Jest to polecenie hmmstat, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
hmmstat - wyświetla zbiorcze statystyki dla pliku profilu
STRESZCZENIE
hmmstat [opcje]
OPIS
Połączenia hmmstat narzędzie drukuje plik tabelaryczny z podsumowaniem statystyk dla każdego profilu w
.
może być „-” (znak kreski), w którym to przypadku profile są odczytywane z a
pipe zamiast z pliku.
Kolumny to:
idx Indeks tego profilu, numeracja każdego w pliku zaczynając od 1.
Nazwa Nazwa profilu.
przystąpienie
Opcjonalny dostęp do profilu lub „-”, jeśli go nie ma.
nsekw Liczba sekwencji, na podstawie których oszacowano profil.
eff_nseq
Efektywna liczba sekwencji, z których oszacowano profil, po HMMER
zastosował efektywne obliczenie numeru sekwencyjnego, takie jak domyślna entropia
ważenie.
M Długość modelu w resztach konsensusowych (stany dopasowania).
zmięknąć Średnia względna entropia na stan dopasowania, w bitach. To jest oczekiwany (średni) wynik
na stanowisko konsensusu. Do tego służy domyślna metoda ważenia entropii
efektywne oszacowanie numeru sekwencyjnego koncentruje się na tobie, więc w przypadku domyślnych modeli HMMER3 ty
oczekuj, że ta wartość będzie odzwierciedlać domyślny cel dla ważenia entropii.
Informacje Średnia zawartość informacji na stan dopasowania, w bitach. Prawdopodobnie nie przydatne.
Zawartość informacji to nieco inne obliczenie niż względna entropia.
p relacja Średnia względna entropia pozycyjna w bitach. To bardziej wyszukana wersja per-
względna entropia stanu dopasowania, z uwzględnieniem przejścia
(wstawienie/usunięcie) prawdopodobieństwa; może to być dokładniejsze oszacowanie
średni wynik przypadający na stanowisko zgodne z modelem.
komKL Odległość Kullbacka-Leiblera między ogólnym średnim składem pozostałości modelu
oraz domyślny rozkład częstotliwości tła. Im wyższa ta liczba, tym
bardziej tendencyjny jest skład pozostałości profilu. Wysoce stronnicze profile mogą
spowolnić potok przyspieszania HMMER3, powodując zbyt wiele niehomologicznych sekwencji
przejść przez filtry.
OPCJE
-h Pomoc; wydrukuj krótkie przypomnienie o użyciu wiersza poleceń i wszystkich dostępnych opcjach.
Korzystaj z hmmstat online, korzystając z usług onworks.net
