Jest to polecenie idba, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
idba_hybrid - Iteracyjny asembler grafów Bruijna dla danych sekwencjonowania hybrydowego
STRESZCZENIE
idba_hybrydowy -r czytaj.fa -o katalog_wyjściowy [--referencja ref.fa]
OPIS
IDBA-Tran jest iteracyjnym asemblerem De Bruijn Graph De Novo do krótkiego odczytu transkryptomu.
Jest to asembler de novo oparty wyłącznie na odczytach sekwencjonowania RNA. IDBA-Tran używa lokalnego
Assembly do rekonstrukcji brakujących k-merów w transkryptach o niskiej ekspresji, a następnie wykorzystuje
progresywne odcięcie kontigów w celu rozdzielenia wykresu na składowe. Każdy komponent
w większości przypadków odpowiada jednemu genowi i zawiera niewiele transkryptów. Heurystyka
Następnie do znalezienia izoform wykorzystuje się algorytm oparty na odczytach końców par.
OPCJE
-o, --na zewnątrz argument (= wyjście)
katalog wyjściowy
-r, --czytać arg
szybki odczyt pliku (<=128)
--poziom_odczytu_2 arg
sparowany koniec odczytuje fasta dla rusztowań drugiego poziomu
--poziom_odczytu_3 arg
sparowany koniec oznacza fasta dla rusztowań trzeciego poziomu
--poziom_odczytu_4 arg
sparowany koniec oznacza fasta dla rusztowań czwartego poziomu
--poziom_odczytu_5 arg
sparowany koniec oznacza fasta dla rusztowań piątego poziomu
-l, --długie_czytanie arg
szybko czytany plik (>128)
--referencja arg
genom referencyjny
--norki argument (=20)
minimalna wartość k (<=124)
--maks argument (=100)
maksymalna wartość k (<=124)
--krok argument (=20)
przyrost k-mer każdej iteracji
--wewnętrzna_norka argument (=10)
wewnętrzna minimalna wartość k
--wewnętrzny_krok argument (=5)
wewnętrzny przyrost k-mer
prefix argument (=3)
długość przedrostka używana do budowania tabeli sub k-mer
--min_liczba argument (=2)
minimalna krotność do filtrowania k-mer podczas budowania wykresu
--min_wsparcie argument (=1)
minimalne wsparcie w każdej iteracji
--num_wątków argument (=0)
Liczba wątków
--seed_kmer argument (=30)
rozmiar kmera nasion do wyrównania
--min_contig argument (=200)
minimalny rozmiar kontigu
--min_region argument (=500)
minimalny rozmiar regionu w genomie referencyjnym
--podobny argument (=0.95)
podobieństwo dla wyrównania
--max_niezgodność argument (=3)
maksymalne niedopasowanie korekcji błędów
--min_pary argument (=3)
minimalna liczba par
--max_gap argument (=50)
maksymalna szczelina odniesienia
--no_lokalny
nie używaj montażu lokalnego
--bez pokrycia
nie powtarzaj pokrycia
--nie_poprawnie
nie rób korekty
--wstępna_korekta
wykonać wstępną korektę przed montażem
Korzystaj z idba online, korzystając z usług onworks.net