map2slimp - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

map2slim — mapuje skojarzenia genów do „szczupłej” ontologii

STRESZCZENIE

cd idź
map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo asocjacje genów/gene_association.fb

OPIS

Biorąc pod uwagę plik GO slim i aktualną ontologię (w jednym lub kilku plikach), ten skrypt zmapuje
plik asocjacji genów (zawierający adnotacje do pełnego GO) do warunków w GO
szczupły.

Skrypt może być użyty do utworzenia nowego pliku powiązania genów, zawierającego najwięcej
odpowiednie akcesje GO slim lub w trybie liczenia, w którym to przypadku da odrębny gen
produkt liczy się dla każdego szczupłego okresu

Format pliku skojarzenia jest opisany tutaj:

<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#plik>

ARGUMENTY

-b wiadro szczupły filet
Ten argument dodaje wiadro REGULAMIN do szczupłej ontologii; patrz dokumentacja poniżej dla
Wyjaśnienie. Nowy plik cienkiej ontologii, w tym terminy wiaderkowe, zostanie zapisany w
wiadro szczupły filet

-outmapa szczupły mapowanie filet
Spowoduje to wygenerowanie pliku odwzorowania dla każdego terminu w pełnej ontologii, pokazując zarówno
najbardziej istotne szczupłe terminy i wszystkie szczupłe terminy, które są przodkami. Jeśli używasz tego
opcja, NIE dostarczaj pliku skojarzeń genów

nazwy pokazowe
(Działa tylko z -outmap)

Pokaż nazwy terminu w smukłym pliku mapowania

-c Zmusi to map2slim do podania zliczeń pliku assoc zamiast mapowania go

-t W połączeniu z -c wstawi dane wyjściowe na zakładkę, tak aby wcięcie odzwierciedlało
hierarchia drzewa w pliku slim

-o na zewnątrz filet
To zapisze zmapowane assocs (lub liczniki) do określonego pliku, a nie do
ekran

POBIERZ

Ten skrypt jest częścią go-perl pakiet, dostępny w CPAN

<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>

Ten skrypt nie zadziała bez zainstalowania go-perl

MAPOWANIE ALGORYTM
GO to DAG, a nie drzewo. Oznacza to, że często istnieje więcej niż jedna ścieżka z terminu GO
do głównego węzła Gene_Ontology; ścieżka może przecinać wiele wyrazów w smukłym
ontologia — co oznacza, że ​​jedna adnotacja może być odwzorowana na wiele wąskich terminów!

(noty musisz to obejrzeć online, aby zobaczyć obrazek poniżej - jeśli nie oglądasz tego na
dotychczasowy http://www.geneontology.org witryny, możesz spojrzeć na następujący adres URL:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/*do kasy*/geneontology/go-dev/go-perl/doc/map2slim.gif>
)

Hipotetyczny przykład niebieskie kółka pokazują terminy w GO slim, a żółte kółka pokazują
terminy w pełnej ontologii. Pełna ontologia obejmuje szczupłość, więc niebieskie terminy to
także w ontologii.

GO ID MAPY DO SLIM ID WSZYSTKICH SLIM PRZODKÓW
===== =============== ===================
5 2+3 2,3,1
6 3 tylko 3,1
7 4 tylko 4,3,1
8 3 tylko 3,1
9 4 tylko 4,3,1
10 2+3 2,3,1

Druga kolumna pokazuje najistotniejsze identyfikatory w szczupłym bezpośrednim mapowaniu. Trzeci
kolumna pokazuje wszystkich przodków w szczupłym.

Zwróć uwagę w szczególności na mapowanie ID 9, chociaż ma ono dwie ścieżki do korzenia przez
szczupła przez 3 i 4, 3 jest odrzucana, ponieważ jest sumowana przez 4.

Z drugiej strony 10 map na 2 i 3, ponieważ oba są pierwszymi slim ID w
dwie prawidłowe ścieżki do korzenia, a żadna z nich nie obejmuje drugiej.

