Jest to polecenie samtoh5, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu Mac OS
PROGRAM:
IMIĘ
samtoh5 - konwertuj plik SAM do formatu cmp.h5
STRESZCZENIE
samtoh5 w.sam referencja.fasta out.cmp.h5 [Opcje]
OPCJE
w.sam Wprowadź plik SAM.
referencja.fasta
Odwołanie używane do generowania odczytów.
out.cmp.h5
Wyjściowy plik cmp.h5.
-smrtTytuł
Użyj tej opcji podczas konwertowania linii trasowania wygenerowanych z odczytów generowanych przez
proszę2fasta(1) z plików bas.h5 poprzez parsowanie odczytanych współrzędnych z odczytu SMRT
tytuł. Tytuł jest w formacie /nazwa/dziura/współrzędne, gdzie współrzędne są w
format \d+_\d+ i reprezentują interwał odczytu, który został wyrównany.
-odczytaj typ wartość
Ustaw typ odczytu: „standard”, „stroboskop”, „CCS” lub „cDNA”
-gadatliwość wartość
Ustaw żądaną szczegółowość.
-useShortRefName
Użyj skróconych nazw referencyjnych uzyskanych z plik.sam zamiast używać pełnych nazw
od referencja.fasta.
-kopiuj QV
Skopiuj wszystkie QV dostępne w pliku SAM do pliku cmp.h5. Obejmuje to rzeczy
jak InsertionQV i DeleteTag.
UWAGI
Ponieważ SAM ma opcjonalne znaczniki, które mają różne znaczenia w różnych programach, uważaj
użycie jest wymagane w celu uzyskania odpowiednich wyników. Tag "xs" w bwa-sw służy do pokazywania
wynik suboptymalny, ale w PacBio SAM (blasra(1)) jest zdefiniowany jako początek zapytania
kolejność wyrównania. Kiedy -smrtTytuł jest określony, znacznik xs jest ignorowany, ale gdy
nie jest określony, współrzędne podane przez znaczniki xs i xe są używane do zdefiniowania
interwał odczytu, który jest wyrównany. Ciąg CIGAR odnosi się do tego przedziału.
Korzystaj z samtoh5 online za pomocą usług onworks.net
