To jest polecenie primer3_core, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
primer3_core - Projektuje startery do PCR
STRESZCZENIE
podkład3_core [-format_wyjście] [-strict_tags] [ plik_wejściowy]
OPIS
primer3_core wybiera startery do reakcji PCR, biorąc pod uwagę oligonukleotyd kryterialny
temperatura topnienia, wielkość, zawartość GC i możliwości dimeru startera, wielkość produktu PCR,
ograniczenia pozycyjne w sekwencji źródłowej i różne inne ograniczenia.
Domyślnie primer3_core akceptuje dane wejściowe i generuje dane wyjściowe w formacie Boulder-io, czyli przed XML
tekstowy format wejścia/wyjścia dla formatu wymiany danych między programami. The
Format Boulder-io i polecenia zrozumiałe dla primer3_core opisano w pliku
README plik, który w systemach Debian można znaleźć /usr/share/doc/primer3/.
OPCJE
-format_wyjściowy
Drukuje raport bardziej zorientowany na użytkownika dla każdej sekwencji.
-ścisłe_znaczniki
primer3_core powtarza i ignoruje wszystkie tagi, których nie rozpoznaje, chyba że
-ścisłe_znaczniki flaga jest ustawiona w wierszu poleceń, w którym to przypadku primer3_core wypisuje plik an
błąd w znaczniku wyjściowym PRIMER_ERROR i wypisuje dodatkowe informacje na standardowe wyjście;
ta opcja może być przydatna do debugowania systemów zawierających elementarz.
Note
Stara flaga -2x_compat nie jest już obsługiwana.
EXIT STATUS KODY
· 0 podczas normalnej pracy.
· -1 w następujących warunkach: niedozwolone argumenty wiersza poleceń, niemożliwe do opróżnienia
stdout, nie można otworzyć (do zapisu i tworzenia) pliku .for, .rev lub .int (prawdopodobnie
ze względu na problemy z ochroną).
· -2 w przypadku braku pamięci.
· -3 puste wejście.
· -4 błąd w znaczniku wejściowym "Global" (komunikat w PRIMER_ERROR).
REFERENCE
Proszę zacytować Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 w sieci WWW dla zwykłych użytkowników i dla
programiści biolodzy.” W S. Krawetz i S. Misener, red. Bioinformatics Methods and
Protokoły z serii Metody w biologii molekularnej. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
strony 365-386.
Użyj primer3_core online, korzystając z usług onworks.net
