To jest polecenie hmmalign, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
hmmalign - wyrównaj sekwencje do profilu HMM
STRESZCZENIE
hmm wyrównaj [opcje]
OPIS
Wykonaj wielokrotne dopasowanie sekwencji wszystkich sekwencji w poprzez ich wyrównanie
indywidualnie do profilu HMM w . Nowe wyrównanie jest wyprowadzane do stdout in
Format sztokholmski.
Połączenia powinien zawierać tylko jeden profil. Jeśli zawiera więcej, tylko pierwszy
zostanie użyty profil w pliku.
Bądź or (ale nie oba) może być „-” (myślnik), co oznacza przeczytanie tego
wejście z stdin zamiast pliku.
Sekwencje w są wyrównane w lokalnym trybie wyrównania unihit. Dlatego oni
powinno już być wiadomo, że zawiera tylko jedną domenę (lub jej fragment). The
optymalne dopasowanie może przypisać niektóre reszty jako niehomologiczne (stany N i C), w których
przypadku pozostałości te są nadal zawarte w wynikowym dopasowaniu, ale przesunięte na zewnątrz
krawędzie. Aby usunąć te niewyrównane niehomologiczne reszty z wyniku, patrz --przycinać
opcja.
OPCJE
-h Pomoc; wydrukuj krótkie przypomnienie o użyciu wiersza poleceń i wszystkich dostępnych opcjach.
-o Skieruj wyjściowe wyrównanie do pliku , raczej niż wyjście.
--mapali
Scal istniejącą linię trasowania w pliku w wyniku, gdzie jest dokładnie tym
to samo wyrównanie, które zostało użyte do zbudowania modelu . Odbywa się to za pomocą
mapa kolumn wyrównania do pozycji profilu konsensusu, która jest przechowywana w
. Wielokrotne wyrównanie w zostanie w nim dokładnie odtworzony
kolumny konsensusu (zgodnie z definicją profilu), ale wyświetlane wyrównanie w
kolumny wstawiania mogą być zmieniane, ponieważ wstawienia względem profilu są
uważane zgodnie z konwencją za dane niewyrównane.
--przycinać Przytnij reszty niehomologiczne (przypisane do stanów N i C w optymalnym dopasowaniu)
z wynikowego wyniku wielokrotnego wyrównania.
--amino
Określ, że wszystkie sekwencje w są białkami. Domyślnie typem alfabetu jest
wykrywane automatycznie na podstawie składu pozostałości.
--DNA Określ, że wszystkie sekwencje w są DNA.
--rna Określ, że wszystkie sekwencje w są RNA.
--informuj
Zadeklaruj, że dane wejściowe jest w formacie . Akceptowane formaty plików sekwencji
obejmują FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Sztokholm i SELEX. Domyślnie jest to
automatyczne wykrywanie formatu pliku.
--outformatuj
Określ, czy wyjściowe wyrównanie wielokrotne jest w formacie . Obecnie
akceptowane formaty wielu plików sekwencji wyrównania obejmują tylko Sztokholm i SELEX.
Korzystaj z hmmalign online za pomocą usług onworks.net
