jackhmmer — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

jackhmmer - iteracyjne wyszukiwanie sekwencji w bazie danych białek

STRESZCZENIE

Jackhmmer [opcje]

OPIS

Jackhmmer iteracyjnie przeszukuje każdą sekwencję zapytań w przeciwko celowi
sekwencja (sekwencje) w . Pierwsza iteracja jest identyczna z a phmmer szukaj. Dla
następna iteracja, wielokrotne dopasowanie zapytania wraz ze wszystkimi sekwencjami docelowymi
satysfakcjonujące włączenie progi jest złożony, profil jest tworzony z tej linii trasowania
(identyczne z użyciem hmmbuduj na linii trasowania) i przeszukiwanie profilu skończone
(identyczne z hmmszukaj z profilem).

Zapytanie może być „-” (znak myślnika), w takim przypadku sekwencje zapytania to
czytać z potok zamiast z pliku. ten nie można odczytać z a
strumień, ponieważ Jackhmmer musi wykonać wiele przejść przez bazę danych.

Format wyjściowy został zaprojektowany tak, aby był czytelny dla człowieka, ale często jest tak obszerny, że
czytanie go jest niepraktyczne, a analizowanie go jest uciążliwe. ten --tblout i --domtblout Opcje
zapisywać dane wyjściowe w prostych formatach tabelarycznych, które są zwięzłe i łatwiejsze do przeanalizowania. The -o opcja
umożliwia przekierowanie głównego wyjścia, w tym wyrzucenie go do /dev/null.

OPCJE

-h Pomoc; wydrukuj krótkie przypomnienie o użyciu wiersza poleceń i wszystkich dostępnych opcjach.

-N Ustaw maksymalną liczbę iteracji na . Wartość domyślna to 5. Jeśli N=1, wynik
jest równa phmmer sprawdzić.

OPCJE KONTROLOWANIE WYDAJNOŚĆ

Domyślnie dane wyjściowe dla każdej iteracji pojawiają się na stdout w sposób nieco czytelny dla człowieka,
nieco parsowalny format. Te opcje umożliwiają przekierowanie tego wyjścia lub zapisanie
dodatkowe rodzaje danych wyjściowych do plików, w tym pliki punktów kontrolnych dla każdej iteracji.

-o Skieruj dane wyjściowe czytelne dla człowieka do pliku .

-A Po ostatniej iteracji zapisz opatrzone adnotacjami wielokrotne wyrównanie wszystkich trafień
spełniające progi włączenia (również z pierwotnym zapytaniem) do in
Format sztokholmski.

--tblout
Po ostatniej iteracji zapisz tabelaryczne podsumowanie trafień z najwyższej sekwencji w
łatwy do przeanalizowania, kolumnowy format rozdzielany białymi znakami.

--domtblout
Po ostatniej iteracji zapisz tabelaryczne podsumowanie najważniejszych trafień w domenie w
łatwy do przeanalizowania, kolumnowy format rozdzielany białymi znakami.

--chkhmm
Na początku każdej iteracji sprawdź zapytanie HMM, zapisując je w pliku o nazwie
- .Hmm gdzie jest numerem iteracji (od 1..N).

--czkali
Na końcu każdej iteracji zaznacz punkt kontrolny, aby wyrównanie wszystkich domen było satysfakcjonujące
progi włączenia (np. co stanie się zapytaniem HMM dla kolejnej iteracji),
zapisując go w pliku o nazwie <punkt kontrolny filet przedrostek>- .sto w formacie sztokholmskim,
gdzie jest numerem iteracji (od 1..N).

--wg Użyj przystąpień zamiast nazw w głównych danych wyjściowych, jeśli są dostępne dla profili
i/lub sekwencje.

--noali
Pomiń sekcję wyrównania z głównego wyjścia. Może to znacznie zmniejszyć wydajność
objętość.

