To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie CStone, której najnowszą wersję można pobrać jako cstone.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie CStone z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
Cstone
OPIS
CStone to asembler de novo dla danych RNA-Seq, który wykorzystuje grafy de Bruijn i opatruje każdy wytworzony kontig jednym z trzech poziomów klasyfikacji wykresów, wskazując, czy można zagwarantować, że nie jest on chimeryczny. Poziomy klasyfikacji zależą od złożoności rodziny genów, z której pochodzą odczyty. Jako produkt uboczny zapewnia to również wgląd w skład strukturalny podstawowych rodzin genów, które zostały zsekwencjonowane. Więcej szczegółów pojawi się wkrótce w naszej gazecie: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34813594/.
Korzyści
- Montaż de novo danych RNA-Seq.
- Identyfikacja niechimerycznych kontigów.
- Kompatybilność między platformami.
- Dostępny plik wykonywalny jar.
- Nie są wymagane żadne zewnętrzne pakiety.
- Kod łatwy do naśladowania i włączony do innych narzędzi.
- Informacje na temat złożoności podstawowych rodzin genów.
- de Bruijna (bardziej pobłażliwe) podejście.
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/cstone/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
