plink1.9 - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

PLINK - analiza SNP całego genomu

OPIS

PLINK v1.90b3.31 64-bitowy (3 lutego 2016) https://www.cog-genomics.org/plink2 (C)
2005-2016 Shaun Purcell, Christopher Chang Powszechna Licencja Publiczna GNU v3

W poniższych definicjach flag wiersza poleceń:

* [nawiasy kwadratowe] oznaczają wymagany parametr, gdzie tekst pomiędzy znakami

nawiasy opisują jego naturę.

* oznaczają opcjonalny modyfikator (lub jeśli występuje '|', zestaw

wzajemnie wykluczających się modyfikatorów opcjonalnych).
Użyj DOKŁADNEGO tekstu w

definicja, np. '--dummy acct'.

* Jest jeden wyjątek od nawiasów kątowych/zasady dokładnego tekstu: kiedy kąt

termin w nawiasie kończy się na '=[wartość]', '[wartość]' oznacza parametr zmiennej.

* {nawiasy klamrowe} oznaczają parametr opcjonalny, w którym tekst między znakami

nawiasy klamrowe opisują jego naturę.

* Wielokropek (...) oznacza, że ​​możesz wprowadzić wiele parametrów

określony typ.

plink [flagi wejściowe...] {flagi poleceń...} {inne flagi...} plink --help {flaga
nazwy)...}

Większość przebiegów PLINK wymaga dokładnie jednego głównego zestawu plików wejściowych. Dostępne są następujące flagi
do określenia jego formy i lokalizacji:

--bplik {prefiks} : Określ prefiks .bed + .bim + .fam (domyślny 'plink').

--łóżko [nazwa pliku] : Określ pełną nazwę pliku .bed.

--bim [nazwa pliku] : Określ pełną nazwę pliku .bim.

--rodzina [nazwa pliku] : Określ pełną nazwę pliku .fam.

--keep-autokonw
: Z --plik/--tfile/--lfile/--vcf/--bcf/--data/--23file, nie usuwaj
automatycznie wygenerowany zestaw plików binarnych na koniec uruchomienia.

--plik {prefiks}
: Określ prefiks nazwy pliku .ped + .map (domyślnie „plink”).

--peda [nazwa pliku] : Określ pełną nazwę pliku .ped.

--mapa [nazwa pliku] : Określ pełną nazwę pliku .map.

--nie-fid
: plik .fam/.ped nie zawiera kolumny 1 (identyfikator rodziny).

--brak-rodziców
: plik .fam/.ped nie zawiera kolumn 3-4 (rodzice).

--bez seksu
: plik .fam/.ped nie zawiera kolumny 5 (płeć).

--no-feno
: plik .fam/.ped nie zawiera kolumny 6 (fenotyp).

--tplik {prefiks} : Określ prefiks nazwy pliku .tped + .tfam (domyślnie „plink”).

--tped [nazwisko]
: Określ pełną nazwę pliku .tped.

--tfam [nazwisko]
: Określ pełną nazwę pliku .tfam.

--lplik {prefix} : Określ prefiks .lgen + .map + .fam (zestaw plików o długim formacie).

--lgen [nazwisko]
: Określ pełną nazwę pliku .lgen.

--referencja [fn] : Określ domyślny plik alleli towarzyszący wejściu .lgen.

--allele-liczba
: Używany z --lplik/--lgen + --referencja, określa, że ​​plik .lgen
zawiera referencyjne liczby alleli.

--vcf [nazwa pliku] : Określ pełną nazwę pliku .vcf lub .vcf.gz.

--bcf [nazwa pliku] : Określ pełną nazwę pliku BCF2.

--dane {prefiks}
: Określ prefiks Oxford .gen + .sample (domyślnie „plink”).

-- gen [nazwa pliku] : Określ pełną nazwę pliku .gen lub .gen.gz.

--bgen [F] : Określ pełną nazwę pliku .bgen.

--próbka [fname] : Określ pełną nazwę pliku .sample.

--23plik [fname] {FID} {IID} {płeć} {feno} {pat. ID} {mat. ID} :

Określ plik wejściowy 23andMe.

--grm-gz {prfx}
: Określ prefiks .grm.gz + .grm.id (GCTA rel. matrix).

--grm-bin {prfx} : Określ .grm.bin + .grm.N.bin + .grm.id (trójkątny GCTA
macierz relacji binarnych) przedrostek nazwy pliku.

--atrapa [próbka ct] [SNP ct] {brak częst. gen.} {brak częst. fen.}



Generuje to fałszywy zestaw danych wejściowych z określoną liczbą próbek i SNP.
Domyślnie brakujące częstości genotypu i fenotypu wynoszą zero, a genotypy
są As i Bs (zmień to ostatnie za pomocą 'acgt'/'1234'/'12'). „Skalar-feno”
modyfikator powoduje wygenerowanie fenotypu skalarnego o rozkładzie normalnym zamiast
binarny.

--symulować [plik parametrów symulacji]

--symuluj-qt [plik parametrów symulacji]

--symulować generuje fałszywy zestaw danych wejściowych z SNP związanymi z chorobą,

jednocześnie --symuluj-qt generuje zestaw danych z loci cech ilościowych.

Pliki wyjściowe mają domyślnie nazwy postaci „plink.{rozszerzenie}”. Możesz zmienić
„plink” przedrostek z

--na zewnątrz [prefiks]
: Określ prefiks dla plików wyjściowych.

Większość przebiegów wymaga również co najmniej jednego z następujących poleceń:

--pościelić łóżko

Utwórz nowy zestaw plików binarnych.
W przeciwieństwie do automatycznego zamiany tekstu na binarny

konwertery (które uwzględniają tylko filtry chromosomów), obsługuje to wszystkie PLINK
flagi filtrujące.

--utwórz-tylko-bim

--make-po prostu-fam

Warianty --pościelić łóżko które zapisują tylko nowy plik .bim lub .fam.
Może być

używane tylko z wejściem .bim/.fam. UŻYWAJ NICH OSTROŻNIE. Bardzo łatwo jest
zdesynchronizuj dane genotypu binarnego i indeksy .bim/.fam, jeśli ich używasz
polecenia niewłaściwie. Jeśli masz jakiekolwiek wątpliwości, trzymaj się --pościelić łóżko.

--przekoduj <01 | 12> <23 | A{-transpozycja} | AD | beagle{-nomap} | bimbam{-1chr}

| złożone-genotypy | szybka faza{-1chr} | HV{-1chr} | lgen{-ref} | lista | Oksford |
rlista | struktura | transpozycja | vcf | vcf-fid | vcf-iid>
| gen-gz>

Utwórz nowy zestaw plików tekstowych z zastosowanymi wszystkimi filtrami.
Domyślnie

zestaw plików składa się z plików .ped i .map, które można odczytać za pomocą --plik. * „12”
modyfikator powoduje, że allele A1 (zwykle mniejsze) są kodowane jako '1'

a allele A2 mają być zakodowane jako „2”, podczas gdy „01” odwzorowuje A1 -> 0 i A2 -> 1.

* Modyfikator '23' powoduje wygenerowanie pliku w formacie 23andMe.
Niniejsze

może być użyty tylko na danych pojedynczej próbki (--trzymać może się przydać).

* Modyfikator „AD” powoduje, że próbka-główny dodatek (0/1/2) + dominujący

(het = 1, w przeciwnym razie 0) plik komponentu, odpowiedni do wczytania z R, to be
wygenerowane. Jeśli nie chcesz dominującego składnika, użyj zamiast tego „A”. Jeśli potrzebujesz
niezliczone allele, które mają być nazwane w wierszu nagłówka, dodaj modyfikator 'include-alt'.

* Modyfikator „A-transpose” powoduje powstanie pliku głównego dodatku z wariantem

do wygenerowania.

* Modyfikator 'beagle' powoduje niefazowane pliki .dat i .map dla autosomów,

odczytywalny przez wczesne wersje BEAGLE, do wygenerowania, podczas gdy generuje 'beagle-nomap'
pojedynczy plik .beagle.dat.

* Modyfikator 'bimbam' powoduje wygenerowanie zestawu plików w formacie BIMBAM.

Jeśli twoje dane wejściowe zawierają tylko jeden chromosom, możesz zamiast tego użyć „bimbam-1chr”
aby napisać dwukolumnowy plik .pos.txt.

* Modyfikator „złożone genotypy” usuwa spację między parami

kody alleli dla tego samego wariantu podczas generowania zestawu plików .ped + .map.

* Modyfikator „fastphase” powoduje, że pliki fastPHASE dla poszczególnych chromosomów są

wygenerowane.
Jeśli twoje dane wejściowe zawierają tylko jeden chromosom, możesz użyć

'fastphase-1chr' zamiast tego, aby wykluczyć numer chromosomu z rozszerzenia pliku.

* Modyfikator „HV” powoduje, że zestaw plików .ped + .info w formacie Haploview jest

generowane na chromosom.
„HV-1chr” jest analogiczny do „fastphase-1chr”.

* Modyfikator 'lgen' powoduje długi zestaw plików (ładowalny za pomocą --lplik)

do wygenerowania, podczas gdy 'lgen-ref' generuje (zwykle) mniejszy zestaw plików o długim formacie
ładowalny za pomocą --lplik + --referencja.

* Modyfikator 'list' tworzy listę opartą na genotypie, podczas gdy 'rlist' tworzy

zestaw plików rzadkiego genotypu.
W tych formatach „pomiń-niemale-y”

modyfikator powoduje pominięcie niemęskich genotypów na chromosomie Y.

* „oxford” powoduje wygenerowanie zestawu plików .gen + .sample w formacie Oxford.

Jeśli dodasz również modyfikator „gen-gz”, plik .gen zostanie spakowany gzipem.

* Modyfikator 'structure' powoduje wygenerowanie pliku w formacie Structure. *
'transpose' tworzy transponowany zestaw plików tekstowych (ładowalny za pomocą --tplik). * 'vcf',
„vcf-fid” i „vcf-iid” powodują utworzenie pliku VCFv4.2.

„vcf-fid” i „vcf-iid” powodują, że identyfikatory rodzinne lub identyfikatory wewnątrzrodzinne są odpowiednio
używane dla identyfikatorów próbek w ostatnim wierszu nagłówka, podczas gdy „vcf” łączy oba identyfikatory i
umieszcza między nimi podkreślenie. Jeśli zostanie dodany modyfikator „bgz”, plik VCF jest
blokowy gzip. Allel A2 jest zapisywany jako odniesienie i zwykle oznaczany jako nie
na podstawie rzeczywistego genomu referencyjnego (wartość pola „PR” INFO). Kiedy jest to ważne dla
allele odniesienia, aby były poprawne, również będziesz chciał uwzględnić --a2-allel oraz
--real-ref-allele w twoim rozkazie.

* Modyfikator 'tab' sprawia, że ​​dane wyjściowe są w większości rozdzielane tabulatorami zamiast

w większości rozdzielane spacjami.
„tabx” i „spacex” wymuszają wszystkie tabulatory i wszystko

odpowiednio spacje.

--flip-skanuj

(Alias: --flipcan) Skanowanie w oparciu o LD pod kątem niezgodności przypadku/pasma kontrolnego.

--zapisz-covar

Jeśli --kowar plik jest załadowany, --pościelić łóżko/--make-just-fam i --przekoduj automatycznie
wygeneruj zaktualizowaną wersję (z zastosowanymi wszystkimi filtrami). Jeśli jednak tego nie zrobisz
chcesz jednocześnie wygenerować nowy plik genotypu, możesz użyć --zapisz-covar do
po prostu utwórz przycięty plik współzmiennej.

--zapis-klaster

Jeśli klastry są określone za pomocą --w ciągu/--rodzina, to generuje nowy plik klastra
(ze wszystkimi zastosowanymi filtrami). Modyfikator „pomiń-nieprzypisane” powoduje rozklastrowanie
próbki, które należy pominąć w pliku; w przeciwnym razie ich klaster to „NA”.

--zestaw-zapisu

--zestaw-tabeli

Jeśli zostały zdefiniowane zestawy, --zestaw-zapisu zrzuca listy członków zestawu zakończone 'END'
do {prefiks wyjściowy}.set, while --zestaw-tabeli zapisuje tabelę członkowską wariant po zestawie
do {prefiks wyjściowy}.set.table.

--łączyć [nazwa pliku .ped] [nazwa pliku .map]

--łączyć [przedrostek zestawu plików tekstowych]

--scal [nazwa pliku .bed] [nazwa pliku .bim] [nazwa pliku .fam]

--scal [przedrostek binarnego zestawu plików]

Scal podany zestaw plików z początkowo załadowanym zestawem plików, zapisując wynik do
{prefiks wyjściowy}.bed + .bim + .fam. (Nie ma już potrzeby jednoczesnego
sprecyzować --pościelić łóżko.)

