Jest to polecenie gt-compreads-refcompress, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gt-compreads-refcompress - Generuje kompaktowe kodowanie dla danych fastq przy użyciu odwołania
Skompresowane odczyty (RCR).
STRESZCZENIE
gt kompety ponownie skompresować [opcja ...] (-bam plik -ref plik)
OPIS
-v [tak|nie]
być gadatliwym (domyślnie: nie)
-mquals [tak|nie]
jakość mapowania sklepu dla każdego odczytu (domyślnie: nie)
-kwalifikuje się [tak|nie]
przechowuj wszystkie wartości jakości dla każdego odczytu, oznacza to włączenie opcji „vquals”
(domyślnie: nie)
-vquals [tak|nie]
przechowuj wartości jakości odczytanych pozycji różniące się od wartości odniesienia
(domyślnie: nie)
-opis [tak|nie]
przechowuj nazwę odczytu dla każdego odczytu (domyślnie: nie)
-uready [tak|nie]
przechowuj niezamapowane odczyty w oddzielnym pliku fastq (nazwa bazowa będzie wartością podaną w
nazwa i sufiks to „_unmapped.fastq” (domyślnie: nie)
-ref [ciąg]
Plik indeksu (wygenerowany przez narzędzie gt encseq) dla genomu referencyjnego. (domyślny:
nieokreślony)
- bam [ciąg]
Plik zawierający dopasowanie odczytów do genomu (posortowany plik „.bam”). (domyślny:
nieokreślony)
-Nazwa [ciąg]
określ nazwę bazową dla generowanego RCR. Jeśli nie jest ustawiona, nazwa podstawowa zostanie ustawiona na podstawową
nazwa wartości podana dla opcji "bam" (domyślnie: niezdefiniowana)
-Pomoc
wyświetl pomoc i wyjdź
-wersja
wyświetl informacje o wersji i wyjdź
RAPORTOWANIE ROBAKI
Zgłoś błędy do[email chroniony]>.
Użyj gt-compreads-refcompress online, korzystając z usług onworks.net
