showseqe - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

showseq – Wyświetla sekwencje z cechami w ładnym formacie

STRESZCZENIE

pokazuje następnik -sekwencja następna -mplik plik danych -format podstęp -rzeczy podstęp [-Tłumaczyć zasięg]
[-przetłumacz ponownie zasięg] [-duże litery zasięg] [-atrakcja zasięg] [-adnotacja zasięg]
[-enzymy ciąg] [-stół podstęp] [-dopasowanie źródła ciąg] [-dopasowanie typu ciąg]
[-sensmatch liczba całkowita] [-minscore unosić się] [-maxscore unosić się] [-dopasowanie ciąg]
[-dopasowanie wartości ciąg] [-ścisłe tagi boolean] -format płaski boolean - mincuts liczba całkowita
-maksymalne cięcia liczba całkowita -sitelen liczba całkowita -pojedynczy boolean -tępy boolean -lepki boolean
-niejasność boolean -plazmid boolean -metylacja boolean -Reklama w telewizji boolean
-limit boolean -orfminrozmiar liczba całkowita -trzyliterowy boolean -numer boolean
-szerokość liczba całkowita -długość liczba całkowita -margines liczba całkowita -Nazwa boolean -opis boolean
-zrównoważyć liczba całkowita -html boolean -plik wyjściowy plik wyjściowy

pokazuje następnik -Pomoc

OPIS

pokazuje następnik to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania”). Jest częścią polecenia „Nucleic:Translation,Nucleic:Restriction”.
grupa(y).

OPCJE

Wkład Sekcja
-sekwencja następna

-mplik plik danych
Wartość domyślna: Emethylsites.dat

Wymagane Sekcja
-format podstęp
Wartość domyślna: 2

-rzeczy podstęp
Podaj listę jednego lub więcej znaków kodowych w kolejności, w jakiej chcesz, aby rzeczy były wykonywane.
być wyświetlane jeden nad drugim na dole strony. Na przykład, jeśli chcesz zobaczyć rzeczy
wyświetlane w kolejności: sekwencja, sekwencja uzupełniająca, linia znaczników, ramka 1
Tłumaczenie, pusty wiersz; następnie należy wpisać „S,C,T,1,B”. Wartość domyślna: B,N,T,S,A,F

Dodatkowy Sekcja
-Tłumaczyć zasięg
Regiony do przetłumaczenia (w przypadku tłumaczenia). Jeśli to pole pozostanie puste, cała sekwencja będzie…
przetłumaczone. Zestaw regionów jest określony przez zestaw par pozycji.
pozycje są liczbami całkowitymi. Są one oddzielone dowolnym niecyfrowym, niealfatycznym znakiem.
Przykładowe specyfikacje regionów to: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888

-przetłumacz ponownie zasięg
Regiony do przetłumaczenia (w przypadku tłumaczenia). Jeśli to pole pozostanie puste, cała sekwencja będzie…
przetłumaczone. Zestaw regionów jest określony przez zestaw par pozycji.
pozycje są liczbami całkowitymi. Są one oddzielone dowolnym niecyfrowym, niealfatycznym znakiem.
Przykłady specyfikacji regionów to: 78-56, 45-24, 888..765, 99=67; 45:1

-duże litery zasięg
Regiony do wpisania wielkimi literami. Jeśli to pole pozostanie puste, pozostawi się przypadek sekwencji
sam. Zbiór regionów jest określony przez zbiór par pozycji. Stanowiska są
liczby całkowite. Są one oddzielone dowolnym znakiem innym niż cyfra lub alfa. Przykłady regionu
specyfikacje to: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-atrakcja zasięg
Regiony do pokolorowania w przypadku formatowania dla HTML. Jeśli to pole pozostanie puste, sekwencja jest
pozostawiony sam. Zbiór regionów jest określony przez zbiór par pozycji. The
pozycje są liczbami całkowitymi. Po nich następuje dowolny prawidłowy kolor czcionki HTML. Przykłady
specyfikacje regionu to: 24-45 niebieski 56-78 pomarańczowy 1-100 zielony 120-156 czerwony Plik
zakresy do koloru (jeden zakres na linię) można określić jako „@nazwa pliku”.

-adnotacja zasięg
Regiony do adnotacji poprzez zaznaczenie. Jeśli to pole pozostanie puste, adnotacja nie zostanie dodana. A
zbiór regionów jest określony przez zbiór par pozycji, po których następuje opcjonalny tekst.
Pozycje są liczbami całkowitymi. Po nich następuje dowolny tekst (ale nie cyfry w przypadku
wiersz poleceń). Przykładowe specyfikacje regionu to: 24-45 nowa domena 56-78 dopasowująca się do
Mysz 1-100 Pierwsza część 120-156 oligo Plik zakresów do adnotacji (jeden zakres w linii)
można określić jako „@nazwa pliku”.

