Jest to polecenie LAshow, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
LAshow - wyświetlaj lokalne wyrównania z plików .las
STRESZCZENIE
LApokaż [-caroUF] [-iint(4)] [-wint(100)][-bint(10)] src1:db|dam [src2:db|dam] wyrównaj:las
[brzmi:PLIK | czyta:zakres ...]
OPIS
LApokaż tworzy wydrukowaną listę lokalnych wyrównań zawartych w określonym .las
plik, z którego pochodzą odczyty a i b źródło1 lub źródło1 i źródło2, odpowiednio. Jeśli
podany jest plik lub lista zakresów odczytu, wtedy tylko te nakładania się, dla których a-read jest w
wyświetlany jest zestaw określony przez plik lub listę. Widzieć DBpokaż(1) dla wyjaśnienia
jak interpretowany jest plik i lista odczytanych zakresów.
OPCJE
-F Odwróć role odczytów a- i b- na wyświetlaczu
-U Użyj wielkich liter dla sekwencji DNA zamiast domyślnej małej litery
-iwcięcie
Ustaw wcięcie dla wyświetlania kreskówek i/lub wyrównania, jeśli są wymagane.
(domyślnie: 4)
-bliczba_symboli
Ustaw liczbę symboli po obu stronach wyrównanych segmentów w linii trasowania
wyświetlacz. (domyślnie: 10)
-ww Ten parametr jest używany dla trybów wyświetlania określonych przez -a i -r. (domyślny:
100)
-o Wyświetlaj tylko wyrównania, które prawidłowo nakładają się, to znaczy, gdzie kończy się sekwencja
występuje na każdym końcu linii trasowania
DISPLAY TRYBY
-c Renderowanie kreskowe linii trasowania
-za, -r Wyświetlić wyrównanie lokalnego wyrównania
Połączenia -a opcja stawia dokładnie w kolumn na segment wyświetlacza, natomiast -r opcja
stawia dokładnie w symbole a-read w każdym segmencie wyświetlacza. ten -r tryb wyświetlania to
przydatne, gdy ktoś chce wizualnie porównać dwa wyrównania dotyczące tego samego a-czytania. Jeśli
połączenie -c, -a, -r flagi są ustawione, potem najpierw jest kreskówka, potem -a
wyrównanie, a na koniec -r wyrównanie.
Korzystaj z LAshow online za pomocą usług onworks.net