--scal-listę [Nazwa pliku]

Połącz wszystkie zestawy plików nazwane w pliku tekstowym z zestawem plików odniesienia, jeśli taki był
określony. (Może być to jednak również *bez* odniesienia; w takim przypadku
nowo utworzony zestaw plików jest następnie traktowany jako odniesienie przez większość innych PLINK
operacji.) Plik tekstowy jest interpretowany w następujący sposób: * Jeśli wiersz zawiera tylko
jedną nazwę, zakłada się, że jest przedrostkiem dla a

binarny zestaw plików.

* Jeśli wiersz zawiera dokładnie dwie nazwy, przyjmuje się, że są one pełne

nazwy plików dla zestawu plików tekstowych (najpierw .ped, potem .map).

* Jeśli wiersz zawiera dokładnie trzy nazwy, przyjmuje się, że są one pełne

nazwy plików dla binarnego zestawu plików (.bed, następnie .bim, potem .fam).

--napisz-snplist

--lista-23-indele

--napisz-snplist zapisuje plik .snplist z listą nazw wszystkich wariantów

które spełniają określone przez Ciebie filtry i progi włączenia, podczas gdy
--lista-23-indele zapisuje podzbiór za pomocą wywołań indel w stylu 23andMe (allel D/I
kody).

--lista-duplikatów-zmiennych

--lista-duplikatów-zmiennych zapisuje plik .dupvar opisujący wszystkie grupy

warianty z pasującymi pozycjami i kodami alleli. * Domyślnie allel A1/A2
przypisania są ignorowane; użyj „wymagaj tego samego-odniesienia”

by to obejść.

* Zwykle raport zawiera kody pozycji i alleli.
Aby je usunąć

(i stwórz plik bezpośrednio nadający się do użycia z np --wyciąg/--wyklucz), użyj „tylko identyfikatory”.
Pamiętaj, że to polecenie nie powiedzie się w trybie „tylko identyfikatory”, jeśli którykolwiek ze zgłoszonych identyfikatorów jest
nieunikalny.

* 'uppress-first' powoduje pominięcie pierwszego identyfikatora wariantu w każdej grupie

z raportu.

--częst

--częst.x

--częst generuje podstawową częstotliwość alleli (lub liczbę, jeśli „liczy”

modyfikator jest obecny) raport.
Można to łączyć z --w ciągu/--rodzina

aby zamiast tego stworzyć raport częstości/liczby alleli z podziałem na klastry, lub
modyfikator 'case-control' do oddzielnego raportowania przypadków i kontroli częstotliwości alleli.
--częst.x generuje bardziej szczegółowy raport o liczbie genotypów, przeznaczony do użytku z
--odczyt-częst..

--zaginiony

Generuj raporty o brakujących danych na podstawie próbek i wariantów.
Jeśli klastry są

zdefiniowane, raport oparty na wariantach jest warstwowy.
'gz' powoduje

pliki wyjściowe do spakowania gzipem.

--test-wpadek

Sprawdź związek między brakującymi połączeniami a flankującymi haplotypami.

--wytrzymały

Wygeneruj dokładny raport z testu Hardy-Weinberg o wartości p.
(To NIE

jednocześnie filtrować więcej według wartości p; posługiwać się --hwe za to.)
Wraz z

modyfikator „midp”, test stosuje korektę mid-p opisaną w Graffelman
J, Moreno V (2013) Średnia wartość p w dokładnych testach dla równowagi Hardy'ego-Weinberga.

--Mendel

Wygeneruj raport o błędach Mendla.
Modyfikator „tylko podsumowania” powoduje, że

plik .mendel (wymieniający każdy błąd) do pominięcia.

-- het

--ibc

Oszacuj współczynniki inbredu.
-- het raporty metoda-momentów

szacunki, podczas gdy --ibc oblicza wszystkie trzy wartości opisane w Yang J, Lee SH,
Goddard ME i Visscher PM (2011) GCTA: narzędzie dla złożonej cechy obejmującej cały genom
Analiza. (Ten artykuł opisuje również obliczenie macierzy zależności my
ponowne zaimplementowanie.) * Te funkcje wymagają przyzwoitych szacunków MAF. Jeśli są bardzo
kilka

próbki w Twoim bezpośrednim zestawie plików, --odczyt-częst. jest praktycznie obowiązkowa, ponieważ
przypisane MAF są w tym przypadku szalenie niedokładne.

* Zakładają również, że zestaw markerów znajduje się w przybliżonej równowadze sprzężeń. * Za pomocą
domyślna, -- het pomija mnożnik n/(n-1) w oczekiwanym Nei

wzór homozygotyczności.
Modyfikator „mała próbka” powoduje, że jest

w zestawie, podczas forsowania -- het używać MAF przypisywanych założycielom w najbliższym czasie
zestaw danych.

--sprawdź seks {kobieta max F} {mężczyzna min F}

--sprawdź seks ycount {female max F} {mężczyzna min F} {female max Y obs}
{mężczyzna min Y obs}

--sprawdź seks tylko y {kobieta max Y obs} {mężczyzna min Y obs}

--przypisany seks {kobieta max F} {mężczyzna min F}

--przypisany seks ycount {female max F} {mężczyzna min F} {female max Y obs}
{mężczyzna min Y obs}

--przypisany seks tylko y {kobieta max Y obs} {mężczyzna min Y obs}

--sprawdź seks normalnie porównuje przypisania płci w wejściowym zbiorze danych z

te przypisane ze współczynników chowu wsobnego chromosomu X. * Upewnij się, że X
region pseudoautosomalny chromosomu został podzielony

wyłączony (z eg --split-x) przed użyciem.

* Potrzebujesz również przyzwoitych szacunków MAF (a więc z bardzo małą liczbą próbek w twoim

natychmiastowy zestaw plików, użyj --odczyt-częst.), a zestaw znaczników powinien być przybliżony
równowaga sprzężeń.

* Domyślnie szacunkowe F mniejsze niż 0.2 dają połączenia kobiet i wartości

większe niż 0.8 dają męskie zawołania.
Jeśli przekażesz parametry numeryczne do

--sprawdź seks, pierwsze dwa kontrolują te progi.

Istnieją teraz dwa tryby, które uwzględniają dane dotyczące chromosomu Y. * W trybie „ycount”,
płeć jest nadal przypisywana z chromosomu X, ale

rozmowy żeńskie są obniżane do niejednoznacznych, gdy więcej niż 0 nie brakuje Y
genotypy są obecne, a męskie zawołania są obniżane, gdy występuje mniej niż 0.
(Zauważ, że są to liczby, a nie stawki). Te progi można kontrolować za pomocą
--sprawdź seks Opcjonalne parametry numeryczne 3. i 4. ycounta.

* W trybie „tylko Y” płeć jest przypisywana na podstawie liczby genotypów Y bez braków danych.

W tym przypadku minimalny próg dla mężczyzn ma wartość domyślną 1 zamiast zera.

--przypisany seks zmienia przypisania płci do wartości przypisanych i jest

poza tym identyczne z --sprawdź seks.
Musi być używany z

--pościelić łóżko/--przekoduj/--zapisz-covar.

--pierwszy

(Alias: --Pst) Oszacuj Fst Wrighta dla każdego autosomalnego wariantu diploidalnego za pomocą
metoda wprowadzona w Weir BS, Cockerham CC (1984) Estimating F-statistics for the
analiza struktury populacji, biorąc pod uwagę zbiór subpopulacji zdefiniowany poprzez
--w ciągu. Raportowane są również surowe i ważone średnie globalne. * Jeśli jesteś zainteresowany
w ujęciu globalnym zwykle najlepiej jest wykonać

to obliczenie na markerze ustawionym w przybliżonej równowadze sprzężeń.

* Jeśli masz tylko dwie subpopulacje, możesz je reprezentować za pomocą

stan case/control i użyj modyfikatora 'case-control'.

--niezależna [rozmiar okna] [wielkość kroku (wariant ct)] [Próg VIF]

--indep-parami [rozmiar okna] [wielkość kroku (wariant ct)] [próg r^2]

--faza niezależnych par [rozmiar okna] [wielkość kroku (wariant ct)] [próg r^2]

Wygeneruj listę markerów w przybliżonej równowadze sprzężeń.
Z

modyfikator 'kb', rozmiar okna jest wyrażony w kilobazie, a nie w jednostkach licznika wariantów.
(Spacja przed-'kb' jest opcjonalna, tj. '--indep-pairwise 500 kb 5 0.5' i
„--indep-pairwise 500kb 5 0.5” ma ten sam efekt.) Pamiętaj, że musisz ponownie uruchomić
PLINK za pomocą --wyciąg or --wykluczać w pliku .prune.in/.prune.out, aby zastosować
lista do innego obliczenia.

--R



--r2



Raporty statystyczne LD.
--R daje surowe korelacje międzywariantowe, podczas gdy

--r2 zgłasza ich kwadraty.
Możesz poprosić o wyniki dla wszystkich par w

format macierzy (jeśli określisz 'bin' lub jeden z modyfikatorów kształtu), wszystkie pary w
format tabeli ('inter-chr') lub ograniczone okno w formacie tabeli (domyślnie). * Ten
Modyfikator 'gz' powoduje, że wyjściowy plik tekstowy jest spakowany gzipem. * 'bin' powoduje wyjście
macierz do zapisania w postaci binarnej o podwójnej precyzji

format, podczas gdy „bin4” określa binarny o pojedynczej precyzji.
Macierz jest

kwadrat, jeśli nie określono wyraźnie żadnego kształtu.

* Domyślnie macierze tekstowe są rozdzielane tabulatorami; "spacje" to przełączają. *
„w fazie” dodaje kolumnę z parami alleli w fazie do sformatowanej tabeli

raporty.
(Nie można tego użyć z bardzo długimi kodami alleli.)

* 'dprime' dodaje statystykę D-prime Lewontina do raportów w formacie tabelarycznym,

i wymusza, aby zarówno r/r^2 jak i D-prim były oparte na rozwiązaniu o największej prawdopodobieństwie do
równanie sześcienne omówione w Gaunt T, Rodriguez S, Dzień I (2007) Dokładność sześcienna
rozwiązania do estymacji częstości haplotypów parami.

* 'with-freqs' dodaje kolumny MAF do raportów w formacie tabeli. * Ponieważ wynikowy
plik może być bardzo duży, musisz dodać

modyfikator „tak-naprawdę” podczas żądania niefiltrowanych, nierozproszonych wszystkich par
obliczenia na ponad 400k wariantów.

* Te obliczenia można podzielić za pomocą --równoległy (nawet gdy

modyfikator „kwadrat” jest aktywny).

--ld [identyfikator wariantu] [identyfikator wariantu]

Wyświetla to częstotliwości haplotypów, r^2 i D' dla pojedynczej pary wariantów.
Gdy istnieje wiele biologicznie możliwych rozwiązań częstotliwości haplotypów
równanie sześcienne, wszystkie są wyświetlane (zamiast tylko rozwiązania o największej prawdopodobieństwie)
zidentyfikowane przez --R/--r2), wraz z dokładnymi statystykami testów HWE.

--Pokaż tagi [Nazwa pliku]

--Pokaż tagi cała kolekcja

* Jeśli określono plik, wymień wszystkie warianty, które oznaczają co najmniej jeden wariant

nazwany w pliku.
(Zwykle będzie to nadzbiór oryginału)

listy, ponieważ uważa się, że wariant oznacza się tutaj).

* Jeśli określono tryb „wszystkie”, dla każdego wariantu każdy *inny* wariant, który

tagi, które są zgłaszane.

--Bloki

Oszacuj bloki haplotypów, poprzez interpretację definicji bloku przez Haploview
zaproponowane przez Gabriela S i in. (2002) Struktura bloków haplotypowych u człowieka
Genom. * Zwykle próbki z brakującymi fenotypami nie są przez to brane pod uwagę

obliczenie; modyfikator „no-pheno-req” znosi to ograniczenie.

* Zwykle bloki w rozmiarze 2 nie mogą obejmować więcej niż 20 kb, a bloki w rozmiarze 3

są ograniczone do 30kb.
Modyfikator „no-small-max-span” usuwa je

ograniczenia.

Plik .blocks jest prawidłowym wejściem dla PLINK 1.07 --hap dowództwo.
Jednakże,

dotychczasowy --hap... rodzina flag nie została ponownie zaimplementowana w PLINK 1.9 ze względu na słabe
dokładność faz w stosunku do innego oprogramowania; na razie zalecamy używanie BEAGLE
zamiast PLINK do analizy asocjacji przypadku/kontroli haplotypów. (Możesz użyć
'--recode beagle', aby wyeksportować dane do BEAGLE 3.3.) Przepraszamy za
niedogodności i planujemy opracowanie wariantów --hap... flagi z obsługą
dane wstępne.

