gmx-tune_pme - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-tune_pme - Czas mdrun jako funkcja rang PME w celu optymalizacji ustawień

STRESZCZENIE

gmx tune_pme [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-stół [<.xvg>]]
[-tablet [<.xvg>]] [-stół [<.xvg>]]
[-stółb [<.xvg>]] [-ponowne odtworzenie [<.xtc/.trr/...>]]
[-jajko [<.edi>]] [-p [<.wyjście>]] [-błądzić [<.log>]]
[-więc [<.tpr>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-pole [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-pobożny [<.xvg>]] [-uruchom [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-Ra [<.log>]]
[-rs [<.log>]] [-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]]
[-dn [<.ndx>]] [-zamieniać [<.xvg>]] [-bo [<.trr/.cpt/...>]]
[-bx [<.xtc>]] [-bcpo [<.cpt>]] [-pne [<.gro/.g96/...>]]
[-być [<.edr>]] [-bg [<.log>]] [-beo [<.xvg>]]
[-bdhdl [<.xvg>]] [-bpole [<.xvg>]] [-btpi [<.xvg>]]
[-btpid [<.xvg>]] [-pobożny [<.xvg>]] [-brunaw [<.xvg>]]
[-bpx [<.xvg>]] [-bpf [<.xvg>]] [-brachu [<.xvg>]]
[-biustonosz [<.log>]] [-brs [<.log>]] [-brt [<.log>]]
[-bmtx [<.mtx>]] [-bdn [<.ndx>]] [-zamień [<.xvg>]]
[-xvg ] [-mdrun ] [-np ]
[-npstring ] [-ntmpi ] [-r ]
[-maks. ] [- min ] [-np ja ] [-naprawić ]
[-rmaks ] [-rmin ] [-[nie]scalevdw]
[-ntpr ] [-kroki ] [-resetuj krok ]
[-nkroki ] [-[nie]uruchomienie] [-[nie]ławka] [-[nie]sprawdź]
[-identyfikator_gpu ] [-[nie]dołącz] [-[nie]liczba numerów]
[-deffnm ]

OPIS

Dla danej liczby -np or -ntmpi szeregów, gmx tune_pm systematycznie razy gmx mdrun
z różną liczbą rang tylko PME i określa, które ustawienie jest najszybsze. To będzie
sprawdź także, czy wydajność można zwiększyć, przesuwając obciążenie z układu odwrotnego na
rzeczywista przestrzenna część sumy Ewalda. Po prostu przekaż swoje .tpr złożyć do gmx tune_pm razem
z innymi opcjami gmx mdrun w razie potrzeby.

gmx tune_pm musi zadzwonić gmx mdrun dlatego wymaga określenia sposobu wywoływania mdrun
z argumentem do -mdrun parametr. W zależności od tego, jak zbudowałeś GROMACS, wartości
takie jak „gmx mdrun”, „gmx_d mdrun” lub „mdrun_mpi” mogą być potrzebne.

Program uruchamiający programy MPI można ustawić w zmiennej środowiskowej MPIRUN (domyślnie
do „mpiruna”). Pamiętaj, że w przypadku niektórych frameworków MPI musisz podać maszynę-or
plik hosta. Można to również przekazać poprzez zmienną MPIRUN, np

eksport MPIRUN="/usr/local/mpirun -plik maszynowy zastępy niebieskie" Pamiętaj, że w takich przypadkach tak
zwykle konieczne do skompilowania i/lub uruchomienia gmx tune_pm bez obsługi MPI, aby było to możliwe
wywołaj program MPIRUN.

Przed wykonaniem rzeczywistych testów porównawczych, gmx tune_pm szybko sprawdzę, czy gmx
mdrun działa zgodnie z oczekiwaniami z dostarczonymi ustawieniami równoległymi, jeśli -czek Jest opcja
aktywowany (domyślnie). Proszę zadzwoń gmx tune_pm z normalnymi opcjami, które przeszedłbyś
do gmx mdrun i dodać -np dla liczby rang, na których należy wykonać testy, lub -ntmpi dla
liczba wątków. Możesz także dodać -r powtarzać każdy test kilka razy, aby uzyskać poprawę
statystyki.

gmx tune_pm może przetestować dla Ciebie różne obciążenia w przestrzeni rzeczywistej / przestrzeni wzajemnej. Z -ntpr
Ty decydujesz, ile dodatkowych .tpr pliki zostaną zapisane z powiększonymi i mniejszymi obcięciami
Odpowiednio siatki Fouriera. Zazwyczaj pierwszy test (numer 0) zostanie przeprowadzony z plikiem
ustawienia z wejścia .tpr plik; ostatni test (nr ntpr) będzie miał Coulomba
odcięcie określone przez -rmaks z nieco mniejszą siecią PME jednocześnie. W tym ostatnim
teście, przez który mnoży się odstęp Fouriera rmaks/rcoulomb. Pozostałe .tpr pliki będą
mają równomiernie rozmieszczone promienie Coulomba (i odstępy Fouriera) pomiędzy tymi skrajnościami. Note że
możesz ustawić -ntpr do 1, jeśli szukasz optymalnej liczby rang tylko w PME; w tym wypadku
Twój wkład .tpr plik pozostanie niezmieniony.

