Jest to niezatarte polecenie, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
niezatarty - potężny i elastyczny symulator ewolucji biologicznej
STRESZCZENIE
niezatarty
Za pomocą wiersza poleceń nie można przekazywać żadnych opcji.
OPIS
niezatarty może symulować ewolucję wieloczęściowego nukleotydu, aminokwasu lub kodonu
zbiory danych poprzez procesy wstawiania, usuwania i zastępowania w sposób ciągły
czas. Obsługiwane są wszystkie popularne modele ewolucyjne.
Pełna dokumentacja dla niezatarty jest dostępny pod
/usr/share/doc/nieusuwalny/help/index.html.
KONFIGURACJA
niezatarty odczytuje ustawienia symulacji z pliku o nazwie kontrola.txt
bieżący katalog. Plik jest podzielony na bloki, z których każdy kontroluje jeden
konkretny aspekt symulacji. Bloki mogą zawierać dalsze podbloki. Komentarze mogą
być podane w stylu C lub C++. Jeśli niezatarty jest wykonywany bez obecności pliku sterującego, an
generowany jest przykładowy plik.
[RODZAJ] rodzaj
Każdy plik kontrolny musi zaczynać się od a TYP blok. Możliwe typy to NUKLEOTYD,
AMINOKWAS, KODON.
[USTAWIENIA]
Ten blok określa mniej istotne preferencje użytkownika, takie jak typy plików wyjściowych i
formaty, nasiona generatora liczb losowych i informację, czy wyświetlać szczegółowe dane
raporty.
[MODEL] Nazwa modelu
Ten blok rozpoczyna nowy model ewolucyjny, który można wykorzystać do symulacji. The
szczególne parametry, w tym modele substytucji, szybkości indelu i miejsce kodonu
modele są kontrolowane poprzez podmodele. Nazwa modelu może mieć dowolną nazwę.
[DRZEWO] nazwa drzewa newick
Blok ten służy do określenia drzewa przewodników o podanej nazwie nazwa drzewa.
Odległości ewolucyjne są przedstawiane jako długości gałęzi drzewa NOWICK
Format.
[GAŁĘZIE]
Bloki te służą do symulacji procesów niestacjonarnych i niejednorodnych.
Pozwala to na określenie różnych modeli na różnych gałęziach drzewa prowadzącego
gałęzie mają różne modele substytucji, rozkładu długości indel, szybkości
heterogeniczność, skład zasadowy itp.
[PARTYCJE] nazwa partycji
Podczas każdego przebiegu można symulować wiele partycji sekwencji. Dla każdej partycji
należy określić drzewo przewodnie, model ewolucyjny i długość sekwencji.
[EWOLUOWAĆ]
W ramach tego bloku można wygenerować wiele replik partycji.
PRAWA AUTORSKIE
Copyright © 2010 William Fletcher Licencja GPLv3+: GNU GPL wersja 3 lub nowsza.
To jest wolne oprogramowanie: możesz je zmieniać i rozpowszechniać. NIE MA GWARANCJI,
w zakresie dozwolonym przez prawo. Pełny tekst licencji jest dostępny pod adresem
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
PODZIĘKOWANIA
Williama Fletchera i Ziheng Yang (2009). INDELible: elastyczny symulator biologiczny
Ewolucja sekwencji, Molekularny Biologia i Ewolucja 26(8): 1879-1888.
Korzystaj z nieusuwalnego online, korzystając z usług onworks.net
