mincreshape - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

mincreshape - wycina hiperslab z pliku minc (ze zmianą kolejności wymiarów)

STRESZCZENIE

mincreshape [ ] .mnc .mnc

OPIS

Mincreshape'a głównym zadaniem jest wycięcie hiperslaba z pliku minc i umieszczenie go w nowym
plik minc. „Co to jest hiperpłyta?”, pytasz. Jest to po prostu określone wielowymiarowe pudełko
z indeksem początkowym (wektorem podającym współrzędną woksela) i wektorem zliczania (liczba
woksele wzdłuż każdej osi). Pojedynczy wycinek objętości to hiperpłyta (z liczbą 1
w kierunku plastra), mały blok wyciągnięty z dużej objętości to hiperpłyta, a
objętość pojedynczego echa ze zbioru danych MRI zawierającego wiele ech to hiperpłyta, jeden punkt czasowy z a
dynamiczne pozyskiwanie to hiperslab – rozumiesz, o co chodzi. Sprawdź -Początek, -liczyć i
-ściemniać opcji, aby uzyskać więcej szczegółów, jak to zrobić (i spójrz na przykłady!). Jeśli ty
wyciągasz tylko jeden punkt wzdłuż wymiaru, masz możliwość wykonania
wymiar znika, więc mincreshape daje możliwość redukcji wymiarowości
plik minc. Ponadto nie jesteś ograniczony do określenia hiperpłyty, która znajduje się tylko wewnątrz
pliku wejściowego, można wykraczać poza wymiary zawarte w pliku wejściowym, oraz
ponadto możesz podać liczbę, która przewróci dane wzdłuż wymiaru.

Jakby tego było mało, mincreshape posiada możliwość zmiany kolejności wymiarów. Najbardziej
oczywistym przypadkiem jest konwersja obrazu poprzecznego na obraz koronalny. Ale możesz wpisać a
lista nazw wymiarów, aby uzyskać dowolną kolejność wymiarów.

Chcesz więcej!?! Dobrze, dobrze. Mincreshape wykonuje wszystkie operacje ICV biblioteki minc
dostępne w wierszu poleceń. Dla tych, którzy lubią konkrety, ICV jest obrazem
zmienna konwersji (nie pytaj mnie, dlaczego tak ją nazwałem), która w zasadzie pozwala ci powiedzieć
dane jak to będzie wyglądać. Innymi słowy, wykonuje za Ciebie wiele konwersji.
Konwersje te obejmują zmianę typu, zakresu i normalizację wartości wokseli,
rozszerzanie lub zawężanie obrazów (poprzez powielanie wokseli lub uśrednianie), aby uzyskać określony
rozmiar obrazu i konwertowanie obrazów wektorowych na skalarne.

Żebyś się nie pomylił, powiem ci wyraźnie: mincreshape robi wszystko
Najpierw stosuje się konwersje ICV, a następnie stosuje się hiperpłytę i elementy zmiany kolejności wymiarów
rezultat tego. Jeśli więc chcesz je wymieszać razem (np -rozmiar obrazu, -Początek, -liczyć),
najpierw sobie to wyjaśnij w głowie.

OK, poczekaj na swoje miejsce: oto lista opcji.

OPCJE

Zwróć uwagę, że opcje można określić w formie skróconej (o ile są unikalne) i
można podać w dowolnym miejscu w wierszu poleceń.

Ogólne Opcje

-2 Twórz pliki wyjściowe w formacie MINC 2.0.

-sprać
Zastąp istniejący plik.

-Noclobber
Nie zastępuj istniejącego pliku (domyślnie).

-gadatliwy
Wydrukuj informacje o postępie dla każdego skopiowanego fragmentu danych (domyślnie). Kawałek
różni się rozmiarem, w zależności głównie od tego, czy ponownie zamawiasz wymiary, czy nie, oraz
jak duży może być bufor wewnętrzny.

-cichy Nie drukuj informacji o postępie.

-max_rozmiar_kawałku_w_kb rozmiar
Określ maksymalny rozmiar bufora kopii (w kilobajtach). Wartość domyślna to 4096 kilobajtów
(4meg).