--dystans <0-ibs>



Napisz dolną trójkątną tabelę (ważoną) odległości genomowych oddzielonych tabulatorami w
jednostki zliczania alleli do {prefiks wyjściowy}.dist i lista odpowiednich próbek
Identyfikatory do {prefiks wyjściowy}.dist.id. Pierwszy wiersz pliku .dist zawiera pojedynczy
Odległość {genome 1-genome 2}, drugi rząd ma {genome 1-genome 3} i
{genome 2-genome 3} odległości w tej kolejności itp. * Zwykle najlepiej wykonać
to obliczenie na markerze ustawionym w

przybliżona równowaga sprzężeń.

* Jeśli modyfikator „kwadrat” lub „kwadrat0” jest obecny, macierz kwadratowa to

zamiast tego napisane; „kwadrat0” wypełnia prawy górny trójkąt zerami.

* Jeśli modyfikator 'gz' jest obecny, zapisywany jest skompresowany plik .dist.gz

zamiast zwykłego pliku tekstowego.

* Jeśli modyfikator 'bin' jest obecny, macierz binarna (kwadratowa)

zamiast tego są wartości zmiennoprzecinkowe o podwójnej precyzji, odpowiednie do ładowania z R
zapisany do {prefiks wyjściowy}.dist.bin. ('bin4' określa liczby o pojedynczej precyzji
zamiast tego.) Można to połączyć z „kwadratem0”, jeśli nadal chcesz mieć prawy górny róg
wyzerowany lub „trójkąt”, jeśli nie chcesz w ogóle wypełniać prawego górnego rogu.

* Jeśli modyfikator „ibs” jest obecny, zapisywana jest macierz tożsamości według stanu

do {prefiks wyjściowy}.mibs.
„1-ibs” powoduje odległości wyrażone jako genomowe

proporcje (tj. 1 - IBS) do zapisania w {prefiks wyjściowy}.mdist. Łączą się z
'allele-ct', jeśli chcesz wygenerować również zwykły plik .dist.

* Domyślnie przeskalowanie odległości w przypadku braku połączeń genotypowych

jest wrażliwy na rozkłady liczby alleli: jeśli wariant A ma udział, średnio,
dwa razy więcej do innych odległości parami niż wariant B, brakujące połączenie w wariancie A
spowoduje dwa razy większą korektę braków. Aby to wyłączyć
(ponieważ np. twoje brakujące połączenia są wysoce nielosowe), użyj „płaskich braków”
modyfikator.

* Obliczenia można podzielić za pomocą --równoległy.

--matryca odległości

--ibs-macierz

Te przestarzałe polecenia są równoważne z „--odległość 1-ibs z płaskim brakiem kwadratu”
i '--odległość ibs z płaskim brakiem kwadratu', z tą różnicą, że generują
spacją zamiast macierzy tekstowych rozdzielanych tabulatorami.

--make-rel



Zapisz zrealizowaną macierz relacji ze standaryzowaną wariancją niższego trójkąta, aby
{prefiks wyjściowy}.rel i odpowiadające mu identyfikatory do {prefiksu wyjściowego}.rel.id. * To jest
zwykle najlepiej wykonać te obliczenia na znaczniku ustawionym w

przybliżona równowaga sprzężeń.

* 'square', 'square0', 'triangle', 'gz', 'bin' i 'bin4' zachowują się tak, jak robią

on --dystans.

* Modyfikator „cov” usuwa etap standaryzacji wariancji, powodując a

Zamiast tego należy obliczyć macierz kowariancji.

* Domyślnie elementy diagonalne w macierzy relacji oparte są na

--ibc's Fhat1; użyj modyfikatorów „ibc2” lub „ibc3”, aby oprzeć je na Fhat2

lub zamiast tego Fhat3.

* Obliczenia można podzielić za pomocą --równoległy.

--make-grm-gz

--make-grm-bin

--make-grm-gz zapisuje relacje na oryginalnej liście spakowanej gzipem GCTA

format, który opisuje jedną parę na linię, podczas gdy --make-grm-bin zapisuje je w GCTA
Trójkątny format binarny o pojedynczej precyzji 1.1+. Zwróć uwagę, że te formaty
wyraźnie podać liczbę ważnych obserwacji (gdzie żadna próbka nie ma
brakujące połączenie) dla każdej pary, co jest przydatne w przypadku niektórych skryptów. Te
obliczenia można podzielić za pomocą --równoległy.

--rel-odcięcie {wartość}

(Alias: --grm-odcięcie) Wyklucz jednego członka z każdej pary próbek z pokrewieństwem
większa niż podana wartość odcięcia (domyślnie 0.025). Jeśli żadna późniejsza operacja nie spowoduje
spowodować zapisanie na dysku listy pozostałych sampli, spowoduje to zapisanie jej do
{prefiks wyjściowy}.rel.id. Zauważ, że maksymalizacja pozostałej wielkości próbki to
równoważny problemowi NP-trudnemu maksymalnemu niezależnemu zbiorowi, więc używamy zachłannego
algorytm zamiast gwarantowania optymalności. (Użyj --make-rel oraz
--trzymać/--usuń flagi, jeśli chcesz spróbować zrobić lepiej.)

--test-ibs {liczba permutacji}

--rozkładgrup {it.} {d}

Biorąc pod uwagę dane dotyczące fenotypu przypadku/kontroli, polecenia te uwzględniają trzy podzbiory
macierz odległości: pary próbek, których dotyczy problem, pary dotkniętych-nienaruszonych oraz pary
próbki bez zmian. Każdy z tych podzbiorów ma rozkład par genomicznych
odległości; --test-ibs używa permutacji do oszacowania wartości p w odniesieniu do jakich typów
pary są najbardziej podobne, natomiast --rozkładgrup skupia się na różnicach między
centra tych rozkładów i szacuje błędy standardowe poprzez delete-d
scyzoryk.

--regres-odległość {it.} {d}

Regresja liniowa par odległości genomowych na parach średnich fenotypów i
na odwrót, używając scyzoryka delete-d dla standardowych błędów. Fenotyp skalarny to
wymagany. * Przy mniej niż dwóch parametrach d jest ustawione na {liczba osób}^0.6
zaokrąglone

w dół.
Bez parametrów uruchamianych jest 100 tys. iteracji.

--regres-rel {it.} {d}

Regresja liniowa parami relacji genomowych na parach średnich fenotypów,
i wzajemnie. Wartości domyślne dla iters i d są takie same jak dla --regres-odległość.

--genom

Wygeneruj raport tożsamości po pochodzeniu. * Zwykle najlepiej to zrobić
obliczenia na markerze ustawionym w

przybliżona równowaga sprzężeń.

* Modyfikator „rel-check” wyklucza pary próbek z różnymi FID

z raportu końcowego.

* „pełny” dodaje do raportu surowe dane porównania parami. * P(IBD=0/1/2)
estymator używany przez to polecenie czasami daje

liczby spoza zakresu [0,1]; domyślnie są one obcinane.


modyfikator „unbounded” wyłącza to przycinanie.

* Następnie, gdy PI_HAT^2 < P(IBD=2), 'nudge' dostosowuje końcowe P(IBD=0/1/2)

szacunki do teoretycznie możliwej konfiguracji.

* Obliczenia można podzielić za pomocą --równoległy.

--homozyg



--homozyg-snp [min. liczba var]

--homozyg-kb [minimalna długość]

--homozyg-gęstość [maksymalna odwrotna gęstość (kb/var)]

--homozyg-przerwa [maksymalna długość przerwy wewnętrznej kb]

--homozyg-het [maks. hets]

--homozyg-okno-snp [rozmiar okna skanowania]

--homozyg-okno-het [maksymalne trafienie w oknie skanowania]

--homozyg-brakuje-okna [maksymalne brakujące połączenia w oknie skanowania trafienie]

--homozyg-window-próg [min. współczynnik trafień okna skanowania]

Polecenia te żądają zestawu raportów dotyczących homozygotyczności i pozwalają:
dostosować sposób ich generowania. * Jeśli jesteś zadowolony ze wszystkich domyślnych
ustawienia opisane poniżej, po prostu

posługiwać się --homozyg bez modyfikatorów.
Inaczej, --homozyg pozwala zmienić

kilka ustawień binarnych: * 'group{-verbose}' dodaje raport o pulach nakładających się przebiegów
of

homozygotyczność.
(Ustawiany automatycznie, gdy --homozyg-dopasuj jest obecny.)

* W przypadku 'group{-verbose}', 'consensus-match' powoduje segmentację w parach

mecze będą wywoływane raczej na podstawie wariantów w segmencie konsensusu puli
niż warianty w przecięciu parami.

* Ze względu na sposób działania algorytmu okna skanowania możliwe jest

donosi, że ROH sąsiaduje z kilkoma homozygotycznymi wariantami.
„Rozszerzenie”

modyfikator powoduje, że zostaną one uwzględnione w raportowanym ROH, jeśli nie spowodowałoby to a
naruszenie --homozyg-gęstość uwiązany.

* Domyślnie długości segmentów bp są obliczane jako [końcowa pozycja bp] -

[początkowa pozycja pz] + 1.
Dlatego raporty zwykle różnią się nieznacznie

z PLINK 1.07, który nie dodaje 1 na końcu.
Dla testów

celów, możesz użyć modyfikatora 'odejmuj-1-od-długości', aby zastosować stary
formuła.

* Domyślnie tylko serie homozygotyczności zawierające co najmniej 100 wariantów,

i o całkowitej długości >= 1000 kilozasad.
Możesz je zmienić

minima z --homozyg-snp oraz --homozyg-kb, Odpowiednio.

* Domyślnie ROH musi mieć średnio co najmniej jeden wariant na 50 kb;

zmień to związane z --homozyg-gęstość.

* Domyślnie, jeśli dwa kolejne warianty są od siebie oddalone o więcej niż 1000 kb, to

nie może znajdować się w tym samym ROH; zmień to związane z --homozyg-przerwa.

* Domyślnie ROH może zawierać nieograniczoną liczbę połączeń heterozygotycznych;

możesz narzucić limit za pomocą --homozyg-het.

* Domyślnie okno skanowania zawiera 50 wariantów; zmień to za pomocą

--homozyg-okno-snp.

* Domyślnie trafienie w oknie skanowania może zawierać co najwyżej 1 heterozygotę

wezwanie i 5 brakujących połączeń; zmień te limity za pomocą --homozyg-okno-het oraz
--homozyg-brakuje-okna, Odpowiednio.

* Domyślnie, aby wariant kwalifikował się do włączenia do ROH, trafienie

wskaźnik wszystkich okien skanowania zawierających wariant musi wynosić co najmniej 0.05; zmiana
ten próg z --homozyg-window-próg.

--grupa

Próbki skupień przy użyciu statystyki podobieństwa parami (zwykle IBS). * „cc”
modyfikator wymusza, aby każdy klaster miał co najmniej jedną obserwację i jedną

kontrola.

* Modyfikator „group-avg” powoduje łączenie klastrów na podstawie średniej

zamiast minimalnego podobieństwa parami.

* Modyfikator „brakujący” powoduje, że klastrowanie jest oparte na

tożsamość według braków zamiast tożsamości według stanu i zapisuje oddzieloną spacjami
macierz tożsamości według braków na dysk.

* Modyfikator 'only2' powoduje tylko plik .cluster2 (który jest prawidłowym wejściem

dla --w ciągu) do napisania; w przeciwnym razie zostaną utworzone 2 inne pliki.

* Domyślnie powiązania IBS nie są łamane w taki sam sposób jak PLINK 1.07, więc

Ostateczne rozwiązania klastrów mają tendencję do różnic.
Jest to generalnie nieszkodliwe.

Aby jednak uprościć testowanie, możesz użyć modyfikatora „stare tiebreaki”, aby wymusić
emulacja starego algorytmu.

--szt {liczyć}

Oblicza macierz relacji standaryzowanych wariancji (użyj
--make-rel/--make-grm-gz/--make-grm-bin, aby go zrzucić) i wyodrębnia górne 20
główne składniki. * Zwykle najlepiej wykonać te obliczenia na markerze
ustalać się

przybliżona równowaga sprzężeń.

* Możesz zmienić liczbę komputerów, przekazując parametr numeryczny. * Nagłówek'
modyfikator dodaje wiersz nagłówka do pliku wyjściowego .eigenvec.

(Dla zgodności z flagą GCTA o tej samej nazwie, domyślnie brak nagłówka
linia.)

* Modyfikator 'tabs' powoduje, że pliki .eigenvec są rozdzielane tabulatorami. * Ten
Modyfikator „var-wts” żąda dodatkowego pliku .eigenvec.var z komputerami PC

wyrażone jako wagi wariantów zamiast wag próbek.

