mincresample — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

mincresample - ponownie próbkuje plik minc wzdłuż nowych wymiarów przestrzennych

STRESZCZENIE

mała próbka [ ]

OPIS

Minkrepróbka przepróbkuje plik minc wzdłuż nowych wymiarów przestrzennych z nowym wokselem
pozycje. Każdy wolumin w pliku wejściowym (podany przez wymiary przestrzenne xspace, yspace
i zspace) jest ponownie próbkowany zgodnie z opcjami wiersza poleceń. Wymiary nieprzestrzenne są
zachowane w oryginalnej kolejności, ale wymiary przestrzenne można ponownie uporządkować, aby uzyskać
obrazy poprzeczne, strzałkowe lub czołowe. Nowe wartości wokseli są obliczane przy użyciu
interpolacja liniowa, trójsześcienna lub najbliższego sąsiada.

ŚWIAT WSPÓŁRZĘDNE

Współrzędne światowe odnoszą się do współrzędnych milimetrowych względem jakiegoś fizycznego pochodzenia
(albo skaner, albo jakaś struktura anatomiczna). Współrzędne woksela to po prostu
indeksów do objętości obrazu danego woksela. W celu określenia właściwego
opcji ponownego próbkowania, konieczne jest zrozumienie, jak działają konwersje współrzędnych MINC.

Każdy wymiar objętości obrazu MINC jest określony przez nazwę - wymiary przestrzenne są
xspace, yspace i zspace. Konwencja jest taka, że ​​dodatnie współrzędne xspace biegną od
od lewej strony do prawej strony pacjenta, dodatnie współrzędne yspace biegną od tyłu pacjenta
do przednich i dodatnich współrzędnych zspace biegną od dolnego do górnego. Dla każdego z
te wymiary przestrzenne, konwersja współrzędnych świata jest określona przez parę
atrybuty: krok i start. Na przykład współrzędna światowa xspace jest obliczana za pomocą x
= v*krok + start, gdzie x to współrzędna globalna x, a v to liczba wokseli (zaczynając od
zero). Zatem wielkość atrybutu step określa odległość między wokselami a
znak atrybutu step określa orientację osi.

Jest jeszcze jeden zwrot: pliki MINC mogą mieć nieortogonalne osie z rozszerzeniem
wymiary nie są idealnie wyrównane z nazwaną osią. Może istnieć kierunek_cosinus
atrybut, który daje prawdziwą orientację osi. Na przykład normalnie xspace
wymiar powinien pokrywać się ze światową osią x, tj. kierunek cosinus = (1,0,0); Jednakże,
możliwe jest posiadanie cosinusa kierunku (0.9, 0.43589, 0).

Te atrybuty (krok, początek i kierunek_cosinusy) zapewniają konwersję z woksela
współrzędne do współrzędnych świata. W połączeniu z wieloma elementami lub próbkami wzdłuż
oś zawierają pełny opis miejsca, w którym powinno znajdować się próbkowanie danych wyjściowych.
Jednak kiedy ponownie próbkujemy dane, często interesuje nas zmiana świata
współrzędne: od układu współrzędnych skanera MRI do układu współrzędnych skanera PET,
na przykład lub z objętości w jej przestrzeni akwizycji do współrzędnych w znormalizowanym
przestrzeń. Tę zmianę współrzędnych świata można określić za pomocą a
plik transformacji (.xfm). Tak więc, ogólnie rzecz biorąc, ponowne próbkowanie obejmuje trzy
transformacje: od współrzędnych wokselowych pliku wejściowego do jego współrzędnych światowych
(określone przez plik wejściowy), od współrzędnych świata wejściowego do świata wyjściowego
współrzędne (określone przez plik transformacji) oraz ze świata pliku wyjściowego
współrzędne do współrzędnych woksela (określonych opcjami wiersza poleceń).

Ogólnie rzecz biorąc, cosinusy kierunkowe są rzadko używane - zmiana orientacji osi jest określona przez a
zmiana współrzędnych świata (plik transformacji). Również ponowne próbkowanie pozycji
(konwersja świata wyjściowego na woksel) są często określane w odniesieniu do pliku modelu (tj.
ponownie próbkuj ten plik, aby wyglądał jak ten plik). Chociaż istnieje wiele opcji dla
pełnej specyfikacji transformacji, zwykle nie trzeba podawać więcej
niż kilka z nich.

OPCJE

Zwróć uwagę, że opcje można określić w formie skróconej (o ile są unikalne) i
można podać w dowolnym miejscu w wierszu poleceń.

Ogólne Opcje

-2 Twórz pliki wyjściowe w formacie MINC 2.0.

-sprać
Zastąp istniejący plik.

-Noclobber
Nie zastępuj istniejącego pliku (domyślnie).

-gadatliwy
Wydrukuj informacje o postępie dla każdego obliczonego wycinka (domyślnie).

-cichy Nie drukuj informacji o postępie.