Obraz konwersja Opcje (piksel rodzaj i zakres):

Domyślnym typem, znakiem i prawidłowym zakresem są te z pliku wejściowego. Jeśli typ jest
określony, wówczas zarówno znak, jak i prawidłowy zakres są ustawione na wartość domyślną dla tego typu. Jeśli znak jest
określony, wówczas prawidłowy zakres jest ustawiany na wartość domyślną dla typu i znaku.

-Typ pliku
Nie wykonuj żadnej konwersji typu (domyślnie).

-bajt Przechowuj woksele wyjściowe w formacie 8-bitowych liczb całkowitych.

-krótki Przechowuj woksele wyjściowe w formacie 16-bitowych liczb całkowitych.

-wew Przechowuj woksele wyjściowe w formacie 32-bitowych liczb całkowitych.

-długie Zastąpione przez -wew.

-pływak Przechowuj woksele wyjściowe w 32-bitowym formacie zmiennoprzecinkowym.

-podwójnie
Przechowuj woksele wyjściowe w 64-bitowym formacie zmiennoprzecinkowym.

-podpisany
Wypisz wartości jako liczby całkowite ze znakiem (domyślnie dla krótkich i długich). Ignorowane dla
typy zmiennoprzecinkowe.

-bez znaku
Wypisz wartości jako liczby całkowite bez znaku (domyślnie dla byte). Ignorowane z powodu unoszenia się
rodzaje punktów.

-Prawidłowy zakres min max
określa prawidłowy zakres wyjściowych wartości wokseli w ich reprezentacji liczb całkowitych.
Domyślnie jest to pełny zakres dla typu i znaku. Ta opcja jest ignorowana dla
wartości zmiennoprzecinkowe.

-zakres_obrazu min max
Normalizuj obrazy do określonej minimalnej i maksymalnej wartości rzeczywistej (nie wartości woksela).

-normalizować
Normalizuj obrazy do rzeczywistego minimum i maksimum dla całego pliku wejściowego.

-nienormalizować
Nie normalizuj obrazów (domyślnie).

-nopixfill
Nie konwertuj wartości spoza zakresu w pliku wejściowym, po prostu je skopiuj.

-pixfill
Zastąp wartości spoza zakresu w pliku wejściowym najmniejszą możliwą wartością (domyślnie).

-wartość wypełnienia pikseli wartość
Określ nową wartość piksela, która ma zastąpić wartości spoza zakresu w pliku wejściowym.

Obraz konwersja Opcje (wymiar kierunek i rozmiar):

-skalarny
Konwertuj obrazy wektorowe na obrazy skalarne (obraz wektorowy jest jednym z wymiar_wektorowy
jako najszybciej zmieniający się wymiar). Wymiar wektorowy zostanie usunięty, a wartości pozostaną
uśrednione.

-noskalar
Nie konwertuj obrazów wektorowych na obrazy skalarne (domyślnie).

+kierunek
Odwróć obrazy, aby uzyskać dodatnią wartość kroku dla osi przestrzennych. Należy pamiętać, że przerzucanie
osi przestrzennych dotyczy wyłącznie „wymiarów obrazu”. To dwa najszybsze
różne (nie wektorowe) wymiary w pliku. Jeśli chcesz odwrócić obraz niebędący obrazem
wymiar, możesz przekonwertować go na wymiar obrazu za pomocą -przyciemnić ciemne imię= -1 (
-1 oznacza, że ​​tak naprawdę nie zmieniaj rozmiaru). Sprawdź przykłady.

-kierunek
Odwróć obrazy, aby uzyskać ujemną wartość kroku dla osi przestrzennych.

-jakikolwiek kierunek
Nie odwracaj obrazów wzdłuż osi przestrzennych (domyślnie).

+xkierunek
Odwróć obrazy, aby uzyskać dodatnią wartość xspace:step (od lewej do prawej).

-xkierunek
Odwróć obrazy, aby uzyskać ujemną wartość xspace:step (od prawej do lewej).

