Jest to polecenie gt-eval, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gt-eval - Porównaj pliki adnotacji i pokaż miary dokładności (przewidywanie vs. odniesienie).
STRESZCZENIE
gt eval plik_odniesieniaplik_przewidywania
OPIS
-nuk [tak|nie]
ocenić poziom nukleotydów (zużycie pamięci jest proporcjonalne do rozmiaru pliku wejściowego)
(domyślnie: tak)
-ltr [tak|nie]
ocenić przewidywanie retrotranspozonu LTR zamiast przewidywania genu (all
Uważa się, że elementy LTR_retrotransposon mają nieokreśloną nić) (domyślnie:
nie)
-ltrdelta [wartość]
ustaw dozwoloną deltę dla granic LTR, aby były uznawane za równe (domyślnie: 20)
-v [tak|nie]
być gadatliwym (domyślnie: nie)
-o [filename]
przekieruj wyjście do określonego pliku (domyślnie: niezdefiniowane)
-gzip [tak|nie]
napisz skompresowany plik wyjściowy gzip (domyślnie: nie)
-bzip2 [tak|nie]
zapisz skompresowany plik wyjściowy bzip2 (domyślnie: nie)
-siła [tak|nie]
wymuś zapis do pliku wyjściowego (domyślnie: nie)
-Pomoc
wyświetl pomoc i wyjdź
-wersja
wyświetl informacje o wersji i wyjdź
Program pokazuje wartości czułości i swoistości dla określonych typów cech (np.
gen, mRNA i ekson). W przypadku niektórych typów obiektów liczba brakujących i błędnych cech
ten typ jest również pokazany. Tym samym „brak” oznacza liczbę cech tego typu z
„odniesienie” bez nakładania się na cechę tego typu z „przewidywania”. Wice
odwrotnie, „źle” oznacza liczbę cech tego typu z „przewidywania” bez
pokrywają się z cechą tego typu z „odniesienia”.
RAPORTOWANIE ROBAKI
Zgłoś błędy do[email chroniony]>.
Korzystaj z gt-eval online, korzystając z usług onworks.net
