To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie BIRAP, której najnowszą wersję można pobrać w pliku Sample_Files.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie BIRAP z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
BIRAP
OPIS
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) to łatwy w użyciu potok Perla o otwartym kodzie źródłowym, którego można używać do ponownego opisywania genomów bakterii przy użyciu danych eksperymentalnych. Narzędzie integruje profil ekspresji uzyskany z seq RNA i/lub proteogenomiki, porównuje go z istniejącą adnotacją in silico i pomaga zweryfikować adnotację, zidentyfikować nowe regiony kodujące białka, domniemany niekodujący RNA, a także pomóc poprawić błędy w istniejącej adnotacji . Rurociąg wymaga danych wyjściowych typu „pileup” z SAMtools w celu uzyskania danych o seq RNA oraz pliku locus peptydu/ePST (GFF) z narzędzia Proteogenomic Mapping w celu uzyskania danych proteogenomicznych wraz z genomem i istniejącą adnotacją in silico. Po dostarczeniu informacji dotyczących locus promotorów i terminatorów w genomie (w formacie .coords) potok pomoże również zidentyfikować niekodujący RNA.
Funkcjonalności
- analiza regionów międzygenowych genomów bakteryjnych
- ponowna adnotacja genomów bakterii
- wykrywanie małych RNA (sRNA).
- sekwencja RNA
- Proteogenomika
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal, wiersz poleceń
Język programowania
Perl
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/birap/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