-xdowolnykierunek
Nie odwracaj obrazów wzdłuż osi X.

+kierunek y
Odwróć obrazy, aby uzyskać dodatnią wartość yspace:step (od tyłu do przodu).

-ykierunek
Odwróć obrazy, aby uzyskać ujemną wartość yspace:step (od przodu do tyłu).

-w dowolnym kierunku
Nie odwracaj obrazów wzdłuż osi Y.

+zkierunek
Odwróć obrazy, aby uzyskać dodatnią wartość zspace:step (niższa do wyższej).

-zkierunek
Odwróć obrazy, aby uzyskać ujemną wartość zspace:step (wyższa do gorszej).

-zanykierunek
Nie odwracaj obrazów wzdłuż osi Z.

-zachowaj ostrożność
Zachowaj proporcje podczas zmiany rozmiaru obrazów. Oznacza to, że woksele są replikowane
(lub uśrednione) tę samą liczbę razy wzdłuż każdego wymiaru obrazu.

-nokeeaspect
Nie wymuszaj zachowania proporcji podczas zmiany rozmiaru obrazów (domyślnie).

-rozmiar obrazu rozmiar
Określ żądany rozmiar obrazu (używany, jeśli -rozmiar wiersza or -Colsize Nie podarowany).

-rozmiar wiersza rozmiar
Określ żądaną liczbę wierszy obrazu.

-Colsize rozmiar
Określ żądaną liczbę kolumn w obrazie.

-przyciemnić wymiar=rozmiar
Określ rozmiar nazwanego wymiaru (wymiar=rozmiar). Należy pamiętać, że tylko zmiana rozmiaru
dotyczy „wymiarów obrazu” - zwykle dwóch najszybciej zmieniających się (niewektorowych)
wymiary. Aby zmienić rozmiar wymiaru, należy użyć wszystkich najszybciej zmieniających się wymiarów aż do
nazwane wymiary są przekształcane w wymiary obrazu, na które następnie wpływa
opcje kierunku. Nazwa i rozmiar wymiaru muszą znajdować się w jednym wierszu poleceń
argument, więc jeśli używasz spacji (co jest w porządku), pamiętaj o użyciu cudzysłowów, aby je ukryć
ze skorupy.

Przekształcanie opcje:

-poprzeczny
Wypisz przekroje poprzeczne.

-strzałkowy
Wypisz przekroje strzałkowe.

-koronowy
Zapisz przekroje koronalne.

-zaciemnienie dim1,dim2,dim3, ...
Określ kolejność wymiarów, gdzie ciemny? to nazwy wymiarów. Możesz dać
mniej wymiarów niż istnieje w pliku: zakłada się, że zmieniają się najszybciej
wymiary w pliku wyjściowym (tzw -poprzeczny jest dokładnie równoważne -zaciemnienie
zspace, yspace, xspace). Ponownie, spacje są dozwolone pomiędzy nazwami, ale pamiętaj o tym
ukryj je przed powłoką za pomocą cudzysłowów.

-ściemniać przyciemniony=początek[,liczyć]
Określ zakres indeksów dolnych wymiaru przyciemniony. Jeśli liczyć brakuje lub
0, wówczas przyjmuje się, że oznacza to 1, ale usuń wymiar z pliku wyjściowego (a
liczba 1 zachowa wymiar o rozmiarze 1). Negatyw liczyć oznacza odwrócenie danych
wzdłuż tego wymiaru – w tym przypadku początek określa najwyższą współrzędną woksela
dla wymiaru (-ściemniać xspace=3,-3 daje odwróconą wersję
-ściemniać xspacja=1,3). Opcje -Początek i -liczyć zapewnić alternatywny sposób
podać te same informacje.

-Początek współrzędne0,współrzędne1,współrzędne2, ...

