To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie EXCAVATOR-tool do uruchamiania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie EXCAVATOR-tool, aby działać w systemie Linux online z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
EXCAVATOR-narzędzie do uruchomienia w Linuksie online
OPIS
UWAGA!!!!!UWAGA!!!!!UWAGA!!!!!UWAGA!!!!!Niedawno opublikowaliśmy w BMC Genomics nowatorski pakiet oprogramowania o nazwie XCAVATOR do identyfikacji CNV / CNA z krótkich i długich odczytów eksperymentów sekwencjonowania całego genomu (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR jest bezpłatnie dostępny pod adresem http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR to nowatorski pakiet oprogramowania do wykrywania wariantów liczby kopii (CNV) z danych sekwencjonowania całego egzomu.
EXCAVATOR został opublikowany w Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
#####################
UWAGA!!!!! Aby prawidłowo korzystać z narzędzia EXCAVATOR, użytkownicy muszą pobrać pliki mapowania uniqueome pod następującym linkiem:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (dla hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Korzyści
- Sekwencjonowanie nowej generacji
- Kopiuj warianty numerów
- Sekwencjonowanie całego egzomu
Język programowania
Perl
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.