W przypadku przebiegów porównawczych w przypadku większości systemów MD powinno wystarczyć domyślne ustawienie 1000 kroków czasowych.
Dynamiczne równoważenie obciążenia wymaga około 100 kroków czasowych, aby dostosować się do lokalnych nierównowagi obciążenia,
dlatego liczniki kroków czasowych są domyślnie resetowane po 100 krokach. Dla dużych systemów
(>1M atomów), a także dla większej dokładności pomiarów należy ustawić
-resetuj krok do wyższej wartości. Z wpisów niezrównoważenia obciążenia „DD” w wynikach md.log
możesz stwierdzić, po ilu krokach obciążenie jest wystarczająco zrównoważone. Przykładowe wywołanie:

gmx tune_pm -np 64 -s białko.tpr -początek

Po zadzwonieniu gmx mdrun kilka razy szczegółowe informacje na temat wydajności są dostępne w
plik wyjściowy wyk.wył. Note że podczas testów porównawczych kilka plików tymczasowych
są zapisane (opcje -B*), zostaną one automatycznie usunięte po każdym teście.

Jeśli chcesz, aby symulacja uruchamiała się automatycznie ze zoptymalizowanymi parametrami, użyj
opcja wiersza poleceń -początek.

Podstawowe wsparcie dla procesorów graficznych mdrun istnieje. Podaj ciąg zawierający identyfikatory procesorów graficznych
które chcesz wykorzystać w optymalizacji w pliku -identyfikator_gpu argument wiersza poleceń. w odróżnieniu
mdrun -identyfikator_gpu, nie oznacza to mapowania, ale jedynie kwalifikujący się zestaw. g_tune_pme będzie
skonstruuj wywołania mdrun, które odpowiednio użyją tego zestawu, zakładając, że PP ma niską rangę
indeksy powinny być mapowane na procesory graficzne o niskich indeksach i zwiększać się monotonicznie w ciągu
odpowiednie zestawy.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run

-cpi [<.cpt>] (stan.cpt) (Opcjonalnie)
Plik punktu kontrolnego

-stół [<.xvg>] (tabela.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-tablet [<.xvg>] (tabliczkaf.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-stół [<.xvg>] (tabela.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-stółb [<.xvg>] (tabela.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-ponowne odtworzenie [<.xtc/.trr/...>] (ponowne uruchomienie.xtc) (Opcjonalnie)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-jajko [<.edi>] (sam.edi) (Opcjonalnie)
Wejście próbkowania ED

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-p [<.wyjście>] (wydajność)
Ogólny plik wyjściowy

-błądzić [<.log>] (bencherr.log)
Plik dziennika

-więc [<.tpr>] (dostrojony.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Pełna precyzyjna trajektoria: tr CPT tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (Opcjonalnie)
Skompresowana trajektoria (format tng lub przenośny format xdr)

-cpo [<.cpt>] (stan.cpt) (Opcjonalnie)
Plik punktu kontrolnego

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
Plik struktury: Gro g96 pdb brk ent szczególnie

-e [<.edr>] (ener.edr)
Plik energetyczny

-g [<.log>] (log.md)
Plik dziennika

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-pole [<.xvg>] (pole.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-pobożny [<.xvg>] (odchylenie.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-uruchom [<.xvg>] (runaver.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pull.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-ro [<.xvg>] (obrót.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-Ra [<.log>] (rotangles.log) (Opcjonalnie)
Plik dziennika

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (Opcjonalnie)
Plik dziennika

-rt [<.log>] (moment obrotowy.log) (Opcjonalnie)
Plik dziennika

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Opcjonalnie)
Hesja macierz

-dn [<.ndx>] (dipol.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

-zamieniać [<.xvg>] (swapiony.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-bo [<.trr/.cpt/...>] (ławka.trr)
Pełna precyzyjna trajektoria: tr CPT tng

-bx [<.xtc>] (bench.xtc)
Skompresowana trajektoria (przenośny format xdr): xtc

-bcpo [<.cpt>] (ławka.cpt)
Plik punktu kontrolnego

-pne [<.gro/.g96/...>] (ławka.gro)
Plik struktury: Gro g96 pdb brk ent szczególnie