-enzymy ciąg
Nazwa „all” wczytuje wszystkie nazwy enzymów z bazy danych REBASE. Możesz określić
enzymy, podając ich nazwy oddzielone przecinkami, na przykład:
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'. Wielkość liter nie ma znaczenia. Możesz określić
plik z nazwami enzymów do wczytania podając nazwę pliku zawierającego enzym
nazwy poprzedzone znakiem „@”, na przykład „@enz.list”. Puste linie i
wiersze zaczynające się od znaku krzyżyka lub znaku „!” są ignorowane, a wszystkie pozostałe linie są ignorowane
połączone ze znakiem przecinka „,” a następnie traktowane jako lista
enzymy do wyszukania. Przykładem zbioru nazw enzymów jest: ! moje enzymy HincII,
ppII! inne enzymy hindiii HinfI PpiI Wartość domyślna: all

-stół podstęp

Cecha pokaz Opcje
-dopasowanie źródła ciąg
Domyślnie wyświetlane jest dowolne źródło elementów w tabeli funkcji. Możesz to ustawić tak, aby pasowało
dowolne źródło funkcji, które chcesz wyświetlić. Nazwa źródła jest zazwyczaj nazwą pliku
program, który wykrył funkcję lub jest to tabela funkcji (np.: EMBL), którą
funkcja pochodzi z. Źródło może być oznaczone symbolem wieloznacznym za pomocą znaku „*”. Jeśli chcesz pokazać więcej
niż jedno źródło, należy oddzielić ich nazwy znakiem „|”, np.: gen* | embl Domyślne
wartość: *

-dopasowanie typu ciąg
Domyślnie pokazywany jest dowolny typ funkcji w tabeli funkcji. Możesz to ustawić tak, aby pasowało
dowolny typ funkcji, który chcesz wyświetlić. Widzieć http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ o listę
typów funkcji EMBL i patrz Załącznik A do podręcznika użytkownika Swissprot w
http://www.expasy.org/sprot/userman.html aby uzyskać listę typów elementów Swissprot.
Typ może być symbolem wieloznacznym przy użyciu znaku „*”. Jeśli chcesz wyświetlić więcej niż jeden typ,
oddziel ich nazwy znakiem '|', np.: *UTR | intron Wartość domyślna: *

-sensmatch liczba całkowita
Domyślnie pokazywany jest dowolny typ funkcji w tabeli funkcji. Możesz to ustawić tak, aby pasowało
dowolny kierunek wyświetlania funkcji. 0 - dowolny kierunek, 1 - kierunek do przodu, -1 - kierunek do tyłu
rozsądek

-minscore unosić się
Minimalny wynik funkcji do wyświetlenia (zobacz także maksymalny wynik) Wartość domyślna: 0.0

-maxscore unosić się
Maksymalny wynik danej funkcji do wyświetlenia. Jeśli zarówno wynik minimalny, jak i maksymalny wynoszą zero (
domyślnie), wówczas każdy wynik jest ignorowany. Wartość domyślna: 0.0

-dopasowanie ciąg
Tagi to rodzaje dodatkowych wartości, które może posiadać funkcja. Na przykład w EMBL
tabela funkcji, obiekt typu 'CDS' może mieć tagi '/codon', '/codon_start',
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/Exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partal', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
„/standard_name”, „/translation”, „/transl_except”, „/transl_table” lub „/usedin”.
Niektóre z tych tagów mają również wartości, na przykład „/gen” może mieć wartość
nazwa genu. Domyślnie pokazywany jest dowolny znacznik funkcji w tabeli funkcji. Możesz to ustawić
aby dopasować dowolny znacznik funkcji, który chcesz wyświetlić. Znacznik może być symbolem wieloznacznym przy użyciu znaku „*”. Jeśli
chcesz pokazać więcej niż jeden tag, oddziel ich nazwy znakiem '|', np.:
gen | etykieta Wartość domyślna: *

-dopasowanie wartości ciąg
Wartości znaczników to wartości skojarzone z oznaczeniem elementu. Tagi to rodzaje dodatków
wartości, jakie może mieć funkcja. Na przykład w tabeli funkcji EMBL typ „CDS”
obiekt może mieć tagi '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
„/dowód”, „/wyjątek”, „/funkcja”, „/gen”, „/etykieta”, „/mapa”, „/notatka”, „/liczba”,
'/partial', '/produkt', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
„/transl_except”, „/transl_table” lub „/usedin”. Tylko niektóre z tych tagów mogą mieć
wartości, na przykład „/gen” może mieć wartość nazwy genu. Domyślnie dowolny
zostanie wyświetlona wartość znacznika funkcji w tabeli funkcji. Można to ustawić tak, aby pasowało do dowolnej funkcji
wartość tagu, którą chcesz wyświetlić. Wartość znacznika może być symbolem wieloznacznym przy użyciu znaku „*”. Jeśli chcesz
aby pokazać więcej niż jedną wartość tagu, oddziel ich nazwy znakiem '|', np.: pax*
| 10 Wartość domyślna: *

-ścisłe tagi boolean
Domyślnie, jeśli jakakolwiek para tag/wartość w obiekcie pasuje do określonego tagu i wartości,
wówczas zostaną wyświetlone wszystkie pary tagów/wartości tej funkcji. Jeśli tak ma być
true, to tylko te pary tag/wartość w funkcji, które pasują do określonego tagu i
wartość zostanie wyświetlona. Wartość domyślna: N