Określa początkowy narożnik hiperpłyty (współrzędne zaczynają się od najwolniej zmieniających się
wymiar do najszybszego). Jeśli podano mniej współrzędnych niż wymiary istnieją w
pliku, wówczas zakłada się, że mają one zastosowanie do najwolniej zmieniających się wymiarów i pliku
pozostałe współrzędne są ustawione na 0. Patrz -ściemniać po więcej szczegółów. Obydwa -Początek i
-liczyć podaj wektory odpowiadające wymiarom pliku wejściowego po obrazie
zastosowano opcje konwersji (ICV).

-liczyć size0,size1,size2, ...
Określa długości krawędzi hiperpłyty do odczytania (współrzędne zaczynają się od najwolniej zmieniających się
wymiar do najszybszego). Jeżeli podano mniej rozmiarów niż jest w pliku,
wówczas zakłada się, że odnoszą się one do najwolniej zmieniających się wymiarów i pozostałych
rozmiary są ustawione na pełny rozmiar wymiaru. Widzieć -ściemniać by uzyskać więcej szczegółów.
Obie -Początek i -liczyć podaj wektory odpowiadające wymiarom pliku wejściowego
zastosowano opcje konwersji obrazu (ICV).

brakujący dane opcje:

-Nie wypełniać
Użyj wartości zero dla punktów poza głośnością wejściową (domyślnie).

-napełnić Użyj wartości wypełnienia dla punktów spoza objętości wejściowej (minimalna możliwa wartość).

-wypełnijwartość wartość
Określ wartość wypełnienia dla punktów znajdujących się poza objętością wejściową (jest to wartość rzeczywista,
a nie wartość piksela).

Rodzajowy Opcje dla cała kolekcja polecenia:

-Pomoc Wydrukuj podsumowanie opcji wiersza poleceń i zakończ.

-wersja
Wydrukuj numer wersji programu i zakończ.

PRZYKŁADY:

Załóżmy, że mamy objętość o wymiarach zspace, yspace, xspace (to poprzeczna)
i rozmiary 128, 256, 256. Jeśli chcemy uzyskać z niego plasterek 40 (zachowując współrzędne
informacje dla wymiaru zspace), wówczas możemy użyć

mincreshape oryginalny.mnc nowy.mnc -dimrange zspace=40,1

Alternatywnie moglibyśmy skorzystać

mincreshape oryginał.mnc nowy.mnc -start 40,0,0 -liczba 1,256,256 XNUMX XNUMX

Lub po prostu

mincreshape oryginał.mnc nowy.mnc -start 40 -liczba 1 XNUMX XNUMX

Gdybyśmy chcieli pozbyć się wymiaru zspace, moglibyśmy użyć

mincreshape oryginalny.mnc nowy.mnc -dimrange zspace=40,0

Wyjmijmy blok ze środka i odwróćmy go wzdłuż xspace:

mincreshape oryginał.mnc nowy.mnc \
-start 40,10,240 -licz 1,200,-200

Ale po co się powstrzymywać? Wyjdźmy poza granice:

mincreshape oryginał.mnc nowy.mnc \
-start 40,-100,340 -licz 1,200,-200

Jeśli chcesz uzyskać objętość strzałkową, użyj tego:

mincreshape oryginał.mnc nowy.mnc -strzałkowy

Co powiesz na kilka bocznych głów - odwróć x i y. I przekonwertuj na bajt, aby zaoszczędzić miejsce podczas
jesteśmy przy tym:

mincreshape oryginał.mnc nowy.mnc -dimorder xspace,yspace -bajt

Lubisz przechowywać woluminy w kolejności x, y, z (to z zmienia się najszybciej! Znam kilka osób, które
Zrób to!)? Dobra.

mincreshape oryginał.mnc nowy.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

Ale jesteś minimalistą (i nie masz nic przeciwko ryzyku). Tutaj jest to samo (ale to
może przerwać dla innego pliku):

mincreshape oryginał.mnc nowy.mnc -dimorder zspace

Upewnijmy się, że wszystkie wymiary mają ujemny atrybut kroku (patrz opcja +kierunek
kilka szczegółów):

mincreshape oryginalny.mnc nowy.mnc -direction -dimsize zspace=-1

Korzystaj z mincreshape online, korzystając z usług onworks.net