--notekstw
Ogranicz długość każdej linii w głównym wyjściu. Domyślny limit to 120
znaków na linię, co pomaga w czytelnym wyświetlaniu wyjścia na terminalach i
w edytorach, ale może skrócić linie opisu profilu docelowego.

--tekstw
Ustaw limit długości linii wyjścia głównego na znaków w wierszu. Wartość domyślna to
120.

OPCJE KONTROLOWANIE SINGLE SEKWENCJA PUNKTACJA (PIERWSZY ITERACJA)

Domyślnie pierwsza iteracja używa modelu wyszukiwania utworzonego z pojedynczego zapytania
sekwencja. Model ten jest skonstruowany przy użyciu standardowej macierzy podstawień 20x20 dla reszty
prawdopodobieństwa i dwa dodatkowe parametry dla niezależnej od pozycji luki otwartej i luki
rozszerzyć prawdopodobieństwo. Te opcje zezwalają na domyślne parametry oceniania pojedynczej sekwencji
do zmiany.

--papież
Ustaw prawdopodobieństwo otwarcia luki dla modelu zapytania z pojedynczą sekwencją na . Domyślny
to 0.02. musi wynosić >= 0 i < 0.5.

--przedłużenie
Ustaw prawdopodobieństwo rozszerzenia luki dla modelu zapytania z pojedynczą sekwencją na ,
wartość domyślna to 0.4. musi wynosić >= 0 i < 1.0.

--mx
Uzyskaj prawdopodobieństwa dopasowania reszt z wbudowanej macierzy podstawień o nazwie
. Kilka standardowych macierzy jest wbudowanych i nie trzeba ich odczytywać
akta. Nazwa macierzy może być PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80 lub BLOSUM90. Tylko jeden z --mx i --mxplik
można użyć opcji.

--mxplik
Uzyskać prawdopodobieństwa dopasowania reszt z macierzy podstawień w pliku
. Domyślna macierz wyników to BLOSUM62 (ta macierz jest wewnętrzna dla HMMER
i nie musi być dostępny jako plik). Format macierzy podstawień
to standardowy format akceptowany przez BLAST, FASTA i inne sekwencje
oprogramowanie analityczne.

OPCJE KONTROLOWANIE RAPORTOWANIE PROGI

Progi raportowania kontrolują, które trafienia są raportowane w plikach wyjściowych (wyjście główne,
--tblout, --domtblout). W każdej iteracji klasyfikowane są trafienia sekwencji i trafienia domen
przez istotność statystyczną (wartość E), a wynik jest generowany w dwóch sekcjach zwanych per-
wynik docelowy i dla domeny. W danych wyjściowych dla celu domyślnie wszystkie trafienia sekwencji z an
Podano wartość E <= 10. W danych wyjściowych dla domeny, dla każdego celu, który przeszedł per-
docelowe progi zgłaszania, to wszystkie domeny spełniające progi zgłaszania dla poszczególnych domen
zgłoszone. Domyślnie są to domeny z warunkowymi wartościami E <= 10. Poniżej
Opcje umożliwiają zmianę domyślnych progów raportowania wartości E lub użycie wyniku bitowego
zamiast tego progi.

-E Zgłoś sekwencje z wartościami E <= w danych wyjściowych na sekwencję. Wartość domyślna to 10.0.

-T Użyj progu wyniku bitowego dla danych wyjściowych na sekwencję zamiast progu wartości E
(dowolne ustawienie -E jest ignorowany). Zgłoś sekwencje z wynikiem bitowym >= , Przez
domyślnie ta opcja jest nieustawiona.

-Z Zadeklaruj całkowity rozmiar bazy danych sekwencje dla celów wartości E
obliczenie. Zwykle wartości E są obliczane w stosunku do rozmiaru bazy danych
rzeczywiście szukałeś (np. liczba sekwencji w docelowa_seqdb). W niektórych
przypadkach (na przykład, jeśli podzieliłeś bazę danych sekwencji docelowych na wiele
pliki do zrównoleglenia wyszukiwania), możesz wiedzieć lepiej, jaki jest rzeczywisty rozmiar
Twojej przestrzeni wyszukiwania to.

