Jest to polecenie vcf-query, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
vcf-query - sprawdza pliki VCF
STRESZCZENIE
zapytanie-vcf [OPCJE] plik.vcf.gz
OPCJE
-c, --kolumny
Lista nazw kolumn oddzielonych przecinkami.
-f, --format
Wartość domyślna to „%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE=%GT]\n”
-l, --lista-kolumny
Lista kolumn.
-r, --region chr:od-do
Odzyskaj region. (Uruchamia Tabix.)
-h,-?, --help
Ta wiadomość pomocy.
PRZYKŁADY
zapytanie-vcf plik.vcf.gz 1:1000-2000 -c NA001,NA002,NA003 zapytanie-plik vcf.vcf.gz -r
1: 1000-2000 -f '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE:%*=,]\n' plik zapytania-vcf.vcf.gz -f
'[%GT\t]%LINE\n' zapytanie-vcf plik.vcf.gz -f '%CHROM\t%POS\t%INFO/DP\t%FILTER\n'
Użyj vcf-query online, korzystając z usług onworks.net
