angielskufrancuskihiszpański

Uruchom serwery | Ubuntu > | Fedora > |


Ulubiona usługa OnWorks

wiggle2gff3p - Online w chmurze

Uruchom wiggle2gff3p u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przez Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS

To jest polecenie wiggle2gff3p, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS

PROGRAM:

IMIĘ


wiggle2gff3.pl - Konwertuje pliki w formacie UCSC WIG na pliki gff3

STRESZCZENIE


wiggle2gff3.pl [opcje] WIG_FILE > load_data.gff3

Konwertuje pliki w formacie UCSC WIG na pliki gff3 odpowiednie do załadowania do GBrowse
bazy danych. Jest to wykorzystywane do danych ilościowych o dużej gęstości, takich jak CNV, SNP i ekspresja
tablice.

OPIS


Użyj tego konwertera, gdy masz gęste dane ilościowe do wyświetlenia za pomocą xyplot,
gęstość lub glify map termicznych i zbyt wiele elementów danych (tysiące) do załadowania do GBrowse. Ono
tworzy jeden lub więcej zajmujących mało miejsca plików binarnych zawierających dane ilościowe, ponieważ
a także mały plik GFF3, który można załadować do bazy danych Chado lub innych baz danych GBrowse.

Typowe zastosowanie jest następujące:

% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo moje_dane.wig > moje_dane.gff3

Opcje
Akceptowane są następujące opcje:

--metoda= Ustaw metodę dla linii GFF3 reprezentujących
każdy punkt danych ilościowych na ścieżce.
Wartość domyślna to „microarray_oligo”.

--źródło= Ustaw pole źródłowe dla pliku GFF3. Wartość domyślna to
Żaden.

--gff3 Utwórz plik w formacie GFF3 (domyślnie)

--featurefile Utwórz plik w formacie „featurefile” -- to jest
uproszczony format używany do przesyłania GBrowse. Ten
opcja jest niezgodna z opcją --gff3.

--sample Jeśli prawda, próbkowane będą bardzo duże pliki (>5 MB)
uzyskać minimum, maksimum i odchylenie standardowe; Inaczej
cały plik zostanie przeskanowany w celu uzyskania tych statystyk.
Spowoduje to szybsze przetworzenie plików, ale może pominąć wartości odstające
wartości.

--ścieżka= Określ katalog, w którym chcesz umieścić plik binarny
pliki. Domyślnie jest to bieżący katalog tymczasowy
(/ Tmp lub cokolwiek jest odpowiednie dla twojego systemu operacyjnego).

--baza= To samo co „--ścieżka”.

--trackname określa podstawę nazwy ścieżki do tworzenia pliku wig

--help Ta dokumentacja.

Ten skrypt akceptuje różne style opcji, w tym opcje skrócone
(„--meth=foo”), opcje pojedynczych znaków („-m foo”) i inne popularne warianty.

Binarna Poruszaj akta
Pliki binarne „wiggle” utworzone przez to narzędzie można odczytać za pomocą
Moduł Bio::Graphics::Wiggle. Dane ilościowe skalowane są w zakresie 1-255
(tracąc dużo precyzji, ale wciąż więcej niż wystarczające do wizualizacji danych) i przechowywane
w spakowanym formacie, w którym każdy plik odpowiada długości pojedynczego chromosomu lub
kontyg.

Po utworzeniu plików binarnych nie należy przenosić ani zmieniać ich nazw, chyba że uważasz, aby
dokonaj odpowiednich zmian w ścieżkach podanych przez atrybut „wigfile” w GFF3
linie charakterystyczne pliku. Powinieneś także uważać na używanie polecenia cp do kopiowania
pliki binarne; są sformatowane z „dziurami” w taki sposób, że brakujące dane nie
zajmują dowolne miejsce na dysku. Jeśli je skonfrontujesz, dziury wypełnią się zerami, a
oszczędność miejsca zostanie utracona. Lepiej użyć polecenia „tar” z opcją --sparse, aby
przenieść pliki z jednego miejsca do drugiego.

Przykład PERUKA filet
Ten przykład pochodzi zhttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# nazwa pliku: przykład.wig
#
# 300-bazowy wykres słupkowy, autoScale jest domyślnie włączone == wykresy
# limity będą się dynamicznie zmieniać, aby zawsze pokazywać pełny zakres danych
# w oknie podglądu priorytet = 20 pozycji to jako drugi wykres
# Uwaga, względny zerowo, półotwarty układ współrzędnych używany dla formatu łóżka
track type=wiggle_0 name="Format łóżka" description="Format łóżka" \
widoczność=pełny kolor=200,100,0 altColor=0,100,200 priorytet=20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# Wykres słupkowy o szerokości 150 baz w dowolnie rozmieszczonych pozycjach,
# linia progu narysowana przy y=11.76
# autoScale off zakres wyświetlania ustawiony na [0:25]
# priorytet = 10 pozycji to jako pierwszy wykres
# Uwaga, w tym formacie używany jest jeden względny układ współrzędnych
track type=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep format" \
widoczność=pełna autoSkalowanie=wył.viewLimits=0.0:25.0 color=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=na priorytecie=10
zmiennaStep chrom=chr19 span=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# Wykres o szerokości 200 punktów bazowych na każdych 300 podstawach, wykres o wysokości 50 pikseli
# autoScale wyłączone i zakres wyświetlania ustawiony na [0:1000]
# priorytet = 30 pozycji to trzeci wykres
# Uwaga, w tym formacie używany jest jeden względny układ współrzędnych
track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="fixed step" visible=full \
autoScale=off viewLimits=0:1000 color=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
graphType=punkty priorytet=30
fixedStep chrom=chr19 start=59307401 step=300 span=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

Możesz przekonwertować to na ładowalny plik GFF3 za pomocą następującego polecenia:

wiggle2gff3.pl --meth=przykład --so=przykład --path=/var/gbrowse/db przykład.wig \
> przykład.gff3

Wynik będzie wyglądał tak:

##gff-wersja 3

Przykładowy przykład chr19 59302001 59304700 . . . Name=Bed Format;wigfile=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
Przykładowy przykład chr19 59304701 59308020 . . . Name=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
Przykładowy przykład chr19 59307401 59310400 . . . Name=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig

Korzystaj z wiggle2gff3p online za pomocą usług onworks.net


Ad


Ad