--kopuła
Zgłoś domeny z warunkowymi wartościami E <= dodatkowo w danych wyjściowych na domenę
do domeny o najwyższej punktacji na znaczące trafienie sekwencji. Wartość domyślna to 10.0.

--domT
Użyj progu wyniku bitowego dla danych wyjściowych na domenę zamiast progu wartości E
(dowolne ustawienie --domT jest ignorowany). Zgłoś domeny z wynikiem bitowym >= in
dane wyjściowe na domenę, oprócz domeny o najwyższym wyniku na znaczącą sekwencję
uderzyć. Domyślnie ta opcja jest nieustawiona.

--dom Z
Zadeklaruj liczbę znaczących ciągów sekwencje, dla celów
warunkowe obliczenie wartości E dla dodatkowego znaczenia domeny. Normalnie
warunkowe wartości E są obliczane w stosunku do liczby przechodzących sekwencji
próg raportowania dla sekwencji.

OPCJE KONTROLOWANIE WŁĄCZENIE PROGI

Progi włączenia kontrolują, które trafienia są uwzględniane w wielokrotnym dopasowaniu i profilu
skonstruowane dla następnej iteracji wyszukiwania. Domyślnie sekwencja musi mieć
wartość E sekwencji <= 0.001 (zob -E opcja), które mają zostać uwzględnione, oraz wszelkie dodatkowe domeny
oprócz najwyżej punktowanego musi mieć warunkową wartość E <= 0.001 (zob. --kopuła
opcja). Różnica między progami zgłaszania a progami włączenia polega na tym
progi włączenia kontrolują, które trafienia faktycznie zostaną wykorzystane w następnej iteracji (lub
ostateczne wyjściowe wyrównanie wielokrotne, jeśli -A opcja jest używana), natomiast progi raportowania
kontroluj, co widzisz na wyjściu. Progi zgłaszania są generalnie luźniejsze, więc możesz
zobacz graniczne trafienia w górnej części szumu, które mogą być interesujące.

--incE
Dołącz sekwencje z wartościami E <= w kolejnej iteracji lub ostatecznym wyrównaniu
wyjście przez -A. Wartość domyślna to 0.001.

--incT
Użyj progu wyniku bitowego dla włączenia na sekwencję zamiast wartości E
próg (dowolne ustawienie --incE jest ignorowany). Uwzględnij sekwencje z wynikiem bitowym
>= . Domyślnie ta opcja jest nieustawiona.

--incdomE
Uwzględnij domeny z warunkowymi wartościami E <= w kolejnej iteracji lub finale
wyjście wyrównania wg -A, oprócz najwyżej ocenianej domeny na znaczącą
trafienie w sekwencję. Wartość domyślna to 0.001.

--incdomT
Użyj progu wyniku bitowego dla uwzględnienia na domenę zamiast progu wartości E
(dowolne ustawienie --incT jest ignorowany). Uwzględnij domeny z wynikiem bitowym >= , Przez
domyślnie ta opcja jest nieustawiona.

OPCJE KONTROLOWANIE PRZYŚPIESZENIE HEURYSTYKA

Wyszukiwania HMMER3 są przyspieszane w trzyetapowym potoku filtrów: filtr MSV, filtr
Filtr Viterbiego i filtr Forward. Pierwszy filtr jest najszybszy i najbardziej
przybliżony; ostatni to pełny algorytm punktacji Forward, najwolniejszy, ale najdokładniejszy.
Pomiędzy MSV i Viterbi jest też filtr biasu. Cele, które przejdą wszystkie etapy
w potoku akceleracji są następnie poddawane postprocessingowi — identyfikacji domeny
i ocenianie za pomocą algorytmu Forward/Backward.

