linsi — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

mafft - Program wielokrotnego dopasowania sekwencji aminokwasowych lub nukleotydowych

STRESZCZENIE

mufft [Opcje] wkład [> wydajność]

więc wkład [> wydajność]

ginsi wkład [> wydajność]

einsi wkład [> wydajność]

fftnsi wkład [> wydajność]

ffff wkład [> wydajność]

nie wiem wkład [> wydajność]

nwnsi wkład [> wydajność]

mafft-profil group1 group2 [> wydajność]

wkład, group1 i group2 musi być w formacie FASTA.

OPIS

MAFT to program do wyrównywania wielu sekwencji dla systemów operacyjnych typu unix. Oferuje
szereg wielu metod wyrównania.

Zorientowany na dokładność metody:
· L-INS-i (prawdopodobnie najdokładniejszy; zalecany dla <200 sekwencji; iteracyjne udoskonalanie)
metoda zawierająca lokalne informacje o wyrównaniu parami):

mufft --para lokalna --maksyterować 1000 wkład [> wydajność]

więc wkład [> wydajność]

· G-INS-i (odpowiedni dla sekwencji o podobnej długości; zalecany dla <200 sekwencji;
iteracyjna metoda udoskonalania obejmująca globalne informacje o wyrównaniu parami):

mufft -- para globalna --maksyterować 1000 wkład [> wydajność]

ginsi wkład [> wydajność]

· E-INS-i (odpowiedni dla sekwencji zawierających duże regiony nieprzystosowane; zalecane dla
<200 sekwencji):

mufft --odc 0 --genafpair --maksyterować 1000 wkład [> wydajność]

einsi wkład [> wydajność]

W przypadku E-INS-i --odc 0 zalecana jest opcja pozwalająca na duże odstępy.

Zorientowany na szybkość metody:
· FFT-NS-i (metoda iteracyjnego udokładniania; tylko dwa cykle):

mufft --wycofać się 2 --maksyterować 2 wkład [> wydajność]

fftnsi wkład [> wydajność]

· FFT-NS-i (iteracyjna metoda udoskonalania; maks. 1000 iteracji):

mufft --wycofać się 2 --maksyterować 1000 wkład [> wydajność]

· FFT-NS-2 (szybka; metoda progresywna):

mufft --wycofać się 2 --maksyterować 0 wkład [> wydajność]

ffff wkład [> wydajność]

· FFT-NS-1 (bardzo szybka; zalecana dla >2000 sekwencji; metoda progresywna z chropowatością
drzewo przewodnie):

mufft --wycofać się 1 --maksyterować 0 wkład [> wydajność]

· NW-NS-i (metoda iteracyjnego udokładniania bez aproksymacji FFT; tylko dwa cykle):

mufft --wycofać się 2 --maksyterować 2 --nofft wkład [> wydajność]

nwnsi wkład [> wydajność]

· NW-NS-2 (szybka; metoda progresywna bez aproksymacji FFT):

mufft --wycofać się 2 --maksyterować 0 --nofft wkład [> wydajność]

nie wiem wkład [> wydajność]

· NW-NS-PartTree-1 (zalecane dla ~10,000 50,000 do ~XNUMX XNUMX sekwencji; metoda progresywna)
z algorytmem PartTree):

mufft --wycofać się 1 --maksyterować 0 --nofft --drzewo części wkład [> wydajność]

Grupa do grupy linie trasowania

mafft-profil group1 group2 [> wydajność]

lub:

mufft --maksyterować 1000 --nasionko group1 --nasionko group2 /dev/null [> wydajność]

OPCJE

Algorytm
--automatyczny
Automatycznie wybiera odpowiednią strategię spośród L-INS-i, FFT-NS-i i FFT-NS-2,
zgodnie z rozmiarem danych. Domyślnie: wyłączone (zawsze FFT-NS-2)

-6merpara
Odległość jest obliczana na podstawie liczby udostępnionych 6merów. Domyślnie: włączone

-- para globalna
Wszystkie dopasowania parami są obliczane za pomocą algorytmu Needlemana-Wunscha. Więcej
dokładny, ale wolniejszy niż -6merpair. Nadaje się do zestawu globalnie wyrównanego
sekwencje. Ma zastosowanie do ~200 sekwencji. Połączenie z --maxiterate 1000
jest zalecane (G-INS-i). Domyślnie: wyłączone (używana jest odległość 6-metrowa)

--para lokalna
Wszystkie dopasowania parami są obliczane za pomocą algorytmu Smitha-Watermana. Bardziej precyzyjne
ale wolniej niż --6merpair. Nadaje się do zestawu lokalnie dopasowanych sekwencji.
Ma zastosowanie do ~200 sekwencji. Kombinacja z --maxiterate 1000 to
zalecane (L-INS-i). Domyślnie: wyłączone (używana jest odległość 6-metrowa)

--genafpair
Wszystkie dopasowania parami są obliczane za pomocą lokalnego algorytmu z uogólnionym
koszt luki afinicznej (Altschul 1998). Dokładniejsze, ale wolniejsze niż -6merpair. Odpowiedni
gdy spodziewane są duże luki wewnętrzne. Ma zastosowanie do ~200 sekwencji. A
zalecane jest połączenie z --maxiterate 1000 (E-INS-i). Domyślnie: wyłączone (6mer
używana jest odległość)

--szybka para
Wszystkie dopasowania parami są obliczane za pomocą FASTA (Pearson i Lipman 1988). FASTA jest
wymagany. Domyślnie: wyłączone (używana jest odległość 6-metrowa)

