minimapa - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

minimapa - szybkie mapowanie między długimi sekwencjami DNA

STRESZCZENIE

minimapa [-lSOV] [-k kmer] [-w wygranaRozmiar] [-I Rozmiar partii] [-d plik zrzutu] [-f ocThres] [-r
przepustowość łącza] [-m minUdostępnione] [-c MinCount] [-L minDopasuj] [-g maks.przerwa] [-T pyłThres] [-t
nWątki] [-x presetu] cel.fa zapytanie.fa > wyjście.paf

OPIS

Minimapa to narzędzie do efektywnego znajdowania wielu przybliżonych pozycji mapowania między dwoma
zestawy długich sekwencji, takie jak między odczytami a genomami referencyjnymi, między genomami i
między długimi, hałaśliwymi odczytami. Minimapa ma fazę indeksowania i mapowania. W indeksowaniu
faza, zbiera wszystkie minimalizatory dużej partii sekwencji docelowych w tablicy mieszającej; w
w fazie mapowania identyfikuje dobre klastry współliniowych trafień minimalizatora. Minimapa nie
nie generować szczegółowych dopasowań między sekwencją docelową a sekwencją zapytania. Tylko
podaje przybliżone współrzędne początkowe i końcowe tych skupień.

OPCJE

Indeksowanie Opcje
-k INT Minimalizator długości k-merów [15]

-w INT Rozmiar okna minimalizatora [2/3 długości k-merów]. Minimalizator to najmniejszy k-mer
w oknie kolejnych k-merów.

-I NUM Załaduj najwyżej NUM docelowe bazy do pamięci RAM w celu indeksowania [4G]. Jeśli jest ich więcej niż
NUM bazy w cel.fa, minimapa musi zostać przeczytana zapytanie.fa wiele razy, aby to zmapować
w stosunku do każdej partii sekwencji docelowych. NUM może kończyć się na k/K/m/M/g/G.

-d FILE Zrzuć indeks minimalizatora do FILE [bez zrzutu]

-l Wskaż, że cel.fa jest w rzeczywistości indeksem minimalizującym generowanym przez opcję -d, Nie
plik FASTA lub FASTQ.

Mapowanie Opcje
-f FLOAT Ignoruj ​​górę FLOAT ułamek najczęściej występujących minimalizatorów [0.001]

-r INT Przybliżona przepustowość dla początkowego grupowania trafień minimalizatora [500]. A minimalizator
hit jest minimalizatorem obecnym zarówno w sekwencji docelowej, jak i zapytania. A minimalizator
hit grupa to grupa potencjalnie współliniowych trafień minimalizujących między celem
i sekwencję zapytania.

-m FLOAT Połącz początkowe klastry trafień minimalizatora, jeśli FLOAT lub wyższy udział minimalizatorów
są wspólne dla klastrów [0.5]

-c INT Zachowaj klaster trafień minimalizatora, jeśli zawiera INT lub więcej trafień minimalizujących [4]

-L INT Odrzuć klaster trafień minimalizatora, jeśli po kolinearyzacji liczba dopasowań
podstawy jest poniżej INT [40]. Ta opcja głównie zmniejsza rozmiar wydruku. To ma
niewielki wpływ na szybkość i pamięć szczytową.

-g INT Podziel klaster trafień minimalizatora w przerwie INT-bp lub dłuższy, który nie zawiera
jakiekolwiek trafienia minimalizujące [10000]

-T INT Maskuj regiony w sekwencjach zapytania z progiem wyniku SDUST INT; 0 aby wyłączyć
[0]. SDUST to algorytm do identyfikacji podsekwencji o niskiej złożoności. Nie jest
domyślnie włączone. Jeśli preferowany jest SDUST, wartość między 20 a 25 to
Zalecana. Wyższy próg maskuje mniej sekwencji.

-S Wykonaj mapowanie typu „wszystko na wszystko”. W tym trybie, jeśli nazwa sekwencji zapytania to
leksykograficznie większa niż nazwa sekwencji docelowej, trafienia między nimi
zostanie stłumiony; jeśli nazwa sekwencji zapytania jest taka sama jak nazwa docelowa,
Trafienia minimalizatora ukośnego również zostaną stłumione.

-O Rzuć uderzenie minimalizujące, jeśli jest daleko od innych (EKSPERYMENTALNE). Ten
opcja jest przydatna do mapowania długich chromosomów z dwóch rozbieżnych gatunków.

-x STR Zmiana wielu ustawień na podstawie STR [nie ustawiony]. Zaleca się aplikować
ta opcja przed innymi opcjami, tak że następujące opcje mogą zastąpić
wiele ustawień zmodyfikowanych przez tę opcję.

ava10 tys dla mapowania odczytu PacBio lub Oxford Nanopore all-vs-all (-Sw5 -L100 -m0).

Wejście / wyjście Opcje
-t INT Liczba wątków [3]. Minimapa używa co najwyżej trzech wątków podczas zbierania
minimalizuje na sekwencjach docelowych i używa do INT+1 wątków podczas mapowania (
dodatkowy wątek jest przeznaczony dla operacji we/wy, które często są bezczynne i zajmują niewiele czasu procesora).

-V Wydrukuj numer wersji na standardowe wyjście

WYDAJNOŚĆ FORMAT

Minimapa wyprowadza pozycje mapowania w formacie Pairwise Mapping Format (PAF). PAF jest TAB-
rozdzielany format tekstu, w którym każda linia składa się z co najmniej 12 pól, jak opisano w
poniższa tabela:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Kołnierz │ Rodzaj Nieruchomości │ Opis │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ string │ Zapytanie o nazwę sekwencji │
│ 2 │ int │ Długość sekwencji zapytania │
│ 3 │ int │ Zapytanie o współrzędną początku (w oparciu o 0) │
│ 4 │ int │ Zapytanie o współrzędną końcową (oparte na 0) │
│ 5 │ znak │ `+', jeśli zapytanie i cel znajdują się na tej samej nitce; `-' jeśli jest przeciwne │
│ 6 │ ciąg │ Nazwa sekwencji docelowej │
│ 7 │ int │ Długość sekwencji docelowej │
│ 8 │ int │ Docelowa współrzędna początkowa na oryginalnej nici │
│ 9 │ int │ Docelowa współrzędna końca oryginalnej splotki │
│ 10 │ int │ Liczba pasujących zasad w odwzorowaniu │
│ 11 │ int │ Podstawy liczbowe, w tym luki, w odwzorowaniu │
│ 12 │ int │ Jakość mapowania (0-255 z 255 za brak) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

Gdy wyrównanie jest dostępne, kolumna 11 podaje całkowitą liczbę dopasowań sekwencji,
niedopasowania i luki w wyrównaniu; kolumna 10 podzielona przez kolumnę 11 daje wyrównanie
tożsamość. Ponieważ minimapa nie generuje szczegółowego wyrównania, te dwie kolumny są
przybliżony. PAF może opcjonalnie mieć dodatkowe pola we wpisanej parze klucz-wartość podobnej do SAM
format. Minimap zapisuje liczbę trafień minimalizatora w klastrze do tagu cm.

Korzystaj z minimapy online za pomocą usług onworks.net