Zasadniczo jedynymi wolnymi parametrami, które kontrolują filtry heurystyczne HMMER, są P-
progi wartości kontrolujące oczekiwany ułamek sekwencji niehomologicznych, które przejdą pomyślnie
filtry. Ustawienie wyższych progów domyślnych spowoduje przekroczenie większej części
sekwencja niehomologiczna, zwiększająca czułość kosztem szybkości; odwrotnie,
ustawienie niższych progów wartości P przekroczy mniejszą część, zmniejszając czułość
i zwiększając prędkość. Ustawienie progu wartości P filtra na 1.0 oznacza, że ​​przejdzie
wszystkie sekwencje i skutecznie wyłącza filtr.

Zmiana progów filtra usuwa lub uwzględnia tylko cele z rozważania; wymiana pieniędzy
progi filtrów nie zmieniają wyników bitowych, wartości E ani wyrównań, z których wszystkie są
ustalane wyłącznie w postprocessingu.

--maks Maksymalna czułość. Wyłącz wszystkie filtry, w tym filtr biasu i uruchom na pełnych obrotach
Postprocessing do przodu/do tyłu dla każdego celu. Zwiększa to czułość
nieznacznie, kosztem szybkości.

--F1
Pierwszy próg filtra; ustawić próg wartości P dla kroku filtra MSV. The
wartość domyślna to 0.02, co oznacza, że ​​około 2% najwyżej ocenianych jest niehomologicznych
oczekuje się, że cele przejdą przez filtr.

--F2
Drugi próg filtra; ustawić próg wartości P dla kroku filtra Viterbiego.
Wartość domyślna to 0.001.

--F3
Trzeci próg filtra; ustaw próg wartości P dla kroku filtrowania w przód. The
domyślnie jest to 1e-5.

--nobias
Wyłącz filtr biasu. Zwiększa to nieco czułość, ale może osiągnąć ok
wysoki koszt szybkości, zwłaszcza jeśli zapytanie ma tendencyjny skład pozostałości (np
powtarzalnego regionu sekwencji lub jeśli jest to białko błonowe z dużymi regionami
hydrofobowość). Bez filtra odchylenia zbyt wiele sekwencji może przejść przez filtr
z tendencyjnymi zapytaniami, co prowadzi do wolniejszej niż oczekiwano wydajności, ponieważ
intensywne obliczeniowo algorytmy Forward/Backward są niezwykle ciężkie
załadować.

OPCJE KONTROLOWANIE PROFIL BUDOWA (PÓŹNIEJ ITERACJE)

Te opcje kontrolują sposób definiowania kolumn konsensusu w wielu wyrównaniach kiedy
profile budowlane. Domyślnie, Jackhmmer zawsze zawiera oryginalną sekwencję zapytania w
wynik wyrównania w każdej iteracji, a stanowiska konsensusu są definiowane przez to zapytanie
sekwencja: czyli domyślna Jackhmmer profil ma zawsze taką samą długość jak oryginał
zapytanie przy każdej iteracji.

--szybki Zdefiniuj kolumny konsensusu jako te, które mają ułamek >= symfrak pozostałości jako
w przeciwieństwie do luk. (Patrz poniżej --symfrac opcja.) Chociaż jest to ustawienie domyślne
opcja budowy profilu w innym miejscu (w hmmbudujw szczególności), może mieć
działania niepożądane w Jackhmmer, ponieważ profil może iteracyjnie wejść
sekwencjonuj z dala od pierwotnego zapytania, pozostawiając kilka kolumn konsensusu lub nie pozostawiając ich wcale
odpowiadającą jego pozostałościom.

--ręka Zdefiniuj kolumny konsensusu w następnym profilu, używając adnotacji odniesienia do wielokrotności
wyrównanie. Jackhmmer propaguje adnotację referencyjną z poprzedniego profilu do
wielokrotne wyrównanie, a stamtąd do następnego profilu. To jest ustawienie domyślne.