--sąsiad [n1] [n2]

(Alias: --sąsiad) Zgłoś odległości IBS od każdej próbki do ich n1 do
n2-ty-najbliżsi sąsiedzi, skojarzone wyniki Z i tożsamości tych sąsiadów.
Przydatne do wykrywania wartości odstających.

-- towarzysz



-- towarzysz

--Model



Podstawowy raport z analizy asocjacyjnej. Biorąc pod uwagę fenotyp przypadku/kontroli, -- towarzysz
wykonuje test alleli chi-kwadrat 1df, podczas gdy --Model wykonuje 4 inne testy jako
dobrze (działanie genów dominujących 1df, działanie genów recesywnych 1df, genotypowe 2df,
trend Cochrana-Armitage’a). * W przypadku „fisher”/„fisher-midp” dokładny test Fishera to
używany do generowania

wartości p.
„fisher-midp” dotyczy również korekty mid-p Lancastera.

* 'perm' powoduje wykonanie adaptacyjnego testu permutacji. * 'imperm=[wartość]'
powoduje test permutacji max(T) z określonym

liczba replikacji do wykonania.

* 'perm-count' powoduje, że raport z testu permutacji będzie zawierał liczby

częstotliwości.

* „liczy się” przyczyny -- towarzysz aby zgłosić liczbę alleli zamiast częstości. *
„set-test” testuje istotność zestawów wariantów. Wymaga permutacji;

można dostosować za pomocą --set-p/--ustaw-r2/--ustaw-maks.

* „dom”, „rec”, „gen” i „trend” wymuszają użycie odpowiedniego testu

jako podstawa dla --Model permutacja.
(Domyślnie najbardziej znaczący

stosuje się wynik wśród testów allelicznych, dominujących i recesywnych.)

* 'tylko trend' powoduje wykonanie tylko testu trendu. Biorąc pod uwagę ilościowe
fenotyp, -- towarzysz zwykle wykonuje test Walda. * W tym przypadku 'qt-oznacza'
modyfikator powoduje cechy średnie i standard

należy również zgłosić odchylenia stratyfikowane według genotypu.

* 'lin' powoduje obliczenie statystyki Lin i czyni z niej podstawę dla

poprawki wielokrotnego testowania i testy permutacyjne.

Kilka innych flag (przede wszystkim --trwała ondulacja) może służyć do dostosowywania
test permutacji.

--mhm

(Alias: --cmh)

--bd

--mh2

--homog

Biorąc pod uwagę fenotyp przypadku/kontroli i zestaw klastrów, --mhm oblicza 2x2xK
Statystyki Cochrana-Mantela-Haenszela dla każdego wariantu, natomiast --bd wykonuje również
Test Breslow-Day na jednorodność ilorazu szans. Testowanie zestawów permutacji i wariantów
w oparciu o statystyki CMH (domyślne) lub Breslow-Day (gdy obecne jest „perm-bd”)
utrzymany. Dostępne są również następujące podobne analizy: * --mh2 zamienia
role statusu sprawy/kontroli i przynależności do klastra,

wykonanie testu IxJxK Cochrana-Mantela-Haenszela ze stratyfikacją fenotypową na asocjację
między przypisaniami klastrów a genotypami.

* --homog wykonuje alternatywę dla testu Breslow-Day na podstawie

podział statystyki chi-kwadrat.

--gxe {indeks współzmienny}

Biorąc pod uwagę zarówno fenotyp ilościowy, jak i współzmienną przypadku/kontroli obciążoną
--kowar zdefiniowanie dwóch grup, --gxe porównuje współczynnik regresji wyprowadzony z
uwzględnianie tylko członków jednej grupy do współczynnika regresji pochodzącego z
biorąc pod uwagę tylko członków drugiego. Domyślnie pierwsza współzmienna w
--kowar plik definiuje grupy; użyj np. '--gxe 3', aby oprzeć je na trzecim
zamiast tego współzmienna.

--liniowy




--logistyka




Analiza asocjacji wielu współzmiennych na ilościowej (--liniowy) lub sprawa/kontrola
(--logistyka) fenotyp. Zwykle używany z --kowar. * 'trwała' zwykle powoduje
adaptacyjny test permutacji do wykonania

główny efekt, podczas gdy 'mperm=[wartość]' rozpoczyna test permutacji max(T).

* 'perm-count' powoduje, że raport z testu permutacji będzie zawierał liczby

częstotliwości.

* „set-test” testuje istotność zestawów wariantów.
Wymaga permutacji;

można dostosować za pomocą --set-p/--ustaw-r2/--ustaw-maks.

* Modyfikator „genotypowy” dodaje efekt addytywny/odchylenie dominacji 2df

wspólny test (kodowanie 0/1/2 i 0/1/0), podczas gdy „hethom” wykorzystuje kodowanie 0/0/1 i 0/1/0
zamiast. Jeśli wymagana jest również permutacja, te modyfikatory powodują, że permutacja jest
na podstawie wspólnego testu.

* „dominujący” i „recesywny” określają model zakładający pełną dominację lub

recesywności odpowiednio dla allelu A1.

* 'no-snp' powoduje, że regresja jest wykonywana tylko na fenotypie i

współzmienne, bez odniesienia do danych genomowych.
Jeśli permutacja też jest

wymagane, wyniki są podawane dla wszystkich zmiennych towarzyszących.

* „ukryj-covar” usuwa z raportu wiersze specyficzne dla współzmiennej. * Domyślnie seks
(mężczyzna = 1, kobieta = 0) jest automatycznie dodawane jako a

współzmienne na wariantach chromosomu X i nigdzie indziej.
Modyfikator „płeć”

powoduje, że jest dodawany wszędzie, podczas gdy „no-x-sex” wyklucza go.

* „interakcja” dodaje do modelu interakcje genotyp x współzmienna.
Niniejsze

nie może być używany ze zwykłymi testami permutacyjnymi; posługiwać się --testy zdefiniować
zamiast tego statystyka testu permutacji.

* „przechwycenie” powoduje, że przechwycenia są uwzględniane w głównym raporcie. * Dla logistyki
regresje, modyfikator „beta” powoduje regresję

należy podać współczynniki zamiast ilorazów szans.

* Z --liniowy, modyfikator „standard-beta” standaryzuje fenotyp

a wszystkie predyktory do zerowej średniej i jednostkowej wariancji przed regresją.

--dawkowanie [plik z dawką alleli]



--dawkowanie [lista plików] lista




--zapisz-dawkę

Przetwarzaj (prawdopodobnie spakowane gzipem) pliki tekstowe z danymi dotyczącymi dawkowania alleli dla wariantów głównych. Ten
nie może być używany ze zwykłym zestawem plików wejściowych; zamiast tego musisz *tylko* podać a
.fam i prawdopodobnie plik .map, i nie możesz określić żadnych innych poleceń. * PLINK
2.0 będzie miał pierwszorzędne wsparcie dla prawdopodobieństw genotypów. jakiś

zostanie wtedy dostarczona równoważna flaga importu danych, oraz --dawkowanie będzie na emeryturze.

* Domyślnie, --dawkowanie zakłada, że ​​tylko jeden plik z dawką alleliczną powinien być

załadowany.
Aby określić wiele plików,

1. utwórz listę główną z jednym wpisem w wierszu.
Zwykle są dwa

obsługiwane formaty dla tej listy: tylko nazwa pliku w wierszu lub numery partii wariantów
w pierwszej kolumnie i nazwy plików w drugiej.

2. Podaj nazwę tej listy jako pierwszą --dawkowanie parametr. 3. Dodaj
modyfikator „lista”.

* Domyślnie, --dawkowanie zakłada, że ​​plik(i) z dawką alleli zawiera nagłówek

wiersz, który ma 'SNP' w kolumnie i+1, 'A1' w kolumnie i+j+2, 'A2' w kolumnie i+j+3,
i próbki FID/IIDs zaczynając od kolumny i+j+k+4. (i/j/k są normalnie zerowe, ale
można zmienić odpowiednio za pomocą 'skip0', 'skip1' i 'skip2'.) Jeśli taki nagłówek
linia nie występuje, * gdy wszystkie próbki pojawiają się w tej samej kolejności, co w
plik .fam,

możesz użyć modyfikatora „noheader”.

* W przeciwnym razie użyj modyfikatora 'sepheader' i dołącz przykładowe nazwy plików ID

do wpisów w plikach 'list'.

* Modyfikator „format” pozwala określić liczbę wartości używanych do

reprezentują każdą dawkę.
„format=1” zwykle oznacza pojedynczy 0..2 A1

oczekiwana liczba; „dawka1” zmienia to na częstotliwość 0..1.
'format=2'

(domyślnie) wskazuje 0..1 homozygotyczne prawdopodobieństwo A1, po którym następuje 0..1 het
prawdopodobieństwo, podczas gdy 'format=3' wskazuje 0..1 hom A1, 0..1 het, 0..1 hom A2.

* 'Zout' powoduje, że plik wyjściowy jest spakowany gzipem. * Zwykle analiza asocjacyjna
jest wykonywany. „standard-beta” i

„seks” zachowuje się tak, jak powinien --liniowy/--logistyka.
„case-control-freqs” powoduje, że zgłaszane są częstotliwości przypadków i alleli kontrolnych
osobno.

* Istnieją trzy alternatywne tryby, które powodują, że analiza asocjacji:

być pominiętym. * 'occur' żąda prostego raportu o wystąpieniu wariantu. *
--zapisz-dawkę powoduje prosty scalony plik pasujący do „formatu”

specyfikacja (bez „dawki1”), która ma zostać wygenerowana.

* --wynik stosuje liniowy system punktacji do dawek.

--lasso [h2 oszacowanie] {min lambda}

Oszacuj rozmiary efektu wariantu za pomocą regresji LASSO.
Musisz podać

oszacowanie odziedziczalności addytywnej w celu kalibracji regresji. Zauważ, że ta metoda
może wymagać bardzo dużej próby (np. setek tysięcy), aby była skuteczna
na złożonych cechach poligenicznych.

--brak testu

Sprawdź związek między brakiem a stanem przypadku/kontroli, używając Fishera
dokładny test. Modyfikator 'midp' powoduje zastosowanie korekty midp Lancastera.

--make-perm-feno [ct]

Generuj permutacje fenotypów i zapisuj je na dysku bez wywoływania ani
test asocjacji.

--tdt



Zgłoś statystyki testu niezrównoważenia transmisji, dane fenotypy przypadku/kontroli
oraz informacje o rodowodach. * Kontrola błędów Mendla jest przeprowadzana przed głównym
testy; obraźliwe

genotypy są traktowane jako brakujące w tej analizie.

* Domyślnie podstawowa wartość p TDT jest oparta na teście chi-kwadrat, chyba że

żądasz dokładnego testu dwumianowego z „dokładnym” lub „dokładnym-midp”.

* 'perm'/'mperm=[value]' żąda adaptacji opartej na rodzinie lub max(T)

test permutacji.
Domyślnie statystyka testu permutacji to

podstawowa wartość p TDT; 'parentdt1'/'parentdt2' powoduje parentdtt lub test łączony
zamiast tego należy wziąć pod uwagę odpowiednio wartości p.

* „set-test” testuje istotność zestawów wariantów.
Nie można tego użyć

z dokładnymi testami na razie.

Modyfikator „poo” powoduje, że zamiast tego zostanie wykonana analiza rodzica pochodzenia, z
uwzględniono transmisje od heterozygotycznych ojców i heterozygotycznych matek
osobno. * Analiza parent-of-origin nie obsługuje obecnie dokładnej
testy. * Domyślnie statystyka testu permutacji to wartość bezwzględna

wynik Z testu rodziców pochodzenia; 'pat'/'mat' powoduje TDT ze strony ojca lub matki
zamiast tego należy wziąć pod uwagę odpowiednio statystyki chi-kwadrat.

--qfam

--qfam-rodzice

--qfam-pomiędzy

--qfam-całkowita

Rodzinny test asocjacyjny QFAM dla cech ilościowych. * Kontrola błędów Mendla
jest wykonywany przed głównymi testami; obraźliwe

genotypy są traktowane jako brakujące w tej analizie.

* Ta procedura wymaga permutacji.
„perm” i „perm-count” mają

zwykłe znaczenia.
Jednak 'mperm=[wartość]' po prostu określa stałą liczbę

permutacji; metoda nie obsługuje prawidłowego testu max(T).

* Modyfikator 'emp-se' dodaje BETA i EMP_SE (empiryczny błąd standardowy dla

beta) do pliku wyjściowego .perm.

