Jest to polecenie ugene, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
UGEN - zintegrowany pakiet bioinformatyczny
STRESZCZENIE
ugen -UI
ugen [OPCJE]
OPIS
UGEN to wieloplatformowe środowisko do analizy sekwencji DNA i białek. UGEN
integruje najpopularniejsze algorytmy obliczeniowe bioinformatyki i zapewnia GUI
oraz interfejs wiersza poleceń do przeprowadzania złożonej analizy danych genomowych.
Główne cechy UGEN:
* Przeglądaj i analizuj opatrzone adnotacjami sekwencje DNA lub białek
* Wizualizacja i edycja chromatogramów
* Zintegrowana przeglądarka 3D dla plików w formatach PDB i MMDB
* Zintegrowana obsługa żądań wyszukiwania do baz danych NCBI
* Dopasowywanie wielu sekwencji za pomocą MUSCLE3, MUSCLE4 i KAign
* Profile HMM budują i wyszukują na podstawie źródła HMMER2 i HMMER3
* Nowoczesne algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej białek oparte na GORIV i PsiPred
* Analiza filogenetyczna z Phylipem
* Projekt starterów do PCR przy użyciu pakietu Primer3
* Klonowanie in silico
* Wyszukiwanie miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych w sekwencjach DNA za pomocą SITECON
* Wyszukiwanie enzymów restrykcyjnych i integracja z REBASE
* Szukaj bezpośrednich i odwróconych powtórzeń
* Zespół referencyjny DNA przy użyciu Bowtie
* Translacja zwrotna białka
* Szukaj ORF
* Projektant złożonych przepływów pracy i zapytań obliczeniowych
UGEN ma strukturę modułową i prawie cała jego funkcjonalność jest dostępna w postaci wtyczek.
Wewnętrznie UGEN został zaprojektowany ze wsparciem równoległości, aby czerpać zyski z używania
komputery wielordzeniowe. Każde zadanie obliczeniowe w UGEN jest wykonywany w tle i robi
nie blokować interakcji użytkownika z interfejsem graficznym.
OPCJE
-UI uruchom wersję GUI UGEN
--help wydrukować komunikat o użyciu krótko podsumowujący wszystkie opcje wiersza poleceń i program
wersję, a następnie wyjdź.
--licencja
zrzut informacji o licencji
--zadanie= or nazwa-schematu> [schemat-opcje]
uruchom dany schemat przepływu pracy
--ukryj pasek-statusu
nie pokazuj paska stanu zadania
--ini-plik=
załaduj niestandardowy plik ustawień UGENE
--log-no-show-level
nie pokazuj poziomu wiadomości w dzienniku
--log-no-show-data
nie pokazuj informacji o dacie i godzinie w dzienniku
--log-no-show-kategoria
nie pokazuj kategorii wiadomości w dzienniku
--log-level-śledzenie
pokaż komunikaty dziennika śledzenia
--log-level-none
nie pokazuj komunikatów dziennika
--informacje o poziomie dziennika
pokaż komunikaty o błędach i dzienniku informacji (domyślnie)
--log-poziom-błąd
pokaż tylko komunikaty dziennika błędów
--szczegóły poziomu dziennika
pokaż szczegółowe komunikaty dziennika
--log-kolor-wyjście
kolorowe komunikaty wyjściowe
--task-remote-machine=
uruchomić dostarczone zadania na danej zdalnej maszynie
--ugene-pozostań przy życiu
nie zatrzymuj ugene po wykonaniu zadanych zadań
--transl=
załaduj tłumaczenia określonego języka. Język jest określony jako dwuliterowy ISO
639 kod języka
POLECENIA
UGEN zawiera polecenia dotyczące najważniejszych funkcji. Polecenia mogą być uruchamiane jako
ugen [argumenty-polecenia]
ugen --zadanie= [argumenty-polecenia]
Zobacz pomoc dla każdego uruchomionego polecenia ugen --pomoc= .
Listę dostępnych poleceń można zrzucić za pomocą ugen --pomoc.
Korzystaj z ugene online, korzystając z usług onworks.net