--symfrac
Zdefiniuj próg frakcji pozostałości niezbędny do zdefiniowania kolumny konsensusu kiedy
używając --szybki opcja. Wartość domyślna to 0.5. Ułamek symbolu w każdej kolumnie to
obliczona po uwzględnieniu względnej wagi sekwencji i pominięciu luki
znaki odpowiadające końcom fragmentów sekwencji (w przeciwieństwie do znaków wewnętrznych
insercje/usunięcia). Ustawienie tego na 0.0 oznacza, że ​​każda kolumna wyrównania będzie
być przypisany jako konsensus, co może być przydatne w niektórych przypadkach. Ustawienie na 1.0
oznacza, że ​​tylko kolumny zawierające 0 przerw (wewnętrzne wstawienia/usunięcia) będą
przypisany jako konsensus.

--fragthresh
Chcemy policzyć przerwy końcowe jako delecje tylko wtedy, gdy znana jest dopasowana sekwencja
być pełnometrażowy, a nie fragment (na przykład dlatego, że tylko jego część
został zsekwencjonowany). HMMER używa prostej reguły do ​​wnioskowania o fragmentach: jeśli długość sekwencji
L jest mniejsze lub równe ułamkowi razy długość linii trasowania w kolumnach,
wtedy sekwencja jest traktowana jako fragment. Wartość domyślna to 0.5. Ustawienie
--fragthresh0 nie zdefiniuje żadnej (niepustej) sekwencji jako fragmentu; może chcesz
zrób to, jeśli wiesz, że masz starannie wyselekcjonowane wyrównanie pełnej długości
sekwencje. Ustawienie --fragthresh1 zdefiniuje wszystkie sekwencje jako fragmenty; możesz
chcesz to zrobić, jeśli wiesz, że twoje wyrównanie składa się w całości z fragmentów, takich jak
jako przetłumaczone krótkie odczyty w danych metagenomicznych ze strzelby.

OPCJE KONTROLOWANIE KREWNY WAGI

Ilekroć profil jest budowany z wielu wyrównań, HMMER używa sekwencji ad hoc
algorytm ważenia w celu zmniejszenia wagi blisko spokrewnionych sekwencji i zwiększenia wagi odległych sekwencji
te. Powoduje to, że modele są mniej obciążone przez nierówną filogenetykę
reprezentacja. Na przykład dwie identyczne sekwencje zwykle otrzymywałyby połowę
wagę, jaką miałaby jedna sekwencja (i dlatego Jackhmmer nie martwi się zawsze
włączając oryginalną sekwencję zapytania w wyrównanie każdej iteracji, nawet jeśli ją znajdzie
ponownie w wyszukiwanej bazie danych). Te opcje kontrolują, który algorytm zostanie użyty.

--wpb Użyj schematu ważenia sekwencji opartego na pozycji Henikoffa [Henikoff i Henikoff,
J. Mol. Biol. 243:574, 1994]. To jest ustawienie domyślne.

--wgsc Użyj algorytmu ważenia Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein i in., J. Mol.
Biol. 235:1067, 1994].

--wkwiat
Użyj tego samego schematu grupowania, który był używany do ważenia danych podczas obliczania BLOSUM
macierze podstawień [Henikoff i Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci 89:10915, 1992].
Sekwencje są grupowane pojedynczym wiązaniem na progu tożsamości (domyślnie 0.62; patrz
--wid) iw każdym klastrze sekwencji c każda sekwencja ma względną wagę
1/c.

--nie wiem
Brak względnych wag. Wszystkim sekwencjom przypisywana jest jednakowa waga.

--wid
Ustawia próg tożsamości używany przez klastrowanie z pojedynczym powiązaniem podczas używania --wkwiat.
Nieważne z jakimkolwiek innym schematem ważenia. Wartość domyślna to 0.62.

