Jest to polecenie gmx-sorient, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-sorient - Analizuj orientację rozpuszczalników wokół substancji rozpuszczonych
STRESZCZENIE
gmx sorient [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-Nie [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]]
[-współ [<.xvg>]] [-rc [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[teraz] [-xvg ] [-[bez komentarza] [-[nie]v23]
[-rmin ] [-rmaks ] [-cbin ]
[-rbin ] [-[nie]pbc]
OPIS
gmx zorientować się analizuje orientację rozpuszczalników wokół substancji rozpuszczonych. Oblicza dwa kąty pomiędzy
wektor z jednej lub większej liczby pozycji odniesienia do pierwszego atomu każdego rozpuszczalnika
cząsteczka:
· theta_1: kąt z wektorem od pierwszego atomu cząsteczki rozpuszczalnika do
punkt środkowy między atomami 2 i 3.
· theta_2: kąt z normalną płaszczyzny rozpuszczalnika, określony przez te same trzy
atomy lub, gdy opcja -v23 jest ustawiony, kąt z wektorem pomiędzy atomami 2 i
3.
Odniesieniem może być zbiór atomów lub środek masy zbioru atomów. Grupa
atomy rozpuszczalnika powinny składać się z 3 atomów na cząsteczkę rozpuszczalnika. Tylko cząsteczki rozpuszczalnika
pomiędzy -rmin oraz -rmaks są brane pod uwagę -o oraz -Nie każdą klatkę.
-o: rozkład cos(theta_1) dla rmin<=r<=rmax.
-Nie: rozkład cos(theta_2) dla rmin<=r<=rmax.
-ro: i <1cos(^3theta_2)-2> jako funkcję odległości.
-współ: suma wszystkich cząsteczek rozpuszczalnika w odległości r od cos(theta_1) i
3cos(^2(theta_2)-1) jako funkcja r.
-rc: rozkład cząsteczek rozpuszczalnika w funkcji r
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xvg>] (sori.xvg)
plik xvgr/xmgr
-Nie [<.xvg>] (chrapanie.xvg)
plik xvgr/xmgr
-ro [<.xvg>] (sord.xvg)
plik xvgr/xmgr
-współ [<.xvg>] (szumowiny.xvg)
plik xvgr/xmgr
-rc [<.xvg>] (rachunek.xvg)
plik xvgr/xmgr
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps oraz .pdf pliki
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-[bez komentarza (Nie)
Użyj środka masy jako pozycji odniesienia
-[nie]v23 (Nie)
Użyj wektora pomiędzy atomami 2 i 3
-rmin (0)
Minimalna odległość (nm)
-rmaks (0.5)
Maksymalna odległość (nm)
-cbin (0.02)
Szerokość binarna dla cosinusa
-rbin (0.02)
Szerokość pasma dla r (nm)
-[nie]pbc (Nie)
Sprawdź PBC pod kątem obliczenia środka masy. Konieczne tylko w przypadku odniesienia
grupa składa się z kilku cząsteczek.
Korzystaj z gmx-sorient online, korzystając z usług onworks.net
