Jest to polecenie hhconsensus, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
hhconsensus - oblicz sekwencję konsensusową dla pliku wejściowego A3M/FASTA
STRESZCZENIE
hhkonsensus -i [Opcje]
OPIS
HHconsensus wersja 2.0.16 (styczeń 2013) Oblicz sekwencję konsensusową dla
Plik wejściowy A3M/FASTA. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A i Soding J. HHblits: Błyskawiczna iteracja
wyszukiwanie sekwencji białek poprzez dopasowanie HMM-HMM. Nat. Metody 9:173-175 (2011).
-i
wyrównanie zapytania (A2M, A3M lub FASTA) lub zapytanie HMM
Wydajność opcje:
-s
dołącz sekwencję konsensusową w FASTA (domyślnie = )
-o
zapisz wyrównanie z sekwencją konsensusową w A3M
-oa3m
taki sam
-oa2m
zapisz wyrównanie z sekwencją konsensusową w A2M
-jako
zapisz wyrównanie z sekwencją konsensusową w FASTA
-v
tryb gadatliwy: 0: brak obrazu wyjściowego 1: tylko ostrzeżenia 2: gadatliwy
FILTRY wkład wyrównanie (opcje mogą be łączny):
-ID [0,100] maksymalna identyczność sekwencji parami (%) (def=100)
-różnic [0,inf[ filtruje najbardziej zróżnicowany zestaw sekwencji, zachowując przynajmniej to
wiele sekwencji w każdym bloku >50 kolumn (def=0)
-cow [0,100] minimalne pokrycie zapytaniem (%) (def=0)
-qid [0,100] minimalna identyczność sekwencji z zapytaniem (%) (def=0)
-qsc [0,100] minimalny wynik na kolumnę z zapytaniem (def=-20.0)
Wkład wyrównanie format:
-M a2m użyj A2M/A3M (domyślnie): wielkie litery = Dopasuj; małe litery = Wstaw; '-' = Usuń; '.' =
odstępy wyrównane do wstawek (można pominąć)
-M drugim
użyj FASTA: kolumny z resztą w 1. sekwencji są stanami dopasowania
-M [0,100]
użyj FASTA: kolumny z odstępami mniejszymi niż X% są stanami dopasowania
Inne opcje:
-dodaj dodaj przewidywane informacje o strukturze drugorzędnej z PSIPRED
Przykład: hhconsensus -i stdin -s stdout
Korzystaj z hhconsensus online, korzystając z usług onworks.net