OPCJE KONTROLOWANIE EFEKTYWNY SEKWENCJA LICZBA

Po określeniu względnych wag są one normalizowane, aby sumować się do całkowitej efektywnej
numer sekwencji, eff_nseq. Liczba ta może być rzeczywistą liczbą sekwencji w pliku
wyrównanie, ale prawie zawsze jest mniejsze. Domyślne ważenie entropii
metoda (--ent) zmniejsza efektywny numer sekwencyjny, aby zredukować zawartość informacji
(względna entropia lub średni oczekiwany wynik na prawdziwych homologach) na stanowisko konsensusu. The
docelowa względna entropia jest kontrolowana przez funkcję dwuparametrową, gdzie dwa
parametry można ustawić za pomocą --tam i --esigma.

--eent Dostosuj efektywną liczbę sekwencji, aby osiągnąć określoną względną entropię na
stanowisko (zob --tam). To jest ustawienie domyślne.

--wykluczenie
Ustaw efektywną liczbę sekwencyjną na liczbę klastrów z pojedynczym powiązaniem w a
określony próg tożsamości (zob --eid). Ta opcja nie jest zalecana; to dla
eksperymenty oceniające, o ile lepiej --eent jest.

--enon
Wyłącz skuteczne określanie numeru sekwencyjnego i po prostu użyj rzeczywistej liczby
sekwencje. Jednym z powodów, dla których możesz chcieć to zrobić, jest próba maksymalizacji względnego
entropia/pozycja twojego modelu, co może być przydatne w przypadku krótkich modeli.

--set
Jawnie ustaw efektywny numer sekwencyjny dla wszystkich modeli na .

--tam
Ustaw minimalną względną entropię/pozycję docelową na . Wymaga --eent. Domyślna
zależy od alfabetu sekwencji; dla sekwencji białkowych jest to 0.59 bitów/pozycję.

--esigma
Ustawia minimalną względną entropię wniesioną przez całe wyrównanie modelu, powyżej
na całej swojej długości. Powoduje to, że krótkie modele mają wyższą wartość względną
entropia na pozycję niż --tam sam by dał. Wartość domyślna to 45.0 bitów.

--eid
Ustawia ułamkowe odcięcie tożsamości parami używane przez klastrowanie z pojedynczym powiązaniem
dotychczasowy --wykluczenie opcja. Wartość domyślna to 0.62.

OPCJE KONTROLOWANIE PRZEORY

W konstrukcji profilu domyślnie zliczenia ważone są konwertowane na średnią a posteriori
oszacowania parametrów prawdopodobieństwa za pomocą mieszaniny a priori Dirichleta. Domyślna mieszanka Dirichleta
budowane są parametry wstępne dla modeli białek i kwasów nukleinowych (RNA i DNA).
w. Poniższe opcje umożliwiają zastąpienie domyślnych priorytetów.

--pno Nie używaj żadnych przeorów. Parametry prawdopodobieństwa będą po prostu obserwowane
częstotliwości, po względnym ważeniu sekwencji.

--zastąpić Użyj przeoru Laplace'a +1 zamiast domyślnego przeoru Dirichleta.

OPCJE KONTROLOWANIE E-WARTOŚĆ KALIBROWANIE

Szacowanie parametrów lokalizacji dla oczekiwanych rozkładów punktacji dla filtra MSV
wyniki, wyniki filtra Viterbiego i wyniki Forward wymagają trzech krótkich losowych sekwencji
symulacje.

--EmL
Ustawia długość sekwencji w symulacji, dla której szacuje się parametr lokalizacji mu
Wartości E filtra MSV. Wartość domyślna to 200.

--EmN
Ustawia liczbę sekwencji w symulacji, która szacuje parametr lokalizacji mu
dla wartości E filtra MSV. Wartość domyślna to 200.

