mkdssp — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

mkdssp - Oblicz strukturę drugorzędową białek w pliku PDB

STRESZCZENIE

mkdssp [OPCJA] plik pdb [plik dssp]

OPIS

Połączenia mkdssp program został pierwotnie zaprojektowany przez Wolfganga Kabscha i Chrisa Sandera, aby
ujednolicić przypisanie struktury drugorzędowej. DSSP to baza danych o strukturze drugorzędowej
przypisania (i wiele więcej) dla wszystkich wpisów białek w Protein Data Bank (PDB) i
mkdssp to aplikacja, która oblicza wpisy DSSP na podstawie wpisów PDB. Proszę zanotować
że mkdssp robi nie przewidzieć struktura drugorzędowa.

OPCJE

Jeśli przywołasz mkdssp z tylko jednym parametrem, zostanie zinterpretowany jako plik PDB do
proces i dane wyjściowe zostaną wysłane na standardowe wyjście. Jeśli podano drugi parametr, jest to
interpretowane jako nazwa tworzonego pliku DSSP. Zarówno plik wejściowy, jak i plik wyjściowy
nazwy mogą mieć rozszerzenie .gz lub .bz2, co skutkuje poprawną kompresją.

-i, --Wejście filename
Nazwa pliku PDB sformatowany plik zawierający dane dotyczące struktury białka. Ten
plik może być plikiem skompresowanym przez gzip lub bzip2.

-o, --wyjście filename
Nazwa pliku DSSP plik do utworzenia. Jeśli nazwa pliku kończy się na .gz lub .bz2 a
tworzony jest skompresowany plik.

-v, --gadatliwy
Wypisz informacje diagnostyczne.

--wersja
Wydrukuj numer wersji i wyjdź.

-h, --help
Wydrukuj komunikat pomocy i wyjdź. Katalog zawierający skrypty parsera dla
pani.

TEORIA

Program DSSP działa poprzez obliczenie najbardziej prawdopodobnego podanego przypisania struktury drugorzędowej
struktura 3D białka. Czyni to, odczytując położenie atomów w a
białko (zapisy ATOM w pliku PDB), a następnie obliczenie energii wiązania H
między wszystkimi atomami. Najlepsze dwa wiązania H dla każdego atomu są następnie używane do określenia najbardziej
prawdopodobna klasa struktury drugorzędowej dla każdej reszty w białku.

Oznacza to, że musisz mieć pełną i prawidłową strukturę 3D, aby białko było w stanie
obliczyć strukturę drugorzędową. W DSSP nie ma magii, więc np. nie może odgadnąć
struktura drugorzędowa dla zmutowanego białka, dla którego nie masz struktury 3D.

DSSP FILE FORMAT

Część nagłówkowa każdego pliku DSSP jest samo wyjaśniająca, zawiera niektóre informacje
skopiowane z pliku PDB i podczas obliczania
struktura drugorzędowa.

Druga połowa pliku zawiera obliczoną informację o strukturze drugorzędowej per
pozostałość. Poniżej znajduje się krótkie wyjaśnienie dla każdej kolumny.

Kolumna Imię Opis
────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────────────────────
# Numer pozostałości liczony przez mkdssp
POZOSTAŁOŚĆ Numer pozostałości określony w pliku PDB
po którym następuje identyfikator łańcucha.

AA Jednoliterowy kod aminokwasu. Jeśli to
litera jest mała, oznacza to, że to jest
cysteina, która tworzy mostek siarkowy z
inny aminokwas w tej kolumnie o tym samym
mała litera.
STRUKTURA Jest to złożona kolumna zawierająca wiele pod
kolumny. Pierwsza kolumna zawiera literę
wskazanie struktury drugorzędowej przypisanej do
ta pozostałość. Prawidłowe wartości to:
Code Opis
H alfa helisa
Most B Beta
Pasmo E
Helisa G-3
Mam Helix-5
T Obrót
S zgięcie
Poniżej znajdują się trzy kolumny wskazujące na
każdy z trzech typów spiral (3, 4 i 5)
czy ta pozostałość jest kandydatem do formowania
ta spirala. A > znak wskazuje, że zaczyna się a
helisa, liczba wskazuje, że znajduje się w takim
helisa i < znak oznacza, że ​​kończy helisę.
Następna kolumna zawiera znak S, jeśli to
pozostałość jest możliwym zagięciem.
Następnie jest kolumna wskazująca na chiralność
i może to być zarówno pozytywne, jak i negatywne
(tzn. skręcanie alfa jest albo dodatnie, albo
negatywny).
Ostatnie dwie kolumny zawierają etykiety mostków beta.
Mała litera oznacza tutaj mostek równoległy, a zatem
duże litery oznaczają antyrównoległość.
BP1 i BP2 Pierwszy i drugi kandydat na parę mostów, to
następuje litera wskazująca arkusz.
ACC Dostępność tej pozostałości, to jest
powierzchnia wyrażona w kwadratach angstrom, które
może być dostępny przez cząsteczkę wody.
NH-->O..O-->HN Cztery kolumny, dają dla każdej reszty
Energia wiązania H z inną pozostałością, gdzie
obecna pozostałość jest albo akceptorem, albo dawcą.
Każda kolumna zawiera dwie liczby, pierwsza to
przesunięcie od bieżącej reszty do
reszta partnera w tym wiązaniu H (w DSSP
numeracja), druga liczba to obliczona
energia dla tego wiązania wodorowego.
TCO Cosinus kąta między C=O wartości
obecna pozostałość i C=O poprzedniej pozostałości. Do
alfa-helisy, całkowity koszt posiadania jest bliski +1, dla arkuszy beta
TCO jest bliski -1. Nie używany do struktury
definicja.
Kappa Wirtualny kąt wiązania (kąt zgięcia) zdefiniowany przez
trzy atomy C-alfa reszt obecnych
-2, prąd i prąd + 2. Służy do definiowania
zgięcie (kod konstrukcji „S”).
Kąty skręcania szkieletu peptydów PHI i PSI IUPAC.
X-CA, Y-CA i Z-CA Współrzędne C-alfa

HISTORIA

Oryginalna aplikacja DSSP została napisana przez Wolfganga Kabscha i Chrisa Sandera w Pascalu.
Ta wersja jest całkowicie przepisana w C++ w oparciu o oryginalny kod źródłowy. Kilka błędów
zostały naprawione od tego czasu, a algorytmy zostały poprawione tu i tam.

WSZYSTKO

Kod rozpaczliwie potrzebuje aktualizacji. Pierwszą rzeczą, którą należy wdrożyć, jest
ulepszone rozpoznawanie pi-helis. Drugim ulepszeniem byłoby użycie zależnego od kąta
Obliczanie energii wiązania H.

Korzystaj z mkdssp online, korzystając z usług onworks.net