gmx-sham — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-sham - Oblicz swobodne energie lub inne histogramy z histogramów

STRESZCZENIE

oszustwo gmx [-f [<.xvg>]] [-dawać [<.xvg>]] [-en [<.xvg>]] [-dyst [<.xvg>]]
[-historia [<.xvg>]] [-kosz [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsz [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdf>]] [-g [<.log>]] [-[teraz] [-xvg ]
[-[brak czasu] [-b ] [-e ] [-tol ]
[-n ] [-[ukłon] [- [nie] wstyd] [-tszam ]
[-min ] [-ciemny ] [-siatka ]
[-x min ] [-xmaks ] [-pmaks ]
[-gmaks ] [-emin ] [-emaks ]
[-npoziomy ]

OPIS

gmx pozorny tworzy wielowymiarowe wykresy energii swobodnej, entalpii i entropii. gmx pozorny czyta
jeden lub więcej .xvg pliki i analizuje zbiory danych. Podstawowym celem gmx pozorny jest spiskować
Krajobrazy darmowej energii Gibbsa (opcja -ls) przez Bolzmanna odwracającego wielowymiarowość
histogramy (opcja -lp), ale może również wytwarzać entalpię (opcja -lsz) i entropia (opcja
-lss) działki. Histogramy można wykonać dla dowolnych wielkości podanych przez użytkownika. Linia w
plik wejściowy może zaczynać się od czasu (patrz opcja -czas) i dowolna liczba y-wartości mogą
podążać. Wiele zestawów można również odczytać, gdy są one oddzielone znakiem & (opcja -n), w tym
przypadek tylko jeden y-wartość jest odczytywana z każdej linii. Wszystkie linie zaczynające się od # i @ są
pominięto.

Option -dawać może być użyty do dostarczenia pliku z darmową energią, gdy zespół nie jest a
Boltzmanna, ale musi być obciążony tą darmową energią. Jedna wartość energii swobodnej to
wymagane dla każdego (wielowymiarowego) punktu danych w -f wkład.

Option -en może służyć do zasilania pilnika energią. Energie te są wykorzystywane jako
funkcja ważenia w metodzie analizy pojedynczego histogramu według Kumara i in. Gdy
temperatury są dostarczane (jako druga kolumna w pliku), ważenie eksperymentalne
stosuje się schemat. Ponadto doliny są wykorzystywane do tworzenia wykresów entalpii i entropii.

Z opcji -ciemny, wymiary można podać dla odległości. Gdy odległość wynosi 2- lub
Trójwymiarowy, obwód lub powierzchnia próbkowana przez dwie cząstki wzrasta wraz z
zwiększający się dystans. W zależności od tego, co chce się pokazać, można wybrać korektę
histogram i energię swobodną dla tego efektu objętości. Prawdopodobieństwo jest znormalizowane przez r
i r^2 odpowiednio dla wymiarów 2 i 3. Wartość -1 jest używana do wskazania
kąt w stopniach między dwoma wektorami: zostanie zastosowana normalizacja sin(angle). Note
że dla kątów między wektorami iloczyn wewnętrzny lub cosinus jest wielkością naturalną
użyć, ponieważ wytworzy pojemniki o tej samej objętości.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.xvg>] (wykres.xvg)
plik xvgr/xmgr

-dawać [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-en [<.xvg>] (esham.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-dyst [<.xvg>] (ener.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-historia [<.xvg>] (edyt.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-kosz [<.ndx>] (bindex.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

-lp [<.xpm>] (prawd.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap

-lsz [<.xpm>] (entalpia.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap

-lss [<.xpm>] (entropia.xpm) (Opcjonalnie)
Plik macierzy zgodny z X PixMap

-ls3 [<.pdf>] (gibbs3.pdb) (Opcjonalnie)
Plik banku danych białka

-g [<.log>] (szamlog.log) (Opcjonalnie)
Plik dziennika

Inne opcje:

-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki

-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak

-[brak czasu (tak)
Spodziewaj się czasu na wejściu

-b (-1)
Pierwszy raz czytać z zestawu

-e (-1)
Ostatni raz czytać z zestawu

-tol (0)
Tolerancja czasu w odpowiednich jednostkach (zwykle ps)

-n (1)
Przeczytaj tę liczbę zestawów oddzielonych liniami zawierającymi tylko ampersand

-[ukłon (Nie)
Użyj pochodnej

- [nie] wstyd (tak)
Wyłącz ważenie energii, nawet jeśli energie są podane

-tszam (298.15)
Temperatura do analizy pojedynczego histogramu

-min (0)
Minimalne prawdopodobieństwo. Wszystko, co jest niższe niż to, zostanie ustawione na zero

-ciemny (1 1 1)
Wymiary dla odległości, używane do korekcji objętości (max 3 wartości, wymiary > 3
otrzyma taką samą wartość jak ostatnia)

-siatka (32 32 32)
Liczba pojemników dla krajobrazów energetycznych (maks. 3 wartości, wymiary > 3 otrzymają
taka sama wartość jak ostatnia)

-x min (0 0 0)
Minimum dla osi w krajobrazie energetycznym (patrz powyżej dla > 3 wymiarów)

-xmaks (1 1 1)
Maksimum dla osi w krajobrazie energetycznym (patrz powyżej dla > 3 wymiarów)

-pmaks (0)
Maksymalne prawdopodobieństwo na wyjściu, domyślnie jest obliczane

-gmaks (0)
Maksymalna energia swobodna na wyjściu, domyślnie jest obliczana

-emin (0)
Minimalna entalpia na wyjściu, domyślnie obliczana

-emaks (0)
Maksymalna entalpia na wyjściu, domyślnie obliczana

-npoziomy (25)
Liczba poziomów krajobrazu energetycznego

Korzystaj z gmx-sham online, korzystając z usług onworks.net