To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie fcGENE: Konwerter formatu Genotype do uruchamiania w systemie Linux online, którego najnowszą wersję można pobrać jako fcgene-1.0.7.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie fcGENE: Konwerter formatu genotypu do bezpłatnego działania w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
fcGENE: Konwerter formatu genotypu do uruchomienia w systemie Linux online
OPIS
Główne zastosowanie jest dwojakie: po pierwsze do konwersji danych genotypowych SNP do formatów różnych narzędzi imputacyjnych, takich jak PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE i BIMBBAM, po drugie do przekształcania danych imputowanych do różnych formatów plików, takich jak PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT i SNPTEST.Czytelne formaty plików: plink-pedigree (ped i map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle i bimbam. Podobnie wszystkie rodzaje imputacji wyników są również akceptowane.
Formaty, które mogą być generowane przez fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-input, impute-input, beagle-input i bimbam-input, HAPLOVIEW, EIGENSOFT.
Dalsze zastosowanie:
-?uzyskanie szablonów niezbędnych poleceń imputacji i poleceń innego narzędzia imputacji?
- Kontrola jakości według MAF, HWE i CALLRATE.
słowa kluczowe: transformacja genotypu, format konwersji genotypu, dane wyjściowe imputacji, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM,EIGENSOFT.
Korzyści
- może przeprowadzać kontrolę jakości pod kątem SNP i indywidualną oraz może filtrować zdyskwalifikowane SNP i osoby podczas przekształcania danych
- potrafi wykonać dwukierunkową konwersję formatu danych SNP genotypu (np. PLINK -> narzędzie imputacyjne i narzędzia imputacyjne -> PLINK). Może odczytywać i zapisywać zarówno pliki rodowodowe w formacie Plink, jak i pliki binarne
- może filtrować zakwestionowane SNP na podstawie wyniku jakości imputacji
- potrafi generować szablony poleceń narzędzia do analizy GWA
- konwertuje dane genotypu z formatu jednego narzędzia imputacji na inne.
- Przekształcenie referencji imputacyjnych na format plink. Pomaga to porównać dane genotypowe z panelem referencyjnym.
- może tworzyć dane snp w formacie GenABEL z danych pierwotnie podanych w różnych innych formatach
- może generować różnie sformatowane pliki zawierające oczekiwaną dawkę mniejszej częstotliwości alleli
- bardzo pomocne dla badaczy zajmujących się genetyką statystyczną.
- napisany w c++, użycie kontenerów STL
- potrafi czytać i zapisywać pliki skompresowane gezip
- może obliczyć FST za pomocą polecenia --fst
- potrafi odczytywać i zapisywać standardowe dane genotypu z liczbą alleli i dawkami alleli
- może tworzyć pliki w formacie vcf używane przez BEAGLE4
Język programowania
C + +
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