--komentować [Raport PLINK]



Dodaj adnotacje do raportu PLINK opartego na wariantach.
Wymaga to

źródło adnotacji: * 'attrib=[plik]' określa (prawdopodobnie spakowany) plik atrybutów.
* 'ranges=[file]' określa plik z listą genów/zakresów. (Oba typy źródeł mogą być
określone jednocześnie.) Obsługiwane są również następujące opcje: *
'filter=[plik]' powoduje tylko warianty w jednym z zakresów w pliku

do uwzględnienia w nowym raporcie.

* 'snps=[plik]' powoduje uwzględnienie tylko wariantów wymienionych w pliku

nowy raport.

* Modyfikator 'NA' powoduje, że warianty bez adnotacji mają 'NA' zamiast '.'

w kolumnie ANNOT nowego raportu, podczas gdy modyfikator „prune” je wyklucza
całkowicie.

* Modyfikator „blok” zastępuje pojedynczą kolumnę ANNOT kodem 0/1

kolumna dla każdej możliwej adnotacji.

* Z 'zakresami',

* 'subset=[file]' powoduje, że tylko przedziały określone w pliku podzbioru będą

załadowany z pliku zakresów.

* adnotacje interwałowe zwykle mają odległość ze znakiem w nawiasach

do granicy przedziału (0, jeśli wariant znajduje się wewnątrz przedziału; to jest
zawsze prawda bez --granica). Można je wykluczyć za pomocą modyfikatora „minimalne”.

* modyfikator 'distance' dodaje kolumny 'DIST' i 'SGN' opisujące znak

odległość do najbliższego przedziału.

* Kiedy --pfiltr występuje, wysokie wartości p są odfiltrowywane.

--kępa [Nazwy plików raportu PLINK...]

Raport(y) analizy powiązania procesu z kolumnami „SNP” i wartości p, organizowanie
wyniki przez kępy oparte na LD. Wiele nazw plików można oddzielić spacjami lub
przecinki.

--raport-genu [Raport PLINK] [plik zakresu genów]

Wygeneruj raport oparty na genach z raportu opartego na wariancie. * Kiedy --pfiltr is
obecne, wysokie wartości p są odfiltrowywane. * Kiedy --wyciąg (bez „zakresu”) to
obecne, tylko warianty wymienione w

--wyciąg plik są brane pod uwagę.

--metaanaliza [Nazwy plików raportu PLINK...]

--metaanaliza [Nazwy plików raportu PLINK...] +



Przeprowadź metaanalizę kilku raportów opartych na wariantach z „SNP” i „SE”
pola. * Zwykle pole ilorazu szans „OR” musi być również obecne w każdym wejściu

plik.
W przypadku „skali logarytmicznej”, „BETA” wartości logarytmicznych szans/współczynniki regresji

są oczekiwane, ale wygenerowany raport nadal będzie zawierał iloraz szans
szacunki. W przypadku 'qt' zarówno wartości wejściowe, jak i wyjściowe są regresji beta.

* Pola 'CHR', 'BP' i 'A1' są również normalnie wymagane.
przyczyny „braku mapy”

wszystkie mają być ignorowane, podczas gdy „brak allelu” powoduje zignorowanie tylko „A1”.

* Jeśli obecne są pola „A2” i ani „brak mapy” ani „brak allelu” nie zostały

określone, odwrócenie alleli A1/A2 jest obsługiwane prawidłowo.
W przeciwnym razie A1

niedopasowania są wyrzucane.

* „badanie” powoduje, że oszacowania efektów specyficznych dla badania są zestawiane w

raport z metaanalizy.

* 'report-all' powoduje, że warianty obecne tylko w jednym pliku wejściowym są

zawarte w raporcie z metaanalizy.

* „ważone-z” żąda ważonych wartości p opartych na wynikach Z (obliczonych przez

oprogramowanie METAL firmy Abecasis Lab) oprócz zwykłego, opartego na odwrotnej wariancji
analiza. Wymaga to pól P i efektywnej wielkości próbki.

* Kiedy --wyciąg (bez „zakresu”) jest obecny, tylko warianty wymienione w

--wyciąg plik są brane pod uwagę.

* O ile nie określono 'no-map', filtry chromosomów są również przestrzegane.

--szybka epistaza



--epistaza

Skanuj w poszukiwaniu interakcji epistatycznych.
--szybka epistaza sprawdza staw 3x3

tabele liczby genotypów i dotyczą tylko fenotypów przypadków/kontroli, podczas gdy
--epistaza wykonuje regresję liniową lub logistyczną. * Domyślnie, --szybka epistaza
używa testu opartego na allelu PLINK 1.07. Dwa

nowsze testy są teraz obsługiwane: „wzmocnienie” wywołuje wprowadzony test ilorazu wiarygodności
Wan X i in. (2010) BOOST: Szybkie podejście do wykrywania interakcji gen-gen
w badaniach przypadków kontroli przypadków obejmujących cały genom, podczas gdy „wspólne efekty” dotyczą stawu
test efektów wprowadzony w Ueki M, Cordell HJ (2012) Poprawione statystyki dla
analiza interakcji całego genomu.

* Oryginalny --szybka epistaza test zwykle stosuje wariancję i

poprawki pustych komórek sugerowane przez artykuł Ueki i Cordella.
Wyłączyć

ich, użyj modyfikatora „no-ueki”.

* „tylko przypadek” wymaga tylko badania przypadku zamiast badania przypadku/kontroli. * Domyślnie,
testowane są wszystkie pary wariantów w całym genomie.

Aby przetestować tylko pary wariantów w ramach jednego zestawu, dodaj modyfikator „zestaw po zestawie”
i załaduj dokładnie jeden zestaw za pomocą --ustawić/--utwórz-ustaw; z dokładnie dwoma załadowanymi zestawami, wszystkie
warianty w jednym zestawie są testowane względem wszystkich wariantów w drugim. „ustaw-by-wszystko”
zamiast tego testuje wszystkie warianty w jednym zestawie w stosunku do całego genomu.

* „nop” usuwa wartości p z raportu głównego. * Te obliczenia mogą być
podzielone z --równoległy; Jednakże...

--epistasis-podsumowanie-scalanie [wspólny prefiks pliku] [ct]

Kiedy --{fast-}praca epistaza jest podzielona na --równoległy, głównym raportem może być
zmontowane na końcu, stosując uniksowy „kot” w zwykły sposób, ale
Pliki .summary.1, .summary.2, ... mogą wymagać specjalnego scalania.
--epistasis-podsumowanie-scalanie zajmuje się tym ostatnim.

--dwa locus [identyfikator wariantu] [identyfikator wariantu]

Raport o liczbie genotypu stawu w dwóch miejscach.

--wynik [nazwa pliku] {i} {j} {k}



Zastosuj liniowy system punktacji do każdej próbki. Plik wejściowy powinien mieć jedną linię
na punktowany wariant. Identyfikatory wariantów są odczytywane z kolumny #i, odczytywane są kody alleli
z kolumny #j, a wyniki są odczytywane z kolumny #k, gdzie i domyślnie wynosi 1, j
domyślnie i+1, a k domyślnie j+1. * Modyfikator 'nagłówek' powoduje pierwszy
niepusta linia pliku wejściowego do

być ignorowanym; Inaczej, --wynik zakłada, że ​​nie ma wiersza nagłówka.

* Domyślnie końcowe wyniki są średnimi prawidłowych wyników dla poszczególnych wariantów.

Modyfikator „suma” powoduje, że zamiast tego zgłaszane są kwoty.
(To nie może być

używane z „bez znaczenia”.
A dla wstecznej kompatybilności „suma” to

automatycznie włącza się z danymi dozowania, chyba że określono „bez sumy”.)

* Domyślnie kopie nienazwanego allelu wnoszą zero do wyniku, podczas gdy

brakujące genotypy wnoszą ilość proporcjonalną do załadowanego (poprzez --odczyt-częst.)
lub przypisana częstotliwość alleli. Aby zamiast tego wyrzucić brakujące obserwacje (zmniejszając
mianownik w końcowej średniej, gdy tak się stanie), użyj
modyfikator „bez znaczenia”.

* Alternatywnie możesz użyć modyfikatora „środek”, aby przesunąć wszystkie wyniki do

oznacza zero.

* To polecenie może być używane z danymi dotyczącymi dawkowania.
Domyślnie kolumna „CNT”

w tym przypadku jest pomijany w pliku wyjściowym; użyj „include-cnt”, aby go zachować. Również,
zauważ, że wyniki są mnożone przez 0..1 dawki, a nie 0..2 liczbę alleli diploidalnych,
chyba że występuje modyfikator „podwójna dawka”.

--write-var-zakresy [blok ct]

Podziel zestaw wariantów na równe bloki.
(Może być używany z

--snp podzielić pracę na wiele maszyn).

Obsługiwane są następujące inne flagi. (Kolejność operacji jest opisana w
https://www.cog-genomics.org/plink2/order .)

--scenariusz [fname] : Dołącz opcje wiersza polecenia z pliku.

--ponowne odtworzenie {Dziennik}
: Uruchom ponownie polecenia w dzienniku (domyślnie 'plink.log').

--wersja
: Wyświetlaj tylko numer wersji przed wyjściem.

--cichy
: Pomiń wyjście do konsoli.

--gplink
: Zarezerwowane do współpracy z gPLINK.

--brakujący-genotyp [char] : Ustaw brakujący kod genotypu (zwykle „0”).

--podwójny identyfikator
: Ustaw zarówno FID, jak i IID na identyfikator próbki VCF/BCF.

--const-fid {ID}
: Ustaw wszystkie FID na podaną stałą (domyślnie „0”).

--id-delim {D}
: Przeanalizuj identyfikatory próbek jako [FID][d][IID] (domyślny delim '_').

--vcf-idspace-do [c] : Konwertuj spacje w identyfikatorach próbek na podany znak.

--Tylko bialleliczny : Pomiń warianty VCF z 2+ alt. allele.

--vcf-min-kwalifikacja [wartość]
: Pomiń warianty VCF z niskim/brakującym QUAL.

--filtr-vcf {wyjątki...}
: Pomiń warianty, które mają błędy FILTER.

--vcf-wymagaj-gt
: Pomiń warianty bez pola GT.

--vcf-min-gq [wartość]
: No-wywołaj genotyp, gdy GQ jest poniżej podanego progu.

--vcf-min-gp [wartość]
: No-call genotyp, gdy GP skalowany 0-1 jest poniżej podanego progu.

--vcf-pół wywołania [m]
: Określ, jak '0/.' i podobne wartości VCF GT powinny być obsługiwane. Następujące
obsługiwane są trzy tryby: * 'błąd'/'e' (domyślnie) wychodzą błędy i raportuje wiersz #.
* 'haploid'/'h' traktuje je jako wywołania haploidalne. * 'brakujące'/'m' traktuje je jako
brakujący.

--oxford-single-chr [chr nm] : Określ plik .gen pojedynczego chromosomu za pomocą
ignorowana pierwsza kolumna.

--oxford-feno-nazwa [col nm] : Importuj nazwany fenotyp z pliku .sample.

--próg-twardego połączenia [wartość]
: Gdy załadowany jest zestaw plików w formacie Oxford, wywołuje

--próg-twardego połączenia przypadkowy
z poziomem niepewności większym niż 0.1 są zwykle traktowane jako brakujące. Możesz
dostosuj ten próg, podając parametr numeryczny lub losuj wszystkie połączenia za pomocą
'losowy'.

--brakujący-kod {string list} : rozdzielana przecinkami lista brakującego fenotypu

(Alias: --brakujący_kod)
wartości dla zestawów plików w formacie Oxford (def. 'NA').

--symuluj-przypadki [liczba]
: Ustaw --symulować liczba przypadków (domyślnie 1000).

--symuluj-ncontrols [nie]
: Ustaw --symulować liczba kontroli (domyślnie 1000).

--symuluj-występowanie [p] : Ustaw --symulować częstość występowania choroby (domyślnie 0.01).

--symuluj-n [liczba]
: Ustaw --symuluj-qt liczba próbek (domyślnie 1000).

--symuluj-etykietę [prefiks] : Ustaw --symulować{-qt} Prefiks nazwy FID/IID.

--symuluj-brakujący [częst.] : Ustaw --symulować{-qt} brak częstotliwości genotypów.

--pozwól-dodatkowe-chr
: Zezwól na nierozpoznane kody chromosomów. „0”

(Alias: --aec)
modyfikator powoduje, że są one traktowane tak, jakby zostały ustawione na zero.

--ustaw-chr [autosom ct] :

Określ zestaw chromosomów innych niż ludzkie.
Pierwszy parametr określa liczbę

diploidalne pary autosomów, jeśli są dodatnie, lub chromosomy haploidalne, jeśli są ujemne. Dany
autosomy diploidalne, pozostałe modyfikatory wskazują na brak nazwanych
chromosomy nieautosomalne.

--krowa/--dog/--horse/--mouse/--rice/--sheep : Skróty dla tych gatunków.

