Jest to polecenie micro_razers, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
mikro_razers
STRESZCZENIE
micro_razers [OPCJE]
OPIS
MicroRazerS wykorzystuje strategię mapowania opartą na prefiksach, aby możliwie mapować małe odczyty RNA
zawierający 3' sekwencję adapterową.
(c) Prawa autorskie 2009 Anne-Katrin Emde.
-h, --help
Wyświetla ten komunikat pomocy.
--wersja
Wyświetlanie informacji o wersji
Główne opcje::
-o, --wyjście FILE
Zmień nazwę pliku wyjściowego. Domyślny: .wynik.
-rr, --współczynnik-rozpoznawania NUM
ustawić procent rozpoznawalności w zakresie [80..100]. Domyślnie: 100.
-SL, -- długość-nasiona NUM
długość nasion W zakresie [10..inf]. Wartość domyślna: 16.
-sE, --seed-błąd
pozwolić na jeden błąd w materiale siewnym
-f, --Naprzód
map czyta tylko pasma przesyłane dalej.
-r, --odwrócić
map czyta tylko w celu odwrócenia pasm.
-mN, --dopasuj-N
„N” pasuje do wszystkich innych znaków
-m, --maksymalne trafienia NUM
wyprowadź tylko NUM najlepszych trafień w zakresie [1..inf]. Wartość domyślna: 100.
-rocznie, --oczyszczanie-niejednoznaczne
czyszczenie odczytów z więcej niż najlepszymi trafieniami z najlepszymi trafieniami
-LM, --słaba pamięć
zmniejszyć zużycie pamięci kosztem czasu pracy
-v, --gadatliwy
tryb gadatliwy
-w, --vverbose
bardzo gadatliwy tryb
Opcje formatu wyjściowego::
-z, --format wyjściowy NUM
Ustaw format wyjściowy. 0 = format MicroRazerS, 1 = SAM. W zakresie [0..1].
-a, --wyrównanie
zrzuć wyrównanie dla każdego dopasowania
-gni, --nazywanie-genomów NUM
Wybierz sposób nazywania genomów. 0 = użyj identyfikatora Fasta, 1 = wylicz zaczynając od 1. In
zakres [0..1]. Domyślnie: 0.
-rn, --odczyt-nazywania NUM
Wybierz sposób nazywania odczytów. 0 = użyj identyfikatora Fasta, 1 = wylicz zaczynając od 1. In
zakres [0..1]. Domyślnie: 0.
-więc, --sortuj-porządek NUM
Wybierz sposób sortowania dopasowań. 0 = numer odczytu, 1 = pozycja genomu. W zakresie
[0..1]. Domyślnie: 0.
-pf, --format-pozycji NUM
Wybierz numerację pozycji początkowej/końcowej (patrz sekcja Współrzędne poniżej). 0 = odstęp,
1 = miejsce na pozycję. W zakresie [0..1]. Domyślnie: 0.
WERSJA
wersja micro_razers: 1.0.1 Ostatnia aktualizacja lipiec 2009
Korzystaj z micro_razers online, korzystając z usług onworks.net