--EvL
Ustawia długość sekwencji w symulacji, dla której szacuje się parametr lokalizacji mu
Wartości E filtra Viterbiego. Wartość domyślna to 200.

--EvN
Ustawia liczbę sekwencji w symulacji, która szacuje parametr lokalizacji mu
dla wartości E filtra Viterbiego. Wartość domyślna to 200.

--EfL
Ustawia długość sekwencji w symulacji, która szacuje parametr lokalizacji tau
dla Forward E-wartości. Wartość domyślna to 100.

--EfN
Ustawia liczbę sekwencji w symulacji, która szacuje parametr lokalizacji
tau dla Forward E-wartości. Wartość domyślna to 200.

--Eft
Ustawia ułamek masowy ogona, aby pasował do symulacji, która szacuje lokalizację
parametr tau dla wartości Forward. Wartość domyślna to 0.04.

INNE OPCJE

--nonnull2
Wyłącz korekty wyniku null2 dla tendencyjnej kompozycji.

-Z Potwierdź, że łączna liczba celów w Twoich wyszukiwaniach wynosi , do celów
obliczeń wartości E na sekwencję, a nie rzeczywistą liczbę celów
widziany.

--dom Z
Potwierdź, że łączna liczba celów w Twoich wyszukiwaniach wynosi , do celów
warunkowych obliczeń wartości E dla poszczególnych dziedzin, a nie liczby celów
które przekroczyły progi zgłaszania.

--nasionko
Rozpocznij generator liczb losowych za pomocą , liczba całkowita >= 0. Jeżeli jest > 0, dowolne
symulacje stochastyczne będą powtarzalne; to samo polecenie da to samo
wyniki. Gdyby wynosi 0, generator liczb losowych jest zaszczepiany arbitralnie i
symulacje stochastyczne będą się różnić w zależności od uruchomienia tego samego polecenia. Domyślny
nasienie to 42.

--qformat
Zadeklaruj, że dane wejściowe plik zapytania_nast jest w formacie . Zaakceptowany plik sekwencji
formaty obejmują FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Sztokholm i SELEX. Domyślny
jest automatyczne wykrywanie formatu pliku.

--format
Zadeklaruj, że dane wejściowe docelowa_seqdb jest w formacie . Zaakceptowany plik sekwencji
formaty obejmują FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Sztokholm i SELEX. Domyślny
jest automatyczne wykrywanie formatu pliku.

--procesor
Ustaw liczbę równoległych wątków roboczych na . Domyślnie HMMER ustawia to na
liczbę rdzeni procesora, które wykryje w twojej maszynie - to znaczy, że próbuje zmaksymalizować
wykorzystanie dostępnych rdzeni procesora. Ustawienie wyższa niż liczba
dostępnych rdzeni ma niewielką lub żadną wartość, ale możesz chcieć coś ustawić
mniej. Możesz także kontrolować tę liczbę, ustawiając zmienną środowiskową,
HMMER_NCPU.

Ta opcja jest dostępna tylko wtedy, gdy HMMER został skompilowany z obsługą wątków POSIX.
Jest to ustawienie domyślne, ale mogło zostać wyłączone w czasie kompilacji Twojej witryny
lub maszynę z jakiegoś powodu.

--stoisko
W przypadku debugowania wersji master/worker MPI: wstrzymaj po uruchomieniu, aby włączyć
programistę, aby dołączyć debugery do działających procesów głównych i roboczych. Wysłać
Sygnał SIGCONT zwalniający pauzę. (W gdb: (Gdb) sygnał SYGKONT) (Tylko
dostępne, jeśli opcjonalna obsługa MPI była włączona w czasie kompilacji.)

--mpi Uruchom w trybie master/pracownik MPI, używając mpiruna. (Dostępne tylko w przypadku opcjonalnego MPI
wsparcie zostało włączone w czasie kompilacji.)

Korzystaj z usługi jackhmmer online, korzystając z usług onworks.net