--wagai numer
Współczynnik ważenia dla warunku zgodności obliczonego na podstawie dopasowania parami. Ważny
gdy któraś z opcji --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair lub --blastpair wynosi
wybrany. Domyślnie: 2.7

--wycofać się numer
Drzewo przewodnika jest zbudowane numer razy w fazie progresywnej. Obowiązuje przy odległości 6 metrów.
Domyślnie: 2

--maksyterować numer
numer wykonywane są cykle iteracyjnego udoskonalania. Domyślnie: 0

--fff
Użyj aproksymacji FFT w wyrównaniu grup do grup. Domyślnie: włączone

--nofft
Nie używaj aproksymacji FFT w wyrównaniu grup do grup. Domyślnie: wyłączone

--brak wyniku
Wynik wyrównania nie jest sprawdzany na etapie dopracowywania iteracyjnego. Domyślnie: wyłączone (punktacja
sprawdzone)

--memzapisz
Użyj algorytmu Myersa-Millera (1988). Domyślnie: automatycznie włączane, gdy
długość wyrównania przekracza 10,000 XNUMX (aa/nt).

--drzewo części
Użyj szybkiej metody budowania drzewa (PartTree, Katoh i Toh 2007) z odległością 6 metrów.
Zalecane w przypadku wprowadzania dużej liczby (> ~10,000 XNUMX) sekwencji. Domyślnie: wyłączone

--dpparttree
Algorytm PartTree jest używany z odległościami opartymi na DP. Nieco dokładniejsze i
wolniej niż --parttree. Zalecane dla dużej liczby (> ~10,000 XNUMX) sekwencji
Wejście. Domyślnie: wyłączone

--szybkie drzewo
Algorytm PartTree jest używany z odległościami opartymi na FASTA. Nieco dokładniejsze
i wolniej niż --parttree. Zalecane dla dużej liczby (> ~10,000 XNUMX) sekwencji
są dane wejściowe. FASTA jest wymagana. Domyślnie: wyłączone

--rozmiar części numer
Liczba partycji w algorytmie PartTree. Domyślnie: 50

--Wielkość grupy numer
Nie rób wyrównania większego niż numer sekwencje. Obowiązuje tylko z --*parttree
opcje. Domyślnie: liczba sekwencji wejściowych

Parametr
--op numer
Kara za otwarcie luki w wyrównaniu między grupami. Domyślnie: 1.53

--odc numer
Wartość przesunięcia, która działa jak kara za wydłużenie przerwy, dla wyrównania grupy do grupy.
Domyślnie: 0.123

--poobcinać numer
Kara za otwarcie przerwy w lokalnym wyrównaniu parami. Obowiązuje, gdy --localpair lub
Wybrano opcję --genafpair. Domyślnie: -2.00

--lep numer
Wartość przesunięcia przy lokalnym wyrównaniu parami. Obowiązuje, gdy --localpair lub --genafpair
wybrana jest opcja. Domyślnie: 0.1

--leks numer
Kara za wydłużenie przerwy przy lokalnym wyrównaniu parami. Obowiązuje, gdy --localpair lub
Wybrano opcję --genafpair. Domyślnie: -0.1

--POOBCINAĆ numer
Kara za otwarcie przerwy, aby pominąć wyrównanie. Obowiązuje, gdy opcja --genafpair to
wybrany. Domyślnie: -6.00

--LEXP numer
Kara za wydłużenie odstępu, aby pominąć wyrównanie. Obowiązuje, gdy opcja --genafpair to
wybrany. Domyślnie: 0.00

--bl numer
BLOSUM numer wykorzystywana jest macierz (Henikoff i Henikoff 1992). numer=30, 45, 62 lub 80.
Domyślnie: 62

--jtt numer
JTT PAM numer (Jones i wsp. 1992) stosuje się macierz. numer>0. Domyślnie: BLOSUM62

--tm numer
Transmembranowy PAM numer (Jones i wsp. 1994) stosuje się macierz. numer>0. Domyślny:
BLOSUM62

--amatrix plik macierzy
Użyj zdefiniowanej przez użytkownika macierzy punktacji AA. Format plik macierzy jest taki sam jak w przypadku
PODMUCH. Ignorowane, gdy wprowadzane są sekwencje nukleotydowe. Domyślnie: BLOSUM62

--fmodel
Włącz informacje o składzie AA/nuc do macierzy punktacji. Domyślnie: wyłączone

Wydajność
--clustalout
Format wyjściowy: format klastra. Domyślnie: wyłączone (format fasta)

--kolejność wprowadzania
Kolejność wyjściowa: taka sama jak wejściowa. Domyślnie: włączone

--zmień kolejność
Kolejność wyjściowa: wyrównana. Domyślnie: wyłączone (kolejność wprowadzania)

--drzewo
Drzewo przewodnika jest wyprowadzane do wkładplik .drzewa. Domyślnie: wyłączone

--cichy
Nie zgłaszaj postępów. Domyślnie: wyłączone

Wkład
--nuc
Załóżmy, że sekwencje są nukleotydami. Domyślnie: auto

--amino
Załóżmy, że sekwencje są aminokwasami. Domyślnie: auto

--nasionko wyrównanie1 [--nasionko wyrównanie2 --nasionko wyrównanie3 ...]
Wyrównania nasion podane w wyrównanie_n (format fasta) są wyrównane z sekwencjami w
wkład. Zachowane jest wyrównanie w każdym ziarnie.

Korzystaj z linsi online, korzystając z usług onworks.net