Zaawansowany Sekcja
Ograniczenie mapa Opcje
-format płaski boolean
Spowoduje to zmianę formatu wyjściowego na taki, w którym rozpoznawane miejsce jest wskazywane przez wiersz
znaków „===”, a miejsce cięcia jest wskazywane przez znak „>” w dalszej części tekstu
sens lub „<” w nici odwrotnej. Wartość domyślna: N

- mincuts liczba całkowita
To ustawia minimalną liczbę cięć dla każdego enzymu restrykcyjnego, który będzie
uważany za. Wszelkie enzymy, które tną mniej razy, zostaną zignorowane. Domyślna wartość:
1

-maksymalne cięcia liczba całkowita
To ustawia maksymalną liczbę cięć dla dowolnego enzymu restrykcyjnego, który będzie
uważany za. Wszelkie enzymy, które tną więcej razy, zostaną zignorowane. Domyślna wartość:
2000000000

-sitelen liczba całkowita
To ustawia minimalną długość miejsca rozpoznawanego przez enzym restrykcyjny. Wszelkie enzymy
z witrynami krótszymi niż ten zostanie zignorowany. Wartość domyślna: 4

-pojedynczy boolean
Jeśli jest to ustawione, wymusza to wartości kwalifikatorów mincuts i maxcuts
oba będą równe 1. Każda inna wartość, którą mogłeś je ustawić, zostanie zignorowana. Wartość domyślna: N

-tępy boolean
Pozwala to tym enzymom, które tną w tej samej pozycji w przód iw tył
wątki do rozważenia. Wartość domyślna: T

-lepki boolean
Pozwala to tym enzymom, które tną w różnych pozycjach do przodu i do tyłu
pasma, pozostawiając nawis, który należy wziąć pod uwagę. Wartość domyślna: T

-niejasność boolean
Pozwala to tym enzymom, które mają jeden lub więcej kodów niejednoznaczności „N” w swoim wzorze
do rozważenia Wartość domyślna: Y

-plazmid boolean
Jeśli ta opcja jest ustawiona, umożliwia to wyszukiwanie miejsca rozpoznawanego przez enzym restrykcyjny i
pozycje cięcia, które obejmują koniec sekwencji, które mają być brane pod uwagę. Wartość domyślna: N

-metylacja boolean
Jeśli to jest ustawione, miejsca rozpoznawania RE nie będą pasować do zasad metylowanych. Domyślny
wartość: N

-Reklama w telewizji boolean
Jeśli ta opcja jest ustawiona, wyszukiwane będą tylko te enzymy, które mają dostawcę komercyjnego
Do. Ten kwalifikator jest ignorowany, jeśli określono jawną listę enzymów
szukaj zamiast przeszukiwać „wszystkie” enzymy w bazie danych REBASE. To
zakłada się, że jeśli prosisz o wyraźny enzym, to prawdopodobnie wiesz
skąd to wziąć, a więc wszystkie nazwy enzymów, o które prosiłeś, aby je wyszukać,
i które cięcie, zostaną zgłoszone bez względu na to, czy mają dostawcę komercyjnego.
Wartość domyślna: Y

-limit boolean
Ogranicza to zgłaszanie enzymów do tylko jednego enzymu z każdej grupy
izoschizomery. Prototypem jest enzym wybrany do reprezentowania grupy izoschizomerów
wskazane w pliku danych „embossre.equ”, który jest tworzony przez program
„rebaseextract”. Jeśli wolisz używać różnych prototypów, wykonaj kopię
embossre.equ w swoim katalogu domowym i edytuj go. Jeśli ta wartość jest ustawiona na false, to
wszystkie wprowadzone enzymy zostaną zgłoszone. Możesz chcieć ustawić to na false, jeśli ty
dostarczają wyraźny zestaw enzymów zamiast przeszukiwać „wszystkie”. Domyślny
wartość: T

-orfminrozmiar liczba całkowita
Ustawia minimalny rozmiar otwartych ramek odczytu (ORF) wyświetlanych w pliku
tłumaczenia. Wszystkie inne regiony translacji są maskowane przez zmianę aminokwasów na
'-' postacie.

-trzyliterowy boolean
Wartość domyślna: N

-numer boolean
Wartość domyślna: N

-szerokość liczba całkowita
Wartość domyślna: 60

-długość liczba całkowita

-margines liczba całkowita
Wartość domyślna: 10

-Nazwa boolean
Ustaw wartość false, jeśli nie chcesz wyświetlać nazwy identyfikatora sekwencji Domyślnie
wartość: T

-opis boolean
Ustaw wartość false, jeśli nie chcesz wyświetlać opisu sekwencji
Wartość domyślna: Y

-zrównoważyć liczba całkowita
Wartość domyślna: 1

-html boolean
Wartość domyślna: N

Wydajność Sekcja
-plik wyjściowy plik wyjściowy

Użyj showseqe online korzystając z usług onworks.net