drugą.
Option -kosz wykonuje zrzut binarny macierzy porównania.
Option -bm tworzy macierz średnich odchyleń kąta wiązania analogicznie do -m
opcja. Rozważane są tylko wiązania między atomami w grupie porównawczej.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opcjonalnie)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
plik xvgr/xmgr
-mira [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-a [<.xvg>] (śrgrp.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-dyst [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-m [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap
-kosz [<.dat>] (rmsd.dat) (Opcjonalnie)
Ogólny plik danych
-bm [<.xpm>] (obligacja.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
ty (ps)
Jednostka dla wartości czasu: fs, ps, ns, us, ms, s
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps oraz .pdf pliki
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-Co (rmsd)
Miara różnicy strukturalnej: rmsd, rho, rhosc
-[nie]pbc (tak)
Kontrola PBC
-pasować (zgnilizna + trans)
Dopasuj do struktury odniesienia: rot+trans, tłumaczenie, brak
-poprzednia (0)
Porównaj z poprzednią ramką
-[brak podziału (Nie)
Podziel wykres, gdzie czas wynosi zero
-pominąć (1)
Zapisuj tylko każdą nr-tą ramkę do macierzy
-pomiń2 (1)
Zapisuj tylko każdą nr-tą ramkę do macierzy
-maks. (-1)
Maksymalny poziom w macierzy porównania
- min (-1)
Minimalny poziom w macierzy porównawczej
-bmaks (-1)
Maksymalny poziom w macierzy kątów wiązań
-bmin (-1)
Minimalny poziom w macierzy kątów wiązań
-[nie] mw (tak)
Użyj ważenia masy do superpozycji
-npoziomy (80)
Liczba poziomów w macierzach
-ng (1)
Liczba grup, między którymi ma zostać obliczona wartość RMS
Korzystaj z gmx-rms online, korzystając z usług onworks.net