Zastosowany algorytm to:

aby odwzorować dowolny termin w pełnej ontologii: znajdź wszystkie poprawne ścieżki prowadzące do węzła głównego w
pełna ontologia

dla każdej ścieżki weź pierwszy cienki termin napotkany na ścieżce

odrzuć wszelkie zbędne terminy slim z tego zestawu, tj. terminy slim, które są częścią innych terminów slim
w zestawie

WIADRO WARUNKI
Jeśli uruchomisz skrypt z opcją -b, zostaną dodane terminy zasobnika. Dla dowolnego terminu P in
szczupła, jeśli P ma co najmniej jedno dziecko C, termin wiaderkowy P' zostanie utworzony pod P. To jest
termin ogólny do mapowania dowolnego terminu w pełnej ontologii, który jest potomkiem P, ale
NIE jest potomkiem żadnego dziecka P w szczupłej ontologii.

Na przykład slim generic.0208 ma następujące terminy i strukturę:

Wiązanie %DNA ; PRZEJDŹ:0003677
% wiązania chromatyny ; PRZEJDŹ:0003682
%aktywność czynnika transkrypcyjnego ; PRZEJDŹ:0003700, PRZEJDŹ:0000130

Po dodaniu terminów zasobnika będzie to wyglądać tak:

Wiązanie %DNA ; PRZEJDŹ:0003677
% wiązania chromatyny ; PRZEJDŹ:0003682
%aktywność czynnika transkrypcyjnego ; GO:0003700 ; synonim: GO: 0000130
@bucket:Powiązanie Z-OTHER-DNA ; slim_temp_id:12

Terminy z pełnej ontologii, które są innymi dziećmi wiązania DNA, takie jak
wiązanie nici DNA i jego potomkowie zmapują się do terminu wiadro.

Termin wiaderka ma wąski identyfikator, który jest przejściowy i służy tylko do ułatwienia
mapowanie. Nie należy go używać zewnętrznie.

Termin wiaderka ma przedrostek Z-INNY; Z to hack, aby upewnić się, że termin jest
zawsze wymienione na ostatnim miejscu w kolejności alfabetycznej.

Algorytm jest nieznacznie modyfikowany, jeśli używane są terminy zbiorcze. Termin wiadro ma
niejawny związek ze wszystkimi INNYMI rodzeństwem, które nie są szczupłe.

Do I potrzeba wiadro warunki?

Obecnie większość cienkich plików jest całkowicie lub prawie „kompletna”, to znaczy nie ma luk.
Oznacza to, że opcja -b nie da zauważalnych różnych wyników. Na przykład,
możesz zobaczyć wiadro termin INNE-powiązanie utworzone, bez adnotacji do niego: ponieważ wszystko
dzieci oprawy w GO są reprezentowane w pliku slim.

Opcja wiaderka jest naprawdę potrzebna tylko w przypadku niektórych starszych zarchiwizowanych plików slim,
które są statyczne i zostały wygenerowane w sposób dość doraźny; mają tendencję do gromadzenia „luk”
z czasem (np. GO doda nowe dziecko wiązania, ale statyczny plik slim nie będzie do
daty, więc wszelkie produkty genów z adnotacjami do tego nowego terminu będą mapowane na wiązanie INNE w
szczupły)

WYKRES NIEZGODNOŚCI
Należy zauważyć, że plik(i) slim ontology mogą być nieaktualne w stosunku do aktualnego
ontologia.

Obecnie map2slim nie sygnalizuje niezgodności pomiędzy wykresem slim a wykresem w
pełny plik ontologii; przyjmuje pełną ontologię jako prawdziwy graf. Jednakże
Slim ontology zostanie użyta do formatowania wyników, jeśli wybierzesz -t -c jako opcje.

