Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie Exact Subgraph Matching Algorithm, której najnowszą wersję można pobrać jako esm-1.0.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie Exact Subgraph Matching Algorithm z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
Algorytm dokładnego dopasowywania podgrafów
Ad
OPIS
Problem dopasowania podgrafu (izomorfizm podgrafu) jest NP-zupełny. Zaprojektowaliśmy prosty algorytm dokładnego dopasowywania podgrafów (ESM) dla grafów zależności, stosując metodę śledzenia wstecznego. Całkowita złożoność algorytmu w najgorszym przypadku wynosi O(n^2 * k^n), gdzie n to liczba wierzchołków, a k to stopień wierzchołka.
Wykazaliśmy pomyślne wykorzystanie naszego algorytmu w trzech zastosowaniach do ekstrakcji relacji biomedycznych i ekstrakcji zdarzeń: wspólne zadania BioNLP 2011 dotyczące ekstrakcji zdarzeń, wykrywania asocjacji białko-resztka oraz identyfikacji interakcji białko-białko.
Ta implementacja Java implementuje nasz algorytm ESM. Zobacz plik README: https://sourceforge.net/projects/esmalgorithm/files/
Jeśli korzystasz z naszego wdrożenia ESM do wspierania badań akademickich, zacytuj następujący artykuł:
Haibin Liu, Vlado Keselj i Christian Blouin. Badanie metody dopasowywania podgrafów w celu wyodrębnienia zdarzeń biologicznych z literatury. Inteligencja Obliczeniowa, 2013.
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Java
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/esmalgorithm/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