Ponowne próbkowanie specyfikacja

Opcje, które zapewniają próbkowanie danych wyjściowych (wszystkie poniższe z wyjątkiem -transformacja) są
analizowane w kolejności, w jakiej pojawiają się w wierszu poleceń. Zatem polecenie z -lubić
plik.mnc -elementy 34 -zkrok 2 poda próbkę taką jak w pliku w plik.mnc ale
z 34 próbkami na 2 mm wzdłuż zprzestrzeni oś. Domyślne próbkowanie jest pobierane z
plik wejściowy, przekształcony zgodnie z dowolną transformacją.

-transformacja plik.xfm
Określ plik podający transformację współrzędnych świata (domyślnie jest to identity
transformacja).

-transformacja_odwrócona
Odwróć transformację przed jej użyciem.

-noinvert_transformation
Nie odwracaj transformacji (domyślnie).

-tfm_próbkowanie_wejściowe
Przekształć próbkowanie wejściowe (używając transformacji określonej przez -transformacja)
wraz z danymi i użyj tego jako domyślnego próbkowania (domyślnie).

-użyj_próbkowania_wejściowego
Użyj próbkowania wejściowego jako domyślnego próbkowania, nawet bez transformacji
chociaż dane są przekształcane (stare zachowanie).

-lubić plik.mnc
Określ plik modelu, który przekazuje świat wyjściowy do transformacji i liczby wokseli
elementów (tzn. przekształć ten plik tak, aby wyglądał jak tamten).

-próbkowanie_standardowe
Ustaw próbkowanie na wartości standardowe (początek = 0, krok = 1, kierunek cosinus punkt
wzdłuż odpowiednich osi).

-typ przestrzeni ciąg
Ustaw nazwę przestrzeni wyjściowej (zwykle rodzinny____ or taairach_).

-talairach
Ustaw nazwę przestrzeni wyjściowej na talarach_.

-jednostki ciąg
Ustaw jednostki przestrzeni wyjściowej.

-początek ox oy oz
Określ współrzędne pierwszego woksela. To nie to samo, co wartość początkowa
jeśli cosinusy kierunkowe są niestandardowe. Jak dobrze, początek to nie tylko
rzut prostopadły początku układu współrzędnych na oś, jest to rzut równoległy
(jak w wielowymiarowej projekcji równoległoboku). Konwersja jest obsługiwana
prawidłowo za pomocą tej opcji.

-elementy nx ny nz
Liczba elementów wzdłuż każdego z wymiarów świata.

-xelementy nx
Liczba elementów wzdłuż wymiaru xspace.

-yelementy ny
Liczba elementów wzdłuż wymiaru yspace.

-elementy nz
Liczba elementów wzdłuż wymiaru zspace.

-krok xkrok krok zkrok
Przejdź między wokselami wzdłuż każdego z wymiarów świata.

-xkrok xkrok
Przechodź między wokselami wzdłuż wymiaru xspace.

-ystep krok
Przechodź między wokselami wzdłuż wymiaru yspace.

-zkrok zkrok
Przechodź pomiędzy wokselami wzdłuż wymiaru zspace.

-Początek xstart zacznij zstart
Położenie środka pierwszego woksela wzdłuż każdego z wymiarów świata.

-xstart xstart
Położenie środka pierwszego woksela wzdłuż wymiaru xspace.

-ystart zacznij
Położenie środka pierwszego woksela wzdłuż wymiaru yspace.

-zstart zstart
Położenie środka pierwszego woksela wzdłuż wymiaru zspace.

-reż x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Cosinusy kierunkowe dla każdej z osi świata.

-xdircos x1 x2 x3
Cosinusy kierunkowe dla wymiaru xspace.

-ydircos y1 y2 y3
Cosinusy kierunkowe dla wymiaru yspace.

-Zdircos z1 z2 z3
Cosinusy kierunkowe dla wymiaru zspace.

Wymiary zamawiania

Domyślnie zachowana jest oryginalna kolejność wymiarów.

-poprzeczny
Wypisz przekroje poprzeczne.

-strzałkowy
Wypisz przekroje strzałkowe.

-koronowy
Zapisz przekroje koronalne.

Wydajność dane rodzaj i zasięg

Domyślnym typem, znakiem i prawidłowym zakresem są te z pliku wejściowego. Jeśli typ jest
określony, wówczas zarówno znak, jak i prawidłowy zakres są ustawione na wartość domyślną dla tego typu. Jeśli znak jest
określony, wówczas prawidłowy zakres jest ustawiany na wartość domyślną dla typu i znaku.

-bajt Przechowuj woksele wyjściowe w formacie 8-bitowych liczb całkowitych.

-krótki Przechowuj woksele wyjściowe w formacie 16-bitowych liczb całkowitych.

-wew Przechowuj woksele wyjściowe w formacie 32-bitowych liczb całkowitych.

-długie Zastąpione przez -wew.

-pływak Przechowuj woksele wyjściowe w 32-bitowym formacie zmiennoprzecinkowym.

