To jest polecenie kalign, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks, korzystając z jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
kalign - wykonuje wielokrotne dopasowanie sekwencji biologicznych.
STRESZCZENIE
kalibrować [wplik.fasta] [plik wyjściowy.fasta] [Opcje]
kalibrować [-ja wplik.fasta] [-O plik wyjściowy.fasta] [Opcje]
kalibrować [< wplik.fasta] [> plik wyjściowy.fasta] [Opcje]
OPIS
Kalina to narzędzie wiersza poleceń do wykonywania wielu dopasowywania sekwencji biologicznych. Ono
wykorzystuje algorytm Muth?Manber string-matching, aby poprawić zarówno dokładność, jak i szybkość?
linii trasowania. Wykorzystuje globalne, progresywne podejście do dostosowania, wzbogacone o zastosowanie
przybliżony algorytm dopasowywania ciągów do obliczania odległości sekwencji i włączania
lokalne dopasowania do globalnego wyrównania.
OPCJE
-s -gpo -otwórz lukę -przerwa_otwarta x
Kara za otwartą lukę.
-e -gpe -gap_ext -przedłużenie przerwy x
Kara za wydłużenie przerwy.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_kara x
Kary za lukę terminalną.
-m -premia -matryca_bonus x
Stała dodana do macierzy podstawień.
-c -sortować <input, drzewo, luki.>
Kolejność, w jakiej sekwencje pojawiają się w dopasowaniu wyjściowym.
-g -funkcja
Wybiera tryb funkcji i określa, które funkcje mają być używane: np. all, maxplp,
STRUKTURA, PFAM-A?
-ten sam_wynik_funkcji
Ocena za dopasowanie tych samych cech.
-diff_feature_score
Kara za dopasowanie różnych cech.
-d -dystans <wu, para>
Metoda odległości
-b -drzewo -drzewo-przewodnik <nj, upgma>
Metoda drzewa przewodnika.
-z -z odcięcie
Parametr używany do obliczania odległości na podstawie wu-manber.
-i -W -Wejście
Nazwa pliku wejściowego.
-o -na zewnątrz -wyjście
Nazwa pliku wyjściowego.
-a -gap_inc
Zwiększa kary za luki w zależności od liczby istniejących luk.
-f -format <fasta, msf, w sumie, klu, macsim>
Format wyjściowy.
-q -cichy
Nie drukuj niczego do STDERR. Nie czytaj nic z STDIN.
LITERATURA
· Timo Lassmann i Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - dokładna i szybka wielokrotność
algorytm dopasowywania sekwencji. BMC Bioinformatyka 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings i Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
wysokowydajne wielokrotne dopasowanie sekwencji białek i nukleotydów umożliwiające
cechy zewnętrzne. Badania kwasów nukleinowych 3:858-865.
AUTORSKI
Tymianek Lassmanna <[email chroniony]>
Autor wstępny Kalign.
Charles Plessy <[email chroniony]>
Napisałem stronę podręcznika.
PRAWA AUTORSKIE
Prawa autorskie © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign to darmowe oprogramowanie. Możesz go redystrybuować i/lub modyfikować zgodnie z warunkami
Powszechna Licencja Publiczna GNU opublikowana przez Free Software Foundation.
Ta strona podręcznika została napisana przez Charlesa Plessy[email chroniony]> dla Debiana(TM)
systemu (ale mogą być używane przez inne osoby). Udziela się pozwolenia na kopiowanie, rozpowszechnianie i/lub
modyfikować ten dokument na tych samych warunkach, co sam kalig.
W systemach Debian pełny tekst Powszechnej Licencji Publicznej GNU w wersji 2 może być:
Znaleziono w /usr/share/common-licenses/GPL-2.
Korzystaj z kalign online, korzystając z usług onworks.net