--autosom-numer [wartość]
: Alias ​​dla „--chr-set [wartość] no-y no-xy no-mt”.

--cm-mapa [wzorzec fname] {chr} : Użyj map rekombinacji formatu SHAPEIT, aby ustawić
pozycje centymorganów. Aby przetworzyć więcej niż jeden chromosom, wstaw „@” w
pierwszy parametr gdzie chrom. numer należy, np.
'genetyczna_mapa_chr@_combined_b37.txt'.

--zero-cms
: Wyzeruj pozycje centymorganów.

--feno [nazwisko]
: Załaduj dane fenotypu z określonego pliku, zamiast używać wartości w
główny zestaw plików wejściowych.

--wszystkie-feno
: W przypadku podstawowych testów asocjacyjnych przeprowadź pętlę przez wszystkie fenotypy w --feno plik.

--mfeno [nie]
: Załaduj fenotyp z kolumny (n+2) in --feno plik.

--feno-nazwa [c] : Jeśli --feno plik ma wiersz nagłówka, użyj kolumny z
nadane imię.

--feno-scalanie
: Gdy główny zestaw plików wejściowych zawiera wartość fenotypu dla próbki, ale
--feno plik nie, użyj oryginalnej wartości zamiast traktować fenotyp jako
brakujący.

--brakujący-fenotyp [v] : Ustaw brakującą wartość fenotypu (zwykle -9).

- 1 : Oczekuj, że fenotypy przypadku/kontroli będą kodowane jako 0 = kontrola, 1 = przypadek, zamiast
zwykłe 0 = brak, 1 = kontrola, 2 = przypadek.

--make-feno [fn] [val] : Zdefiniuj nowy fenotyp przypadku/kontroli.
Jeśli parametr val to '*', wszystkie próbki wymienione w podanym pliku są przypadkami i
wszyscy inni są kontrolą. (Zauważ, że w niektórych muszlach konieczne jest:
otocz znak * cudzysłowami). W przeciwnym razie wszystkie próbki z wpisem w trzeciej kolumnie są równe
do parametru val są przypadki, a wszystkie inne próbki wymienione w pliku są
sterownica.

--ogon-feno [Lt] {Hbt} : Zakoduj fenotyp skalarny do przypadku/kontroli
fenotyp. Wszystkie próbki z wartościami fenotypu większymi niż Hbt są przypadkami i wszystkie
z wartościami mniejszymi lub równymi Lt są kontrolami. Jeśli Hbt jest nieokreślone, jest to
równy Lt; w przeciwnym razie wartości pośrednie fenotypu są ustawione na brakujące.

--kowar [Nazwa pliku] : Określ plik współzmienny.

--covar-nazwa [...]
: Określ współzmienne w --kowar plik według nazwy. Oddziel wiele nazw za pomocą
spacje lub przecinki i użyj myślników do oznaczenia zakresów.

--covar-liczba [...]
: Określ współzmienne w --kowar plik według indeksu.

--no-const-covar
: Wyklucz stałe współzmienne.

--w ciągu [F]
: Określ początkowe przypisania klastra.

--mw obrębie [nie]
: Załaduj przypisania klastrów z kolumny n+2.

--rodzina
: Utwórz klaster dla każdego identyfikatora rodziny.

--loop-assoc [F]
: Uruchom określone polecenia skojarzenia przypadku/kontroli raz dla każdego klastra w
pliku, wykorzystując członkostwo w klastrze jako fenotyp.

--ustawić [Nazwa pliku]
: Załaduj zestawy z pliku .set.

--nazwy-zestawów [nazwy)...]
: Załaduj tylko zestawy wymienione w wierszu poleceń. Użyj spacji, aby oddzielić wiele nazw.

--podzbiór [Nazwa pliku]
: Załaduj tylko zestawy wymienione w podanym pliku tekstowym.

--set-collapse-all [nazwa zestawu] : Scal wszystkie zestawy.

--uzupełniające-zestawy
: Odwróć wszystkie zestawy. (Nazwy zyskują przedrostek „C_”).

--ustaw-uzupełnij-wszystko [S] : --set-collapse-all + inwersja.

--zrób zestaw [Nazwa pliku]
: Zdefiniuj zestawy z listy nazwanych zakresów bp.

--make-set-border [KB]
: Rozciągnij regiony w --zrób zestaw plik.

--make-set-collapse-group
: Definiuj zestawy z grup zamiast zestawów w --zrób zestaw plik.

--trzymać [Nazwa pliku]
: Wyklucz wszystkie próbki, których nie wymieniono w pliku.

--usunąć [Nazwa pliku]
: Wyklucz wszystkie próbki wymienione w pliku.

--Keep-fam [nazwa pliku] : Wyklucz wszystkie rodziny, które nie zostały nazwane w pliku.

--usuń-fam [nazwisko]
: Wyklucz wszystkie rodziny nazwane w pliku.

--wyciąg [f] : Wyklucz wszystkie warianty niewymienione w pliku.

--wykluczać [f] : Wyklucz wszystkie warianty wymienione w pliku.

--utrzymaj klastry [Nazwa pliku]
: Mogą być używane pojedynczo lub w

--zachowaj-nazwy-klastrów [nazwy)...]
kombinacja w celu zdefiniowania listy klastrów do zachowania; wszystkie próbki nie znajdują się w klastrze w
lista ta jest następnie wykluczona. Użyj spacji, aby oddzielić nazwy klastrów dla
--zachowaj-nazwy-klastrów.

--usuń-klastry [Nazwa pliku]
: Wyklucz wszystkie klastry wymienione w pliku.

--usuń-nazwy-klastrów [nazwa(y)...] : Wyklucz nazwane klastry.

--gen [zestawy...] : Wyklucz warianty spoza zestawu podanego w wierszu poleceń.
(Oddziel wiele nazw zestawów spacjami).

--gen-wszystko
: Wyklucz warianty, które nie należą do żadnego zestawu. (PLINK 1.07 automatycznie zrobił
to w pewnych okolicznościach.)

--atrybut [f] {att lst} : Biorąc pod uwagę plik przypisujący atrybuty do wariantów, a

--atrybut-ind [f] {a}
lista oddzielonych przecinkami (bez spacji) nazw atrybutów, usuń
warianty/próbki, których albo brakuje w pliku, albo nie mają żadnego z tych
wymienione atrybuty. Jeśli niektóre nazwy atrybutów na liście są poprzedzone znakiem „-”, to
są traktowane jako „wykluczające warunki dopasowania”: warianty z co najmniej jednym
wykluczający atrybut dopasowania jest usuwany. Pierwszy znak na liście nie może być
'-', ze względu na sposób, w jaki działa parsowanie wiersza poleceń; dodaj przecinek z przodu, aby się poruszać
to.

--chr [Chr...]
: Wyklucz wszystkie warianty nie na danym chromosomie(ach). Prawidłowe wybory dla ludzi
są 0 (nieumieszczone), 1-22, X, Y, XY i MT. Oddziel wiele chromosomów za pomocą
spacje i/lub przecinki i użyj myślnika (nie są dozwolone spacje sąsiednie) w celu oznaczenia a
zakres, np. '--chr 1-4, 22, xy'.

--nie-chr [...]
: Odwróć --chr (wyklucz warianty na wymienionych chromosomach).

--autosom
: wyklucz wszystkie warianty nieautosomalne.

--autosom-xy
: Wyklucz wszystkie warianty nieautosomalne, z wyjątkiem tych z kodem chromosomu XY
(pseudoautosomalny region X).

--snps-tylko : Wyklucz warianty z wieloznakowymi kodami alleli.

--z [identyfikator odmiany]
: użyj identyfikatorów, aby określić zakres wariantów do załadowania. Kiedy jest używany

--do [identyfikator zmiennej] razem, oba warianty muszą znajdować się na tym samym chromosomie.

--przyp [identyfikator odmiany] : określ jeden wariant do załadowania.

--wyklucz-snp [] : Określ pojedynczy wariant do wykluczenia.

--okno
[kbs] : Z --przyp or --wyklucz-snp, ładuje/wyklucza wszystkie warianty w ciągu połowy
określona odległość kb od nazwanego.

--od-bp [poz]
: Użyj fizycznych pozycji, aby zdefiniować zakres wariantów do

--do-bp
[poz] obciążenie. --z-kb/--to-kb/--from-mb/--to-mb zezwalaj na przecinek

--z-kb [poz]
wartości. Musisz także określić pojedynczy chromosom (używając

--do-kb
[poz] np --chr) podczas korzystania z tych flag.

--z-mb [poz]

--grób
[poz]

--snp [identyfikatory zmiennych...]
: Użyj identyfikatorów, aby określić zakresy wariantów do załadowania lub

--wyklucz-snps [...]
wykluczać. Np. '--snps rs1111-rs2222, rs3333, rs4444'.

--cienki [p]
: Losowo usuń warianty, zachowując każdy z prob. P.

--cienka liczba [n] : Losowo usuń warianty, aż pozostanie n z nich.

--bp-spacja [bps] : Usuń warianty, aby każda para nie była bliżej niż
podana odległość pz. (odpowiednik VCFtools --cienki.)

--cienki-indywidualny [p]
: Losowo usunąć próbki, zachowując prob. P.

--cienka-indiv-count [nie]
: Losowo usuń próbki, aż n z nich pozostanie.

--filtr [f] [val(s)...] : Wyklucz wszystkie próbki bez wpisu w trzeciej kolumnie w
podany plik pasujący do jednej z podanych wartości oddzielonych spacjami.

--mfiltr [nie]
: Zamiast tego dopasuj do (n+2) kolumny.

--geno {wartość}
: Wyklucz warianty z brakującymi częstotliwościami połączeń większymi niż próg (domyślnie
0.1). (Zauważ, że domyślny próg jest stosowany tylko wtedy, gdy --geno jest wywoływany
bez parametru; gdy --geno nie jest wywoływany, nie ma brakujących połączeń dla poszczególnych wariantów
w ogóle wymuszany jest pułap częstotliwości. Inne domyślne progi włączenia/wyłączenia
działaj w ten sam sposób.)

--umysł {wartość}
: Wyklucz próbki z brakującą częstotliwością wywołania większą niż próg (domyślnie
0.1).

--obowiązkowo-brakujący [f1] [f2] : Określ bloki brakujących wywołań genotypu
--geno/--należy zignorować. Pierwszy plik powinien zawierać identyfikatory wariantów w pierwszym
identyfikatory kolumn i bloków w drugim, podczas gdy drugi plik powinien mieć identyfikatory FID w
pierwsza kolumna, IID w drugiej i blok ID w trzeciej.

--suszona śliwka
: Usuń próbki z brakującymi fenotypami.

--maf {częst.}
: Wyklucz warianty z drobną częstotliwością alleli niższą niż próg (domyślnie
0.01).

--max-maf [częst.]
: Wyklucz warianty z MAF większym niż próg.

--prochowiec [ct]
: Wyklucz warianty z mniejszą liczbą alleli niższą niż

(Alias: --min-ac)
danego progu.

--max-mac [ct]
: Wyklucz warianty z mniejszą liczbą alleli większą niż

(Alias: --max-ac)
podany próg.

--maf-succ
: Reguła dziedziczenia szacowania MAF (używana w EIGENSOFT). Biorąc pod uwagę j obserwacji
jeden allel i k >= j obserwacji drugiego, wywnioskować MAF (j+1) / (j+k+2),
zamiast domyślnego j / (j+k).

--odczyt-częst. [fn] : Oszacuj częstotliwości MAF i heterozygoty z podanego
--częstraport {x}, zamiast zestawu plików wejściowych.

--hwe [P] : Wyklucz warianty z Hardy-Weinberg
wartości p testu dokładnego równowagi poniżej progu.

--ja [telewizja] : Odfiltruj tria i warianty z błędem Mendla
stawki przekraczające podane progi.

--ja-wyklucz-jeden {stosunek} : Marka --ja wyklucz tylko jedną próbkę na trio.

--wyniki jakości [f] {qcol} {IDcol} {pomiń} : Odfiltruj warianty za pomocą
poza zakresem wyników jakości. Domyślny zakres to teraz [0, \infty ).

--próg-jakości [min. wynik jakościowy]
: Ustaw --wyniki jakości zakres podłogi.

--qual-max-próg [maksymalny wynik]
: Ustaw --wyniki jakości pułap zasięgu.

--nie zezwalaj na seks
: Nie traktuj próbek o niejednoznacznej płci jako pozbawionych fenotypów w analizie
polecenia. (Automatyczny /w --bez seksu.)

--musisz-mieć-seks
: Wymuś brakujące fenotypy niejednoznacznej płci
--pościelić łóżko/--make-just-fam/--recode/--write-covar.

--filtr-przypadki
: Uwzględnij tylko przypadki w bieżącej analizie.