WYDAJNOŚĆ
W trybie normalnym zostanie zapisany plik skojarzeń genów w standardowym formacie. Kolumna ID GO
(5) będzie zawierać identyfikatory GO slim ID. Mapowanie odpowiada drugiej kolumnie w tabeli
nad. Zauważ, że plik wyjściowy może zawierać więcej linii niż plik wejściowy. To jest
ponieważ niektóre pełne identyfikatory GO ID mają więcej niż jeden odpowiedni identyfikator slim.

COUNT TRYB

map2slim można uruchomić z opcją -c, która poda liczbę różnych genów
produkty zmapowane do każdego smukłego terminu. Kolumny są następujące

PRZEJDŹ TERMIN
Pierwsza kolumna to GO ID, po której następuje nazwa terminu (nazwa terminu jest podana jako
można go znaleźć zarówno w pełnej ontologii GO, jak i w slim – zazwyczaj będą to takie same
ale czasami plik slim pozostanie w tyle za zmianami w pliku GO)

Liczba produktów genów, dla których jest to najodpowiedniejsze określenie szczupłe
liczba odrębnych produktów genów, dla których jest to najbardziej odpowiednie/bezpośrednie odchudzanie
NS. Przez najbardziej bezpośredni rozumiemy, że albo skojarzenie jest dokonywane bezpośrednio z tym terminem,
LUB skojarzenie dotyczy dziecka tego szczupłego terminu ORAZ nie ma dziecka szczupłego
termin, do którego odnosi się stowarzyszenie.

Dla większości slimów liczba ta będzie bezpośrednio równa liczbie skojarzeń
zmapowane do tego wąskiego terminu. Jednak niektóre starsze szczupłe pliki są „nierówne”, ponieważ
przyznać się do „luk”. Na przykład, jeśli szczupły ma wszystkie dzieci „procesu biologicznego” z
z wyjątkiem „zachowania”, wtedy wszystkie adnotacje do „zachowania” lub jego dzieci będą
liczone tutaj

patrz przykład poniżej

Liczba produktów genów uznana za kojarzoną z terminem szczupłym
oraz liczba odrębnych produktów genów, które są przypisane do dowolnego potomka tego
slim ID (lub adnotacja bezpośrednio na slim ID).

flaga przestarzałości
GO ontologia

Weźmy przykład; jeśli użyjemy -t i -c w ten sposób:

map2slim -t -c GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo asocjacje genów/gene_association.fb

Wtedy część wyników może wyglądać tak:

GO:0008150 proces_biologiczny (proces_biologiczny) 34 10025 proces_biologiczny
GO:0007610 zachowanie (zachowanie) 632 632 biologiczny_proces
GO:0000004 nieznany proces biologiczny (nieznany proces biologiczny) 832 832 biologiczny_proces
GO:0007154 komunikacja komórkowa (komunikacja komórkowa) 333 1701 biologiczny_proces
GO:0008037 rozpoznawanie komórek (rozpoznawanie komórek) 19 19 proces_biologiczny
19 produktów zostało zmapowanych do GO:0008037 lub jednego z jego dzieci. (GO:0008037 to węzeł liścia w wersji slim, więc obie liczby są identyczne).

Z drugiej strony GO:0008150 otrzymuje tylko 34 produkty, dla których jest to najbardziej odpowiednie
semestr. Dzieje się tak, ponieważ większość adnotacji będzie mapowana na jakieś dziecko GO:0008150 w smukłym,
takie jak GO:0007610 (zachowanie). Te 34 produkty genów są albo opisane bezpośrednio w
GO:0008150, albo do jakiegoś dziecka tego terminu, które nie jest szczupłe. Może to wskazywać na
„luki” w szczupłej sylwetce. Zauważ, że uruchomienie map2slim z opcją -b 'zapełni' te luki
z terminami sztucznego wypełniacza.

Korzystaj z map2slimp online za pomocą usług onworks.net