Jest to polecenie HPCdaligner, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
HPCdalinger - wygeneruj skrypt do uruchomienia danger(1)
STRESZCZENIE
Kalibrator HPC [-vbAI] [-kint(14)] [-wint(6)][-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-epodwójny(.70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mśledzić]+ [-dalint(4)] [-stopnieint(25)] ścieżka:db|dam
[po pierwsze: wew[-ostatni:wew]]
OPIS
Kalibrator HPC zapisuje na standardowe wyjście skrypt powłoki UNIX, który składa się z sekwencji
poleceń, które skutecznie działają danger(1) na wszystkich parach bloków podzielonej bazy danych
a następnie zewnętrznie sortuje i łączy je za pomocą Sortuj(1) i LAmerge(1) do kolekcji
plików wyrównawczych z nazwami ścieżka.#.las gdzie # waha się od 1 do liczby bloków
baza danych jest podzielona na. Te posortowane pliki, jeśli zostaną połączone za pomocą powiedz LAcat(1) zawierałby
wszystkie wyrównania w posortowanej kolejności (a-read, następnie b-read i tak dalej). Co więcej, wszystkie
gwarantujemy, że nakładki dla danego odczytu nie zostaną podzielone na pliki, dzięki czemu można je uruchomić
analizatory artefaktów lub korekcję błędów w każdym posortowanym pliku równolegle.
Baza danych musiała zostać wcześniej podzielona przez Podział DB(1) i wszystkie parametry, z wyjątkiem
-v, -dal, -stopnie, są przekazywane do wywołań danger(1). Wartości domyślne dla
te parametry są jak dla danger(1). The -v flaga dla trybu szczegółowego jest również przekazywana do
wszystkie połączenia do Sortuj(1) i LAmerge(1). -dal i -stopnie opcje opisano później.
W przypadku bazy danych podzielonej na N podbloków wywołania metody danger(1) wyprodukuje łącznie
Pliki 2TN^2 .las przy założeniu, że daligner działa z wątkami T. Zostaną one następnie posortowane i
połączone w posortowane pliki .las N^2, po jednym dla każdej pary bloków. Następnie są one łączone
ceil(log_deg N) fazy, w których liczba plików maleje geometrycznie -stopnie aż do
w każdym wierszu macierzy blokowej N x N znajduje się 1 plik. Zatem na koniec mamy N posortowanych plików .las
pliki, które po połączeniu dałyby jeden duży, posortowany nakładający się plik.
Połączenia -dal opcja (domyślnie 4) podaje żądaną liczbę porównań bloków na wywołanie
danger(1). Niektóre muszą zawierać dal-1 porównania i pierwsze dal-2 porównania bloków
jeszcze mniej, ale Kalibrator HPC „Planista” robi wszystko, co w jego mocy, aby zapewnić średni ładunek
porównania bloków dal na polecenie. The -stopnie opcja (domyślnie 25) podaje maksymalną liczbę
plików, które zostaną połączone w jeden LAmerge(1) polecenie. Planista zarabia najwięcej
nawet k-ary drzewo połączeń, gdzie liczba poziomów wynosi ceil(log_deg N).
Jeśli liczby całkowite drugim i trwać brakuje, wówczas utworzony skrypt dotyczy każdego bloku w
baza danych. Jeśli drugim jest zatem obecny Kalibrator HPC tworzy przyrostowy skrypt, który
porównuje bloki drugim przez trwać (trwać = drugim jeśli nie są obecne) przeciwko sobie i
wszystkie poprzednie bloki od 1 do drugim-1, a następnie stopniowo aktualizuje pliki .las dla
bloki od 1 do drugim-1 i tworzy pliki .las dla bloków drugim przez trwać.
Każde wyjście wiersza poleceń UNIX przez Kalibrator HPC może być zadaniem wsadowym (używamy &&
operatorowi, aby w tym celu połączyć kilka poleceń w jedną linię). Zależności pomiędzy
zadania można utrzymać, po prostu uruchamiając najpierw wszystkie danger(1) miejsca pracy, następnie wszystkie
początkowe zadania sortowania, a następnie wszystkie zadania w każdej fazie zewnętrznego sortowania przez scalanie. Każdy
tych faz jest oddzielona informacyjnym komentarzem dotyczącym Twojego skryptu
wygoda.
Korzystaj z HPCdalinger online, korzystając z usług onworks.net