--sterowanie-filtrami
: Uwzględnij tylko kontrolki.

--filtr-mężczyźni
: Uwzględnij tylko samce.

--filtr-kobiety
: Uwzględnij tylko kobiety.

--filtr-założyciele
: Uwzględnij tylko założycieli.

--filtr-nonfounders : Uwzględnij tylko osoby niebędące założycielami.

--niezałożyciele
: Uwzględnij niezałożycieli w obliczeniach alleli freq/HWE.

--make-założyciele : Wyczyść identyfikatory rodzicielskie dla tych osób
z brakującymi rodzicami 1+.

--recode-allel [fn] : Z --przekoduj A/A-transpozycja/AD, policz allele wymienione w
plik (w przeciwnym razie allele A1 są zawsze liczone).

--wyjście-chr [Kod MT] : Ustaw schemat kodowania chromosomów w plikach wyjściowych przez
dostarczanie pożądanego ludzkiego kodu mitochondrialnego. (Opcje to „26”, „M”, „MT”,
„0M”, „chr26”, „chrM” i „chrMT”.)

--output-missing-genotyp [ch] : Ustaw kod używany do reprezentowania brakujących
genotypów w plikach wyjściowych (zwykle --brakujący-genotyp wartość).

--output-brakujący-fenotyp [s] : Ustaw ciąg używany do reprezentowania brakujących
fenotypy w plikach wyjściowych (zwykle --brakujący-fenotyp wartość).

--zero-klaster [f] : W połączeniu z --w ciągu/--rodzina, klocki z
wezwania genotypu do zaginięcia. Plik wejściowy powinien mieć w pierwszej kolejności identyfikatory wariantów
identyfikatory kolumn i klastrów w drugim. To musi być teraz używane z --pościelić łóżko i nie
inne polecenia wyjściowe.

--set-hh-brakujące : Przyczyna --pościelić łóżko oraz --przekoduj ustawić heterozygotyczny haploid
brakujące genotypy.

--split-x [pz1] [pz2] : Zmienia kod wszystkich chromosomów X

--split-x [zbudować]
warianty z pozycją bp <= bp1 lub >= bp2 do XY. Następujące kody kompilacji są
obsługiwane jako skrót: * 'b36'/'hg18' = NCBI 36, 2709521/154584237 * 'b37'/'hg19'
= GRCh37, 2699520/154931044 * 'b38'/'hg38' = GRCh38, 2781479/155701383 Domyślnie,
Błędy PLINK są wyłączone, gdy żadne warianty nie zostaną dotknięte przez --split-x; „bezbłędny”
modyfikator (przydatny w skryptach) zastępuje to.

--scal-x
: Połącz chromosom XY z powrotem z X.

--ustaw-mnie-brakuje
: Przyczyna --pościelić łóżko aby ustawić brakujące błędy Mendla.

--wypełnij brakujące-a2 : Przyczyna --pościelić łóżko zastąpić wszystkie brakujące połączenia
homozygotyczne wywołania A2.

--set-brakujące-identyfikatory-zmiennych [t]
: Podano ciąg szablonu z „@”, w którym powinien znajdować się kod chromosomu, i „#”
gdzie należy współrzędna bp, --set-brakujące-identyfikatory-zmiennych przydziela
identyfikatory oparte na chromosomach i pz na nienazwane warianty. Możesz także użyć „$1” i „$2”, aby
odwoływać się do nazw alleli w ciągu szablonu, a w rzeczywistości staje się to niezbędne
gdy wiele wariantów ma tę samą współrzędną.

--nowy-id-max-allel-len [n] : Określ maksymalną liczbę znaków wiodących
z nazw alleli do uwzględnienia w nowych identyfikatorach wariantów (domyślnie 23).

--brakujący-kod-zmiennej [ciąg] : Zmień nienazwany kod wariantu (domyślnie „.”).

--aktualizacja-chr
[f] {chrcol} {IDcol} {pomiń} : Zaktualizuj kody chromosomów wariantów.

--aktualizacja-cm
[f] {cmcol} {IDcol} {pomiń} : Zaktualizuj pozycje centymorganów.

--aktualizacja-mapy
[f] {bpcol} {IDcol} {pomiń} : Zaktualizuj pozycje bp wariantu.

--nazwa-aktualizacji [f] {newcol} {oldcol} {skip} : zaktualizuj identyfikatory wariantów.

--aktualizacja-alleli [fname] : Zaktualizuj kody alleli wariantów.

--allel1234 : Zinterpretuj/przekoduj allele A/C/G/T jako 1/2/3/4.
Z 'multichar' konwertuje wszystkie A/C/G/T w nazwach alleli na 1/2/3/4s.

--allelACGT : Odwróć --allel1234.

--identyfikatory-aktualizacji [fa]
: Zaktualizuj identyfikatory próbek.

--aktualizacja-rodzice [f] : Zaktualizuj identyfikatory rodzicielskie.

--aktualizacja-seks [f] {n} : Zaktualizuj płcie.
Płeć (1 lub M = mężczyzna, 2 lub F = kobieta, 0 = brak) jest pobierana z kolumny n+2
(domyślnie n to 1).

--trzepnięcie [Nazwa pliku]
: Odwróć allele (A<->T, C<->G) dla identyfikatorów SNP w pliku.

--flip-podzbiór [fn]
: Tylko zastosowanie --trzepnięcie do próbek w --flip-podzbiór plik.

--flip-skanuj-okno [ct+1] : Ustaw --flip-skanuj max wariant ct odl. (def. 10).

--flip-scan-window-kb [x] : Ustaw --flip-skanuj maksymalna odległość kb (domyślnie 1000).

--flip-scan-próg [x] : Ustaw --flip-skanuj minimalna korelacja (domyślnie 0.5).

--zachowaj kolejność-alleli
: Zachowaj kolejność alleli określoną w pliku .bim,

--real-ref-allele
zamiast zmuszać A2 do bycia głównym allelem. --real-ref-allele usuwa również „PR”
z wartości INFO emitowanych przez --przekoduj vcf{-fid/-iid}.

--a1-allel [f] {a1col} {IDcol} {pomiń} : Wymuś allele w pliku do A1.

--a2-allel [nazwa pliku] {a2col} {IDcol} {pomiń} :

Wymuś allele w pliku do A2.
("--a2-allele [nazwa pliku VCF] 4 3 '#'",

który zeskrobuje odniesienia przypisania alleli z pliku VCF, jest szczególnie przydatny.)

--indiv-sort [m] {f} : Określ kolejność sortowania FID/IID.
Obsługiwane są następujące cztery tryby: * 'none'/'0' utrzymuje próbki w kolejności
byli

załadowany.
Wartość domyślna dla operacji innych niż scalanie.

* 'natural'/'n' przywołuje 'naturalny', np
'id2' < 'ID3' < 'id10'. Domyślne podczas łączenia.

* 'ascii'/'a' sortuje w kolejności ASCII, np.
„ID3” < „id10” < „id2”.

* 'file'/'f' używa kolejności w podanym pliku (o nazwie
w drugim parametrze).

Na razie tylko --łączyć/--bmerge/--merge-list i
--pościelić łóżko/--make-just-fam uszanuj tę flagę.

--z-fenotypem : Dołącz więcej przykładowych informacji
w nowym pliku .cov.

--kodowanie-manekina {N} : Podziel zmienne kategorialne (n kategorii,
2 < n <= N, domyślnie N to 49) do n-1 binarnych zmiennych fikcyjnych podczas zapisywania zmiennej towarzyszącej
plik.

--tryb scalania [nie]
: Dostosować --{b}merge/--merge-list zachowanie na podstawie kodu numerycznego. 1 (domyślnie) =
zignoruj ​​brakujące połączenia, w przeciwnym razie różnica

-> brak
2 = nadpisz tylko pierwotnie brakujące połączenia 3 = nadpisz tylko wtedy, gdy nie brakuje połączeń w
nowy plik 4/5 = nigdy nie nadpisuj i zawsze nadpisuj, odpowiednio 6 = zgłoś wszystko
niedopasowanie połączeń bez łączenia 7 = zgłoś niedopasowanie niebrakujących połączeń bez
połączenie

--scal-równe-poz
: Z --łączyć/--bmerge/--merge-list, scalaj warianty o różnych nazwach, ale
identyczne pozycje. (Wyjątek: warianty chromosomu 0 w tej samej pozycji nie są
połączone.)

--mendel-duty
: Spraw, aby kontrole błędów Mendla uwzględniały próbki z tylko jednym rodzicem w zbiorze danych.

--mendel-multigen
: Spraw, aby kontrole błędów Mendla uwzględniały (świetne) genotypy dziadków, gdy są rodzicami
brak danych genotypowych.

--ld-okno [ct+1] : Ustaw --R/--r2 max wariant ct odległość parami (zwykle 10).

--ld-okno-kb [x] : Ustaw --R/--r2 max kb odległość parami (zwykle 1000).

--ld-okno-r2 [x] : Ustaw próg dla --r2 uwzględnienie raportu (zwykle 0.2).

--ld-snp [identyfikator odmiany]
: Ustaw pierwszy wariant we wszystkich --R/--r2 pary.

--ld-snps [vID...] : Najpierw ogranicz --R/--r2 wariant do podanych zakresów.

--ld-snp-lista [fa]
: Najpierw ogranicz --R/--r2 zm. do osób wymienionych w pliku.

--lista-wszystkich
: Generuj raport trybu „wszystkich” podczas używania --Pokaż tagi w trybie plików.

--tag-kb [KB]
: Ustaw --Pokaż tagi maksymalna odległość znacznika kb (domyślnie 250).

--tag-r2 [wartość]
: Ustaw --Pokaż tagi min tag r-kwadrat (domyślnie 0.8)

--tag-tryb2
: Użyj dwóch kolumn --Pokaż tagi (tryb pliku) Format we/wy.

--ld-xchr [Code]
: Ustaw model Xchr na --niezależna{-parami}, --R/--r2, --flip-skanuj, --Pokaż tagi. 1
(domyślnie) = samce o kodzie 0/1, samice 0/1/2 (dawka A1) 2 = samce o kodzie 0/2 3 =
samce kodowane 0/2, ale samice mają podwójną wagę

--bloki-max-kb [KB]
: Ustaw --Bloki maksymalna rozpiętość haplobloków (def. 200).

--blokuje-min-maf [odciąć]
: Dostosować --Bloki Minimum MAF (domyślnie 0.05).

--blocks-strong-lowci [X]
: Ustaw --Bloki „silne LD” progi CI (domyślne)

--blokuje-silny-highci [X]
0.70 i 0.98).

--blocks-recomb-highci [x] : Ustaw próg CI „rekombinacji” (domyślnie 0.90).

--blocks-inform-frac [X]
: Wymuś haploblok [silne pary LD]:[całkowita liczba par informacyjnych], aby były większe
niż ta wartość (domyślnie 0.95).

--odległość-wts wyr=[x]
: Podczas obliczania odległości genomowych przypisz każdemu wariantowi wagę (2q(1-q))^{-x},
gdzie q jest załadowanym lub wywnioskowanym MAF.

--odczytaj-odległości [plik dist] {plik id} : Załaduj trójkątną binarną macierz odległości
zamiast przeliczania od zera.

--ppc-przerwa [wartość]
: Minimalna liczba par zasad, w tysiącach, pomiędzy informacyjnymi parami znaczników
stosowane w --genom Test PPC. 500, jeśli nie określono.

-- min [odciąć]
: Określ minimum PI_HAT do włączenia w --genom zgłosić.

--maks [odciąć]
: Określ maksimum PI_HAT do włączenia w --genom zgłosić.

--homozyg-dopasuj []: Ustaw minimalną zgodność w obrębie wspólnie homozygotycznych
warianty dla dopasowania parami allelicznego, które ma zostać zadeklarowane.

--rozmiar basenu [ct]
: Ustaw minimalny rozmiar pul w raporcie „--homozyg group”.

--odczytaj-genom [fn] : Załaduj --genom Zgłoś dla --grupa/--sąsiad zamiast tego
ponownego obliczenia wartości p testu IBS i PPC od podstaw.

--ppc [p-wartość]
: Określ minimalną wartość p testu PPC w klastrze.

--mc [największy rozmiar]
: Określ maksymalny rozmiar klastra.

--mcc [c1] [c2]
: Określ maksymalną liczbę przypadków i kontroli na klaster.

-- K [liczba minut]
: Określ minimalną liczbę klastrów.

--ibm [wartość]
: Określ minimalną tożsamość według braków.

--mecz [f] {mv} : Użyj wartości współzmiennych, aby ograniczyć grupowanie.
Bez --typ dopasowania, dwie próbki mogą należeć do tego samego klastra tylko wtedy, gdy wszystkie współzmienne
mecz. Opcjonalny drugi parametr określa wartość współzmienną, którą należy traktować jako
brakujący.

