indygo-przedstawienie - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

indygo-depict - narzędzie do renderowania cząsteczek i reakcji

STRESZCZENIE

przedstawiający indygo plik.{mol,rxn,cml,smi} plik wyjściowy.{png,svg,pdf} [parametry]

przedstawiający indygo w pliku.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} plik wyjściowy_%s.{png,svg,pdf} [parametry]

przedstawiający indygo wplik.smi plik wyjściowy.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [parametry]

przedstawiający indygo - SMILES plik wyjściowy.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [parametry]

przedstawiający indygo -Pomoc

OPIS

przedstawiający indygo służy do przedstawiania cząsteczek.

OPCJE

przedstawiający indygo może czytać pliki wejściowe lub kod SMILES ze standardowego wejścia. Mogą to być
po którym następuje jeden lub więcej z następujących parametrów.

-w
Szerokość obrazu w pikselach

-h
Wysokość obrazu w pikselach

-obligacja
Średnia długość wiązania w pikselach

-marże
Marginesy poziome i pionowe w pikselach. Domyślnie brak marginesów

-grubość
Ustaw współczynnik grubości względnej. Domyślnie jest 1.0

-szerokość linii
Ustaw współczynnik szerokości linii łączenia. Domyślnie jest 1.0

-etykieta
Ustaw tryb wyświetlania etykiety atomu. Domyślnie jest hetero-terminal

-wodny
Pokaż ukryte wodory. Domyślnie jest on

-[de]aromat
Wymuś [de]aromatyzację

-stereofoniczny
Tryb wyświetlania grup stereo. Domyślnie jest stary

-cdbwsa
Środkowe wiązania podwójne, które mają sąsiadujące wiązanie stereo (domyślnie wyłączone)

-zapytanie Traktuj dane wejściowe jako cząsteczkę zapytania lub reakcję (domyślnie wyłączone)

-mądrzy
Traktuj dane wejściowe jako cząsteczkę zapytania SMARTS lub reakcję (domyślnie wyłączone)

-idpole
Pole SDF/RDF, które należy wstawić w miejsce '%s' w nazwach zapisywanych plików (domyślnie jest to
cząsteczka/numer reakcji)

-katalizatory
Umiejscowienie katalizatorów reakcji zgodnie ze strzałką. Domyślnie jest powyżej i poniżej

-komentarz
Komentarz tekstowy do umieszczenia nad cząsteczką lub reakcją. Brak wartości domyślnej

-przesunięcie komentarza
Odstęp w pionie (w pikselach) pomiędzy komentarzem a strukturą

-pole komentarza
Użyj określonego pola SDF/RDF jako komentarza

-nazwa komentarza
Użyj nazwy cząsteczki/reakcji jako komentarza

-komentarz
Współczynnik rozmiaru czcionki komentarza tekstowego w stosunku do grubości spoiwa. Domyślnie jest 6

-komentarz poz
Pozycja komentarza tekstowego (domyślnie na dole)

-komentarz <0..1>
Wyrównanie komentarza tekstowego, wartość zmiennoprzecinkowa: 0 = lewo, 0.5 = środek, 1 = prawda

-kolorowanie
Włącz/wyłącz kolorowanie. Domyślnie jest on

-hlgruby
Włącz wyróżnianie grubymi liniami i pogrubionymi znakami

-hlkolor
Włącz wyróżnianie kolorem. Wartości komponentów muszą mieścić się w zakresie [0 255 ..]

-bgkolor
Ustaw kolor tła. Wartości komponentów muszą mieścić się w zakresie [0 255 ..]

-kolor podstawowy
Ustaw domyślny kolor pierwszego planu. Wartości komponentów muszą mieścić się w zakresie [0 255 ..]

-aamkolor
Ustaw kolor indeksów AAM. Wartości komponentów muszą mieścić się w zakresie [0 255 ..]

-dsgkolor
Ustaw kolor danych SGroups. Wartości komponentów muszą mieścić się w zakresie [0 255 ..]

-kolor komentarza
Ustaw kolor komentarza. Wartości komponentów muszą mieścić się w zakresie [0 255 ..]

-liczby atomowe
Pokaż numery atomów (tylko do celów debugowania)

-numery obligacji
Pokaż numery obligacji (tylko do celów debugowania)

-jeden oparty
Rozpocznij indeksy atomów i wiązań od jednego. Wartość domyślna wynosi od zera

-Pomoc Wydrukuj tę wiadomość pomocy

PRZYKŁADY

przedstawiający indygo infile.mol plik_wyjściowy.png -kolorowanie poza -aromat
przedstawiający indygo baza danych.sdf cząsteczka_%s.png -idpole cdbregno -grubość 1.1
przedstawiający indygo baza danych.smi baza danych.sdf
przedstawiający indygo - CC.[O-][*-]([O-])=O zapytanie.png -zapytanie
przedstawiający indygo - OCO>>CC(C)N reakcja.rxn

Użyj indygo-przedstawienia online, korzystając z usług onworks.net