Jest to polecenie gt-ltrharvest, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gt-ltrharvest - Przewiduj retrotranspozony LTR.
STRESZCZENIE
gt ltrażniwa [opcja...] -indeks
OPIS
-indeks [ciąg]
podaj nazwę rozszerzonego indeksu tablicy sufiksów (obowiązkowe) (domyślnie: niezdefiniowane)
-zasięg [początek zakończenia]
określ zakres w sekwencji wejściowej, w którym przeszukiwane są pary LTR (domyślnie:
[0..0])
-nasionko [wartość]
określ minimalną długość materiału siewnego dla dokładnych powtórzeń (domyślnie: 30)
-minlenltr [wartość]
określ minimalną długość każdego LTR (domyślnie: 100)
-maxlenltr [wartość]
określ maksymalną długość dla każdego LTR (domyślnie: 1000)
-mindistltr [wartość]
określ minimalną odległość pozycji startowych LTR (domyślnie: 1000)
-maxdistltr [wartość]
określ maksymalną odległość pozycji startowych LTR (domyślnie: 15000)
-podobny [wartość]
określ próg podobieństwa w zakresie [1..100%] (domyślnie: 85.000000)
-miętowe [wartość]
określ minimalną długość dla każdego TSD (domyślnie: 4)
-maxtsd [wartość]
określ maksymalną długość dla każdego TSD (domyślnie: 20)
-motyw [ciąg]
podaj 2 nukleotydy motyw początkowy + 2 nukleotydy motyw końcowy: ** (domyślnie: niezdefiniowany)
-motyw [wartość]
określ maksymalną liczbę niedopasowań w motywie [0,3] (domyślnie: 4)
-vic [wartość]
określ liczbę nukleotydów (po lewej i po prawej stronie), które będą przeszukiwane
dla TSD i/lub motywów wokół granicy 5' i 3' przewidywanych retrotranspozonów LTR
(domyślnie: 60)
-nakłada się [...]
określ nie|najlepiej|wszystko (domyślnie: najlepiej)
-xdrop [wartość]
określ xdropbelowscore dla wyrównania rozszerzenia (domyślnie: 5)
-mata [wartość]
określ wynik dopasowania dla wyrównania rozszerzenia (domyślnie: 2)
-błąd [wartość]
określ wynik niedopasowania dla wyrównania rozszerzenia (domyślnie: -2)
-in [wartość]
określ wynik wstawiania dla wyrównania rozszerzenia (domyślnie: -3)
-del [wartość]
określ wynik usunięcia dla wyrównania rozszerzenia (domyślnie: -3)
-v [tak|nie]
tryb szczegółowy (domyślnie: nie)
-około [tak|nie]
pokazać stary wyjście tabelaryczne zamiast GFF3 na standardowe wyjście (domyślnie: tak)
-sekidy [tak|nie]
używaj opisów sekwencji zamiast numerów sekwencji w wynikach GFF3 (domyślnie: nie)
-md5 [tak|nie]
dodaj skróty MD5 do seqidów na wyjściu GFF3 (domyślnie: nie)
-długie wyjście [tak|nie]
dodatkowe wyjście motywu/TSD (domyślnie: nie)
-na zewnątrz [ciąg]
określ nazwę pliku wyjściowego FASTA (domyślnie: niezdefiniowana)
-outinner [ciąg]
określ nazwę pliku wyjściowego FASTA dla regionów wewnętrznych (domyślnie: niezdefiniowane)
-gff3 [ciąg]
określ nazwę pliku wyjściowego GFF3 (domyślnie: niezdefiniowana)
-zrównoważyć [wartość]
przesunięcie dodane do współrzędnych GFF3 (domyślnie: 0)
-skanowanie [tak|nie]
skanuj indeks sekwencyjnie, zamiast całkowicie mapować go do pamięci (domyślnie: tak)
-Pomoc
wyświetl pomoc dla podstawowych opcji i wyjdź
-pomoc+
wyświetl pomoc dla wszystkich opcji i wyjdź
-wersja
wyświetl informacje o wersji i wyjdź
DODATKOWY INFORMACJE
Szczegółowe informacje można znaleźć w instrukcji ltrharvest.
RAPORTOWANIE ROBAKI
Zgłoś błędy do[email chroniony]>.
Korzystaj z gt-ltrharvest online, korzystając z usług onworks.net