-podwójnie
Przechowuj woksele wyjściowe w 64-bitowym formacie zmiennoprzecinkowym.

-podpisany
Wypisz wartości jako liczby całkowite ze znakiem (domyślnie dla krótkich i długich). Ignorowane dla
typy zmiennoprzecinkowe.

-bez znaku
Wypisz wartości jako liczby całkowite bez znaku (domyślnie dla byte). Ignorowane z powodu unoszenia się
rodzaje punktów.

-zasięg min max
określa prawidłowy zakres wyjściowych wartości wokseli. Wartość domyślna to pełny zakres dla
wpisać i podpisać. Ta opcja jest ignorowana dla wartości zmiennoprzecinkowych.

-zachowaj_prawdziwy_zakres
Zachowaj rzeczywiste minimum i maksimum z głośności wejściowej, aby wartości były
skalowane w ten sam sposób na wyjściu. Jest to szczególnie przydatne w przypadku ponownego próbkowania etykiety
objętości, gdzie interpolacja wartości intensywności nie ma sensu.

-nokeep_prawdziwy_zakres
Oblicz ponownie rzeczywiste minimum i maksimum dla każdego wycinka wyjściowego. To jest ustawienie domyślne.

Prowadzenie of niezdefiniowany (nieważny) woksel wartości

-napełnić Woksele wyjściowe, które wykraczają poza głośność wejściową, mają niezdefiniowane wartości. Kiedy
-napełnić zostanie użyta opcja, te woksele otrzymują wartość, która jest poza poprawną wartością
zakres (mniejszy niż obowiązujące minimum, jeśli typ, znak i ważny zakres na to pozwalają) so
aby mogły zostać wykryte przez inne oprogramowanie. Wartości tych wokseli nie są
Włączone do systemu obraz-maks i obraz-min zmiennych.

-Nie wypełniać
Użyj rzeczywistej/fizycznej wartości (nie wartości woksela) równej zero dla punktów poza wejściem
tom. Punkty te są uwzględniane w obliczeniach obraz-maks i obraz-min
zmienne. To jest ustawienie domyślne.

-wypełnijwartość wartość wypełnienia
Określa rzeczywistą/fizyczną wartość (nie wartość woksela) dla punktów poza wejściem
tom. Punkty nie są uwzględniane w obliczeniach obraz-maks i obraz-
min zmiennych.

Interpolacja Opcje

-trójliniowy
Wykonaj trójliniową interpolację między wokselami. Krawędzie objętości są na
środek pierwszego i ostatniego woksela wymiaru. To jest ustawienie domyślne.

-trójsześcienny
Wykonaj trójsześcienną interpolację między wokselami. Krawędzie objętości są na
środek pierwszego i ostatniego woksela wymiaru.

-najbliższy_sąsiad
Wykonaj interpolację najbliższego sąsiada między wokselami (tj. znajdź woksel najbliższy
punkt i wykorzystać jego wartość). Krawędzie objętości znajdują się na krawędzi pierwszej
i ostatnie woksele wymiaru (oddzielenie środka +/- połowy wokseli).

-sinc Wykonaj zrenormalizowaną interpolację sinc w oknie między wokselami, jak opisał Thacker
i in. JMRI 10:582-588 (1999).

-szerokość n
Określa szerokość połowy jądra interpolacji sinc w zakresie od 1 do
10. Pełna szerokość jądra sinc wynosi n * 2 + 1, a więc waha się od 3 do 21.
Wartość domyślna to 5, co daje pełną szerokość równą 11.

-Hanning
Użyj okna Hanninga z interpolantem sinc. To jest ustawienie domyślne.

- Hamminga
Użyj okna Hamminga z interpolantem sinc.

Rodzajowy Opcje

-Pomoc Wydrukuj podsumowanie opcji wiersza poleceń i zakończ.

-wersja
Wydrukuj numer wersji programu i zakończ.

PRZYKŁADY

Ponowne próbkowanie mózgu danej osoby w znormalizowanej przestrzeni na standardowej siatce próbkowania:

mincresample indywidual.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_to_standard_space.xfm \
-jak standard_sampling.mnc

Ponowne próbkowanie objętości MRI w celu dopasowania do objętości PET, ale z lepszą rozdzielczością:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-krok 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-elementy 256 256 64

Zmień objętość poprzeczną w objętość strzałkową:

mincresample poprzeczny.mnc strzałkowy.mnc \
-strzałkowy -najbliższy

Przekształć objętość poprzeczną 256x256x64 (1x1x2mm) w objętość strzałkową 256x128x256 (1x1x1mm):

mincresample poprzeczny.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zkrok 1 -znelem 128

Uzyskaj dokładniejsze próbkowanie osiowe w objętości PET:

mincresample pet_15_plasterki.mnc pet_46_plasterki.mnc \
-zkrok 2 -elementy 46

Użyj mincresample online, korzystając z usług onworks.net