-być [<.edr>] (ławka.edr)
Plik energetyczny

-bg [<.log>] (bench.log)
Plik dziennika

-beo [<.xvg>] (benchedo.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-bdhdl [<.xvg>] (benchdhdl.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-bpole [<.xvg>] (benchfld.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-btpi [<.xvg>] (benchtpi.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-btpid [<.xvg>] (benchtpid.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-pobożny [<.xvg>] (benchdev.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-brunaw [<.xvg>] (benchrnav.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-bpx [<.xvg>] (benchpx.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-bpf [<.xvg>] (benchpf.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-brachu [<.xvg>] (benchrot.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-biustonosz [<.log>] (benchrota.log) (Opcjonalnie)
Plik dziennika

-brs [<.log>] (benchrots.log) (Opcjonalnie)
Plik dziennika

-brt [<.log>] (log benchrotta) (Opcjonalnie)
Plik dziennika

-bmtx [<.mtx>] (benchn.mtx) (Opcjonalnie)
Hesja macierz

-bdn [<.ndx>] (ławka.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

-zamień [<.xvg>] (benchswp.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

Inne opcje:

-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak

-mdrun
Linia poleceń do uruchomienia symulacji, np. „gmx mdrun” lub „mdrun_mpi”

-np (1)
Liczba rang, na których będą przeprowadzane testy (musi wynosić > 2 dla oddzielnych rang PME)

-npstring (np.)
Nazwa $MPIRUN opcja określająca liczbę stopni do wykorzystania („np” lub „n”;
użyj „none”, jeśli nie ma takiej opcji): np, n, none

-ntmpi (1)
Liczba wątków MPI, na których mają zostać uruchomione testy (wyłącza MPI i mpirun)

-r (2)
Powtarzaj każdy test często

-maks. (0.5)
Maksymalna część rang PME do przetestowania

- min (0.25)
Minimalny ułamek rang PME do przetestowania

-np ja (automatyczny)
W obrębie -min i -max przeprowadź test porównawczy wszystkich możliwych wartości -np jalub po prostu rozsądne
podzbiór. Auto pomija -min i -max i wybiera rozsądne wartości na podstawie przypuszczenia
dla npme pochodzącego z .tpr: auto, all, subset

-naprawić (-2)
Jeśli >= -1, nie zmieniaj liczby rang tylko PME, zamiast tego użyj tej stałej wartości
i zmieniają się tylko rcoulomb i odstępy siatki PME.

-rmaks (0)
Jeśli >0, maksymalny rkulomb dla -ntpr>1 (zwiększanie skali rkulomba skutkuje siatką Fouriera
zmniejszanie skali)

-rmin (0)
Jeśli >0, minimalny rcoulomb dla -ntpr>1

-[nie]scalevdw (tak)
Skala rvdw wraz z rcoulombem

-ntpr (0)
Liczba .tpr pliki do porównania. Utwórz tyle plików z różnymi rcoulombami
współczynniki skalujące w zależności od -rmin i -rmax. Jeśli < 1, automatycznie wybierz
liczba .tpr pliki do przetestowania

-kroki (1000)
Zmierz czas dla tak wielu kroków w przebiegach porównawczych

-resetuj krok (100)
Pozwól dlb zrównoważyć tę liczbę kroków przed wykonaniem pomiaru czasu (zresetuj liczniki cykli
po tylu krokach)

-nkroki (-1)
Jeśli wartość jest nieujemna, wykonaj tyle kroków w rzeczywistym przebiegu (zastępuje nkroki z
.tpr, Dodaj .cpt kroki)

-[nie]uruchomienie (Nie)
Uruchom prawdziwą symulację po optymalizacji

-[nie]ławka (tak)
Uruchom testy porównawcze lub po prostu utwórz dane wejściowe .tpr pliki?

-[nie]sprawdź (tak)
Przed uruchomieniem benchmarku sprawdź, czy mdrun działa równolegle

-identyfikator_gpu
Lista identyfikatorów urządzeń GPU, które kwalifikują się do użycia (w przeciwieństwie do mdrun, nie oznacza żadnych
mapowanie)

-[nie]dołącz (tak)
Dołącz do poprzednich plików wyjściowych, gdy kontynuujesz od punktu kontrolnego zamiast dodawania
numer części symulacji do wszystkich nazw plików (tylko do uruchomienia)

-[nie]liczba numerów (Nie)
Zachowaj i numeruj pliki punktów kontrolnych (tylko uruchomienie)

-deffnm
Ustaw domyślne nazwy plików (tylko uruchomienie)

Korzystaj z gmx-tune_pme online, korzystając z usług onworks.net