--typ dopasowania [f] : Zawęź interpretację --mecz plik.
--typ dopasowania oczekuje się, że plik będzie jedną linią z tyloma wpisami, ile
--mecz plik ma współzmienne; Wpisy „0” określają „dopasowania negatywne” (np. próbki
z równymi wartościami współzmiennej nie mogą znajdować się w tym samym klastrze), wpisy „1” określają
„dopasowania dodatnie” (domyślne) i „-1” powodują, że odpowiadająca jej współzmienna jest
ignorowane.

--qdopasowanie [f] {m} : Wymuś wszystkim członkom klastra podobne

--qt [nazwisko]
ilościowe wartości współzmiennych. ten --qdopasowanie plik zawiera wartości towarzyszące,
natomiast --qt plik to lista nieujemnych tolerancji (i oznaczenia '-1')
współzmienne do pominięcia).

--pca-nazwy-klastrów [...] : Mogą być używane pojedynczo lub w połączeniu

--pca-klastry [nazwisko]
zdefiniować listę klastrów do wykorzystania w podstawowym --szt obliczenie.
(--pca-nazwy-klastrów oczekuje oddzielonej spacjami sekwencji nazw klastrów, podczas gdy
--pca-klastry oczekuje pliku z jedną nazwą klastra w wierszu.) Wszystkie próbki na zewnątrz
klastry te będą następnie rzutowane na obliczone komputery PC.

--mds-wykres [przyciemnia] :

Analiza skalowania wielowymiarowego.
Wymaga --grupa.

--komórka [namłócić]
: Pomiń trochę --Model testuje, gdy wpis w tabeli kontyngencji jest mniejszy niż podany
próg.

--stan: schorzenie [identyfikator odmiany] : Dodaj jeden wariant jako a --liniowy
or --logistyka współzmienna.

--lista-warunków [F] : Dodaj warianty nazwane w pliku
as --liniowy/--zakładki logistyczne.

--parametry [...]
: Uwzględnij tylko podane współzmienne/interakcje w --liniowy/--modele logistyczne,
identyfikowane przez listę wskaźników opartych na 1 i/lub ich zakresów.

--testy {...} : Wykonaj (wspólny) test na określonych warunkach w
--liniowy/--model logistyczny, identyfikowany przez wskaźniki oparte na 1 i/lub ich zakresy. Jeśli
zażądano permutacji, jest ona oparta na tym teście. * Pamiętaj, że kiedy
--parametry jest również obecny,

indeksy odnoszą się do terminów pozostałych PO przycięciu do
--parametry.

* Możesz użyć opcji „--testuje wszystko”, aby uwzględnić wszystkie terminy.

--vif [maks. VIF]
: Ustaw próg VIF dla --liniowy sprawdzanie współliniowości (domyślnie 50).

--xchr-model [kod] : Ustaw chromosom X --liniowy/--model logistyczny.
0 = pomiń płeć i chromosomy haploidalne 1 (domyślnie) = dodaj płeć jako współzmienną na X
chromosom 2 = kod męskich genotypów 0/2 zamiast 0/1 3 = test na interakcję
między genotypem a płcią

--lasso-select-covars {cov(s)...} : Poddaj niektóre lub wszystkie współzmienne LASSO
wybór modelu.

--dostosować
: Zgłoś kilka poprawek wielokrotnych testów.

--lambda [wartość]
: Ustaw kontrolną lambda genomową dla --dostosować.

--ci [rozmiar]
: Podaj przedziały ufności dla ilorazów szans.

--pfiltr [wartość]
: Odfiltruj wyniki testu asocjacji z wyższymi wartościami p.

--trwała ondulacja [min zez. - 1] {maks. zez.} {alfa} {beta} {interwał początkowy} {nachylenie} :

Ustaw do sześciu parametrów kontrolujących adaptacyjne testy permutacyjne. * Pierwsze dwa
kontrolować minimalną i maksymalną liczbę permutacji, które

może być prowadzony dla każdego wariantu; wartości domyślne to 5 i 1000000.

* Następne dwa kontrolują warunek wcześniejszego zakończenia.
A

100% * (1 - beta/2T) przedział ufności jest obliczany dla każdej empirycznej wartości p,
gdzie T jest całkowitą liczbą wariantów; ilekroć ten przedział ufności nie?
zawierają alfa, wariant jest wyłączony z dalszych testów permutacji. Domyślna
wartości to 0 i 1e-4.

* Dwie ostatnie kontrolują, gdy sprawdzany jest warunek wcześniejszego zakończenia.
If

sprawdzenie następuje w permutacji #p, następne sprawdzenie następuje po [slope]p + [init
interwał] więcej permutacji (zaokrąglone w dół). Domyślny interwał początkowy to 1, a
domyślne nachylenie to 0.001.

--mpm-zapisz
: Zapisz najlepsze statystyki testu permutacji max(T).

--mpperm-zapisz-wszystko : Zapisz wszystkie statystyki testu permutacji max(T).

--set-p [p-wartość]
: Dostosuj zestaw testowy istotny wariant pułapu wartości p (domyślnie 0.05).

--set-r2 {czas.}
: Dostosuj zestaw testowy istotny wariant parami r^2 pułap (domyślnie 0.5). 'pisać'
powoduje, że naruszające pary są zrzucane do {prefiks wyjściowy}.ldset.

--ustaw-maks [ct]
: Dostosuj maksymalnie zestaw testowy Liczba istotnych wariantów branych pod uwagę w zestawie (domyślnie 5).

--set-test-lambda [v] : Określ korekcję kontroli genomowej dla testu zestawu.

--granica [KB]
: Poszerzać --komentować przedziały zakresu o podane # kbs.

--opisz-pole-snp [nm] : Ustaw --komentować nazwa pola identyfikatora wariantu.

--grupa-p1 [pval] : Ustaw --kępa indeks zm. Pułap wartości p (domyślnie 1e-4).

--grupa-p2 [pval] : Ustaw --kępa wtórny próg wartości p (domyślnie 0.01).

--grupa-r2 [r^2]
: Ustaw --kępa próg r^2 (domyślnie 0.5).

--grupa-kb [KB]
: Ustaw --kępa kb promień (domyślnie 250).

--grupa-snp-pole [N...]
: Ustaw --kępa nazwa pola identyfikatora wariantu (domyślnie „SNP”). Z wieloma nazwami pól,
wcześniejsze nazwy mają pierwszeństwo przed późniejszymi.

-- kępa-pole [Nazwa...]
: Ustaw --kępa Nazwa pola wartości p (domyślnie „P”).

--grupa-zezwalaj-nakładać się
: Pozwolić --kępa nieindeksowe zm. łączyć wiele kęp.

--grupa-gadatliwa
: Prośba rozszerzona --kępa zgłosić.

--grupa-przypis [hdr...] : Uwzględnij nazwane dodatkowe pola w --grupa-gadatliwa oraz
--grupa-najlepsza raporty. (Nazwy pól można oddzielić spacjami lub przecinkami).

--grupa-zakres [Nazwa pliku]
: Zgłoś nakładanie się grup i regionów.

--grupa-zakresu-granica [kb] : Rozciągnij regiony w --grupa-zakres plik.

--najpierw indeks-grupy
: Wyciąg --kępa indeks zm. tylko z pierwszego pliku.

--grupa-replikuj
: Wyklucz grupy, które zawierają wyniki wtórne z tylko jednego pliku.

--grupa-najlepsza
: Zgłoś najlepsze proxy dla każdego --kępa indeks zm.

--meta-analiza-snp-pole [n...] : Ustaw --metaanaliza identyfikator wariantu, A1/A2

--meta-analiza-a1-pole [N...]
allel, wartość p i/lub próbka skuteczna

--meta-analiza-a2-pole [N...]
nazwy pól rozmiaru. Domyślne to „SNP”,

--meta-analiza-p-pole [N...]
„A1”, „A2”, „P” i „NMISS”,

--meta-analiza-es-pole [N...]
odpowiednio. W przypadku podania wielu parametrów do tych flag, wcześniejsze nazwy
mają pierwszeństwo przed późniejszymi. Zwróć uwagę, że jeśli liczba przypadków i kontroli
są nierówne, efektywna wielkość próbki powinna być

4 / (1/[# przypadków] + 1/[# kontroli]).

--meta-analiza-raportu-dupy
: Jeśli wariant pojawia się wielokrotnie w tym samym pliku, zgłoś to.

--obramowanie-listy-genów [KB]
: Poszerzać --raport-genu regiony przez podaną liczbę kbs.

--podzbiór genów [Nazwa pliku]
: Określ podzbiór nazwy genu dla --raport-genu.

--raport-genu-snp-pole [] : Ustawić --raport-genu nazwa pola identyfikatora wariantu (domyślna
„SNP”). Dotyczy tylko --wyciąg.

--Luka [KB]
: Ustaw '--szybka-tylko przypadek epistazy' min. odstęp (domyślnie 1000).

--epi1 [wartość p] : Ustaw --{fast-}próg raportowania epistazy (domyślny
5e-6 dla „doładowania”, 1e-4 w przeciwnym razie).

--epi2 [wartość p] : Ustaw próg udziału w liczbie SIG_E (def. 0.01).

--je-cellmin [n] : Ustaw wymaganą liczbę obserwacji na nieprzewidziany przypadek 3x3x2
komórka tabeli dla testu wspólnych efektów (domyślnie 5).

--q-score-zakres [plik zakresu] [plik danych] {i} {j} :

Aplikuj --wynik do podzbioru(ów) wariantów na głównej liście wyników na podstawie np.
zakresy wartości p. * Pierwszy plik powinien mieć w pierwszej kolumnie etykiety zakresów,
Wartość p

dolne granice w drugiej kolumnie i górne granice w trzeciej kolumnie. Linie
ze zbyt małą liczbą wpisów lub wartościami nienumerycznymi w drugiej lub trzeciej kolumnie są
ignorowane.

* Drugi plik powinien zawierać identyfikator wariantu i wartość p dla każdego z nich

niepusta linia (z wyjątkiem prawdopodobnie pierwszej).
Identyfikatory wariantów są odczytywane z

kolumna #i oraz wartości p są odczytywane z kolumny #j, gdzie i domyślnie to 1 i j
domyślnie i+1. Modyfikator 'header' powoduje, że pierwsza niepusta linia tego pliku
być pominiętym.

--równoległy [k] [n] : Podziel macierz wyjściową na n części i tylko oblicz
k-ty kawałek. Podstawowy plik wyjściowy będzie zawierał numer części zawarty w jego
nazwa, np. plink.rel.13 lub plink.rel.13.gz, jeśli k wynosi 13. Łączenie tych plików
w porządku przyniesie pełną macierz zainteresowania. (Tak, można to zrobić wcześniej
rozpakowywanie.) NB Generalnie nie można tego użyć do bezpośredniego napisania symetrycznego
macierz kwadratowa. Zamiast tego wybierz kształt kwadratu0 lub trójkąta i postprocesuj jako
niezbędny.

--pamięć [wartość]
: Ustaw rozmiar w MB początkowej próby malloc w obszarze roboczym. (Praktycznie obowiązkowe
podczas korzystania z równoległego GNU.)

--wątki [wartość]
: Ustaw maksymalną liczbę jednoczesnych wątków. Ma to jedno znane ograniczenie: niektóre
Operacje algebry liniowej BLAS/LAPACK są wielowątkowe w sposób, którego PLINK nie może
kontrola. Jeśli jest to problematyczne, powinieneś ponownie skompilować przeciwko jednowątkowym
BLAS/LAPAK.

--D [zwęglać]
: Zmień ogranicznik zakresu wariantu/współzmiennej (zwykle „-”).

--nasionko [wartość...]
: Ustaw nasiona liczb losowych. Każda wartość musi być liczbą całkowitą z zakresu od 0 do
4294967295 włącznie.

--perm-partii-rozmiar [val] : Ustaw liczbę permutacji na partię dla niektórych
testy permutacyjne.

--wyjście-min-p [p] : Określ minimalną wartość p do zapisania w raportach.

--odpluskwić
: Użyj wolniejszej, bardziej odpornej na awarie metody rejestrowania.

Artykuł dotyczący metod podstawowych: Chang CC, Chow CC, Tellier LCAM, Vattikuti S, Purcell SM, Lee JJ
(2015) PLINK drugiej generacji: sprostanie wyzwaniu większych i bogatszych zbiorów danych.
GigaNauka, 4.

Aby uzyskać dalszą dokumentację i pomoc, odwiedź główną stronę internetową
(https://www.cog-genomics.org/plink2 ) i/lub listę mailingową
(https://groups.google.com/d/forum/plink2-users).

Korzystaj z plink1.9 online, korzystając z usług onworks.net